Multiz Alignments of 124 insects

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Place cursor over species for alignment detail. Click on 'B' to link to browser for aligned species, click on 'D' to get DNA for aligned species.
Alignment block 1 of 1783 in window, 1088798 - 1088830, 33 bps B D D. melanogaster agtttcgctcgag-atctcttggcgtacgcttca D D. simulans agtttcgctcgag-atctcttggcgtacgcttca B D D. sechellia agtttcgctcgag-atctcttggcgtacgcttca D. erecta agtttcgctcgag-atctcttggcgtacgcttca D. yakuba agtttcgctcgag-atctcttggcgtacgcttca D. ficusphila agtttcgctcgag-atctcttggcgtgcgcttca D. eugracilis agtttcgctcgag-atctcttggcgtacgcttca D. biarmipes agtttcgctcgag-atctcttggcgtacgcttca D. suzukii agtttcgctcgag-atctcttggcgtacgcttca D. takahashii agtttcgctcgag-atctcttggcgtacgcttca D. elegans agtttcgctcgag-atctcttggcgtacgtttca D. rhopaloa agtttcgctcgag-atctcttggcgtacgtttca D_serrata agtttcgctcgag-atctcttggcgtacagttca D. kikkawai agtttcgctcgag-atctcttggcgtacagttca D. ananassae agtttcgctcgag-atctcttgacgtgcggtcca D. bipectinata agtttcgctcgag-atctcttgaggtacggtcca D_americana agtttcgcctaag-aactctttcagcgcggtcta D_novamexicana agtttcgcctaag-aactctttcagcgcggtcta D. virilis agtttcgcctaag-aactctttgagcgcggtcta D_montana agttttgcctaag-aactctttgagcgcggtcta D_arizonae agtttcacctaag-aactctttaagcgcggtcta D. mojavensis agtttcacctaag-aactctttaagcgcggtcta D_busckii agtttcgcctgag-aactcttagagtacggtcca D. grimshawi agtttcgcctgag-aactctttgaacacggtcca D_athabasca cgtttcgctcgagtcggtcgtttcgttcggtccg D_pseudoobscura_1 agtttcgctcgagtcggtcgcttcgtacggtcca D. miranda agtttcgctcgagtcggtcgcttcgtacggtcca B D D. persimilis agtttcgctcgagtcggtcgcttcgtacggtcca D. pseudoobscura agtttcgctcgagtcggtcgcttcgtacggtcca D_subobscura agtttcgctcgagtcggtcgtttcgtacggtcca D_obscura agtttcgctcgagtcggtcgtttcgtacggtcca Zaprionus_indianus agtttcgaccaag-aattctctgagtacggttca D. albomicans agtttctcctgag-atctctttgagtacggtcta Scaptodrosophila_lebanonensis agtttcgctcgag-atctcttcgcgtacggtcct D. willistoni agttttgctcgag-atctctttgcgcacggtcaa D_navojoa ================================== Lucilia_cuprina ================================== Holcocephala_fusca ================================== A_farauti_No4 ================================== A_atroparvus ================================== A_sinensis ================================== A_epiroticus ================================== A_coluzzii ================================== A_culicifacies ================================== Culex_quinquefasciatus ================================== D_hydei ================================== A_funestus ================================== Megaselia_scalaris ================================== Megaselia_abdita ================================== T. castaneum ================================== Proctacanthus_coquilletti ================================== A_dirus ================================== A_merus ================================== Teleopsis_dalmanni ================================== Paykullia_maculata ================================== Bactrocera_latifrons ================================== Themira_minor ================================== Ceratitis_capitata ================================== Phortica_variegata ================================== Inserts between block 1 and 2 in window D_americana 1bp D_novamexicana 1bp D. virilis 1bp D_montana 1bp D_busckii 88bp D. grimshawi 1bp D_athabasca 18bp D_pseudoobscura_1 4bp D. miranda 4bp B D D. persimilis 4bp D. pseudoobscura 4bp D_subobscura 4bp D_obscura 4bp Zaprionus_indianus 400bp D. albomicans 2bp D. willistoni 1bp Alignment block 2 of 1783 in window, 1088831 - 1088841, 11 bps B D D. melanogaster a---------gatccacctg D D. simulans a---------gatccacctg B D D. sechellia a---------gatccacctg D. erecta a---------gatccacctg D. yakuba a---------gatccacctg D. ficusphila a---------gatccacctg D. eugracilis a---------gatccacctg D. biarmipes a---------gatccacctg D. suzukii a---------gatccacctg D. takahashii a---------gatccacctg D. elegans a---------gatccacctg D. rhopaloa a---------gatccacctg D_serrata aacgatcctcagtccacctg D. kikkawai aacgatcctcggcccacctg D. ananassae c---------gatccacctg D. bipectinata c---------gatccacctg D_americana ---------cgatccacctg D_novamexicana ---------cgatccacctg D. virilis ---------cgatccacctg D_montana ---------cgatccacctg D_arizonae ---------cgatccacctg D. mojavensis ---------cgatccacctg D. grimshawi ---------cgatccacctg D_athabasca ---------ccatccacctg D_pseudoobscura_1 ---------ccatccacctg D. miranda ---------ccatccacctg B D D. persimilis ---------ccatccacctg D. pseudoobscura ---------ccatccacctg D_subobscura ---------ccatccacctg D_obscura ---------ccatccacctg D. albomicans ---------cgatccacctg Scaptodrosophila_lebanonensis -------acctggccacctg D. willistoni ---------agatccatttg D_navojoa ==================== D_busckii ==================== Lucilia_cuprina ==================== Holcocephala_fusca ==================== A_farauti_No4 ==================== A_atroparvus ==================== A_sinensis ==================== A_epiroticus ==================== A_coluzzii ==================== A_culicifacies ==================== Culex_quinquefasciatus ==================== D_hydei ==================== A_funestus ==================== Megaselia_scalaris ==================== Megaselia_abdita ==================== T. castaneum ==================== Proctacanthus_coquilletti ==================== A_dirus ==================== A_merus ==================== Zaprionus_indianus ==================== Teleopsis_dalmanni ==================== Paykullia_maculata ==================== Bactrocera_latifrons ==================== Themira_minor ==================== Ceratitis_capitata ==================== Phortica_variegata ==================== Inserts between block 2 and 3 in window D_serrata 5bp D. kikkawai 5bp D_novamexicana 47bp Scaptodrosophila_lebanonensis 1bp Alignment block 3 of 1783 in window, 1088842 - 1088842, 1 bps B D D. melanogaster g D D. simulans a B D D. sechellia g D. erecta a D. yakuba a D. ficusphila a D. biarmipes a D. suzukii a D. takahashii a D. elegans a D. rhopaloa a D_serrata a D. kikkawai a D_americana g D. virilis g D_montana g D_arizonae g D. mojavensis g D. grimshawi g D_athabasca g D_pseudoobscura_1 g D. miranda g B D D. persimilis g D. pseudoobscura g D_subobscura g D_obscura g D. albomicans g D. willistoni a D_novamexicana = D_navojoa = D_busckii = D. ananassae - Lucilia_cuprina = Holcocephala_fusca = A_farauti_No4 = A_atroparvus = A_sinensis = A_epiroticus = A_coluzzii = A_culicifacies = Culex_quinquefasciatus = D_hydei = A_funestus = D. eugracilis - Megaselia_scalaris = Megaselia_abdita = T. castaneum = Proctacanthus_coquilletti = A_dirus = A_merus = Zaprionus_indianus = D. bipectinata - Scaptodrosophila_lebanonensis = Teleopsis_dalmanni = Paykullia_maculata = Bactrocera_latifrons = Themira_minor = Ceratitis_capitata = Phortica_variegata = Inserts between block 3 and 4 in window D_americana 1bp D. virilis 1bp D_montana 1bp D_arizonae 7bp D. mojavensis 748bp D. grimshawi 9bp D. albomicans 1bp D. willistoni 2bp Alignment block 4 of 1783 in window, 1088843 - 1088843, 1 bps B D D. melanogaster -a D D. simulans -a B D D. sechellia -a D. erecta -a D. yakuba -a D. ficusphila -a D. biarmipes -a D. suzukii -a D. takahashii -a D. elegans -a D. rhopaloa -a D_serrata -a D. kikkawai -a D. ananassae -a D. bipectinata -a Scaptodrosophila_lebanonensis -a D. willistoni c- D. virilis == D_novamexicana == D_athabasca -- D_navojoa == D_busckii == D. miranda -- D. grimshawi == D. pseudoobscura -- D. mojavensis == D_arizonae == Lucilia_cuprina == Holcocephala_fusca == A_farauti_No4 == A_atroparvus == A_sinensis == A_epiroticus == A_coluzzii == A_culicifacies == Culex_quinquefasciatus == D_subobscura -- D_hydei == A_funestus == D. eugracilis -- Megaselia_scalaris == Megaselia_abdita == B D D. persimilis -- T. castaneum == Proctacanthus_coquilletti == D. albomicans == D_montana == D_pseudoobscura_1 -- D_obscura -- A_dirus == A_merus == Zaprionus_indianus == D_americana == Teleopsis_dalmanni == Paykullia_maculata == Bactrocera_latifrons == Themira_minor == Ceratitis_capitata == Phortica_variegata == Inserts between block 4 and 5 in window Scaptodrosophila_lebanonensis 1019bp Alignment block 5 of 1783 in window, 1088844 - 1088844, 1 bps B D D. melanogaster a D D. simulans a B D D. sechellia a D. erecta a D. yakuba a D. ficusphila a D. biarmipes a D. suzukii a D. takahashii a D. elegans a D. rhopaloa a D_serrata a D. kikkawai a D. ananassae a D. bipectinata a D_americana a D. virilis a D_montana a D_arizonae a D. grimshawi g D_athabasca a D_pseudoobscura_1 a D. miranda a B D D. persimilis a D. pseudoobscura a D_subobscura a D_obscura a D. albomicans a D. willistoni a D_novamexicana = D_navojoa = D_busckii = D. mojavensis = Lucilia_cuprina = Holcocephala_fusca = A_farauti_No4 = A_atroparvus = A_sinensis = A_epiroticus = A_coluzzii = A_culicifacies = Culex_quinquefasciatus = D_hydei = A_funestus = D. eugracilis - Megaselia_scalaris = Megaselia_abdita = T. castaneum = Proctacanthus_coquilletti = A_dirus = A_merus = Zaprionus_indianus = Scaptodrosophila_lebanonensis = Teleopsis_dalmanni = Paykullia_maculata = Bactrocera_latifrons = Themira_minor = Ceratitis_capitata = Phortica_variegata = Inserts between block 5 and 6 in window D. virilis 11bp D_montana 1290bp D_arizonae 3bp D. grimshawi 3bp D_athabasca 1bp D_pseudoobscura_1 1bp D. miranda 1bp B D D. persimilis 1bp D. pseudoobscura 1bp D_subobscura 1bp D_obscura 1bp Alignment block 6 of 1783 in window, 1088845 - 1088870, 26 bps B D D. melanogaster atc-----gtgttgcttc------gtggatt-----tttagc D D. simulans atc-----gtgttgcttc------gtggatt-----tgtagc B D D. sechellia atc-----gtgttgcttt------gtggatt-----tgtagc D. erecta atc-----gtgttacttc------gtatatt-----taaagc D. yakuba atc-----gtgttacttc------gtggatt-----tatagc D. ficusphila att-----gtgttactcc------gttgcct-----cgtagc D. eugracilis atc-----g--------c------gtggact-----catagc D. biarmipes ctc-----gcgttgtttc------gtggact-----catagc D. suzukii ctc-----gcggtgtttc------gtggact-----catagc D. takahashii ctc-----gcgttgtttc------gtggact-----catagc D. elegans ctc-----gcgttgtttc------ttggact-----cgcagc D. rhopaloa ctc-----gcgttgtatc------ttgaacc-----aatagc D_serrata ccc-----gcgt-------------tgaact----------c D. kikkawai ccc-----gcgt-------------tgaact----------g D. ananassae ctc-----a-tctattct------gttgact-----tatatg D. bipectinata ctc-------cctattcc------gttaact-----tatatg D. virilis cgc-----ag------tc------gctaacaaaagcagcagc D_arizonae cgc-----ga------tc------gccgct------ggttgc D. grimshawi cgc-----gt------tc------gtgaacta----agttgc D_athabasca cgc-----ggcttgtatc------gtggaca-----tatggc D_pseudoobscura_1 cgc-----ggtttgtatc------gtggaca-----tatggc D. miranda cgc-----ggtttgtatc------gtggaca-----tatggc B D D. persimilis cgc-----ggtttgtatc------gtggaca-----tatggc D. pseudoobscura cgc-----ggtttgtatc------gtggaca-----tatggc D_subobscura ctc-----ggtttgtttc------gtggaca-----tatggc D_obscura ctcggcttggcttgtatc------gtggaca-----tatggc D. albomicans --------------------------------------aagc D. willistoni ttc-----attcagtttccgatctgccgagc-----tttagc D_novamexicana ========================================== D_navojoa ========================================== D_busckii ========================================== D. mojavensis ========================================== Lucilia_cuprina ========================================== Holcocephala_fusca ========================================== A_farauti_No4 ========================================== A_atroparvus ========================================== A_sinensis ========================================== A_epiroticus ========================================== A_coluzzii ========================================== A_culicifacies ========================================== Culex_quinquefasciatus ========================================== D_hydei ========================================== A_funestus ========================================== Megaselia_scalaris ========================================== Megaselia_abdita ========================================== T. castaneum ========================================== Proctacanthus_coquilletti ========================================== D_montana ========================================== A_dirus ========================================== A_merus ========================================== Zaprionus_indianus ========================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ========================================== Teleopsis_dalmanni ========================================== Paykullia_maculata ========================================== Bactrocera_latifrons ========================================== Themira_minor ========================================== Ceratitis_capitata ========================================== Phortica_variegata ========================================== Inserts between block 6 and 7 in window D. virilis 2bp D_arizonae 1bp D_athabasca 1bp D_pseudoobscura_1 1bp D. miranda 1bp B D D. persimilis 1bp D. pseudoobscura 1bp D_subobscura 1bp D_obscura 1bp Alignment block 7 of 1783 in window, 1088871 - 1088875, 5 bps B D D. melanogaster caaca D D. simulans caaca B D D. sechellia caaca D. erecta caaca D. yakuba caaca D. ficusphila ccaca D. eugracilis caaca D. biarmipes caaca D. suzukii caaca D. takahashii caaca D. elegans caaca D. rhopaloa caaca D_serrata cgaca D. kikkawai caaca D. ananassae caaca D. bipectinata taaca D_novamexicana cagca D. virilis cagca D_arizonae aatta D. grimshawi ----a D_athabasca caaca D_pseudoobscura_1 caaca D. miranda caaca B D D. persimilis caaca D. pseudoobscura caaca D_subobscura caaca D_obscura caaca D. albomicans ---ca D. willistoni cacca D_navojoa ===== D_busckii ===== D. mojavensis ===== Lucilia_cuprina ===== Holcocephala_fusca ===== A_farauti_No4 ===== A_atroparvus ===== A_sinensis ===== A_epiroticus ===== A_coluzzii ===== A_culicifacies ===== Culex_quinquefasciatus ===== D_hydei ===== A_funestus ===== Megaselia_scalaris ===== Megaselia_abdita ===== T. castaneum ===== Proctacanthus_coquilletti ===== D_montana ===== A_dirus ===== A_merus ===== Zaprionus_indianus ===== Scaptodrosophila_lebanonensis ===== Teleopsis_dalmanni ===== Paykullia_maculata ===== Bactrocera_latifrons ===== Themira_minor ===== Ceratitis_capitata ===== Phortica_variegata ===== Inserts between block 7 and 8 in window D. willistoni 979bp Alignment block 8 of 1783 in window, 1088876 - 1088921, 46 bps B D D. melanogaster ggtggttc-----g-----cgc---------------------tgtctttttta-----------cctt- D D. simulans ggtggtac-----g-----cgc---------------------tgtctttttta-----------cctt- B D D. sechellia ggtggtac-----g-----cgc---------------------tgtctttttta-----------cctt- D. erecta ggtggtac-----g-----cgc---------------------agtc-ttttta-----------cctt- D. yakuba ggtggtac-----g-----cgc---------------------tgtc-ttgtta-----------tctc- D. ficusphila ggtggaac-----g-----cgg---------------------tgtctctatt-------------ctg- D. eugracilis ggtgcaac-----g-----cgc---------------------tgtcaatttta-----------cctg- D. biarmipes ggtggaac-----g-----cgc---------------------tgtattctt-a-----------cctg- D. suzukii ggtggaac-----a-----cgc---------------------tgtctttttaa-----------cctg- D. takahashii ggtggaac-----g-----cgc---------------------tgtctttttta-----------cctg- D. elegans ggtgggac-----g-----cgc---------------------tgtactttata-----------gctg- D. rhopaloa ggtggtac-----g-----cgc---------------------tgtcttttata-----------cctg- D_serrata ggtggaacgcgcag-----cgc---------------------tgttctcttca---------agcctg- D. kikkawai ggtggaacgcgctg-----cgc---------------------cgttcttttta---------agcctg- D. ananassae ggtgggac-----t-----ctc---------------------tctgtttgttaa--------aaccgt- D. bipectinata ggtgggac-----c-----cgg---------------------tctgttttttaa--------aaccgt- D_novamexicana agtggaac-----g-----cgg---------------------cttcttcttct------ctctcgctg- D. virilis agtggaac-----g-----cgg---------------------cttcttcttct------ttcacgccga D_arizonae agtgaaac-----aaacaccac---------------------tttttcttctt------cttcttctt- D. grimshawi agtggaac-----g-----cgc---------------------cttctctcttg------tttaatttt- D_athabasca agtggtac-----g-----cgc---------------------tgccgcactgtatacagatcaacttg- D_pseudoobscura_1 agtggtac-----g-----cgc---------------------tgccgcattgtataaaaatcgacttg- D. miranda agtggtac-----g-----cgc---------------------tgccgcattgtataaaaatcaacttg- B D D. persimilis agtggtac-----g-----cgc---------------------tgccgcattgcataaaaatcgacttg- D. pseudoobscura agtggtac-----g-----cgc---------------------tgccgcattgtataaaaatcgacttg- D_subobscura agtggtac-----g-----tgctgctctgccgaccatgccaagtgccgtgttttataaaaatcatcttg- D_obscura agtggtac-----g-----cgctgctctgccgaccatgccaagtgccgtattgtataaaaatcaacttg- D. albomicans cctgttgc-----g-----agg---------------------tttcgaaggctgt-------------- D. willistoni ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D_busckii ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== T. castaneum ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D_montana ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== Paykullia_maculata ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster ---tcaag--------------------------------gcttagattccttg D. simulans ---tcaag--------------------------------gcttagattccttg D. sechellia ---tcaag--------------------------------gcttagattccttg D. erecta ---tcaagtaccg-ta---------------------ctagcttagatccgtag D. yakuba ---tcaagtaccg-ta---------------------ttggcttagatccgtaa D. ficusphila ---ccaagtgctg-tt---------------------ttggatagaagtactta D. eugracilis ----ctagtttaa-aa---------------------gtgaataggatctataa D. biarmipes ---ccaagtaacg-tagagcgtacaaagtatatagaagtgataaagatttataa D. suzukii ---ccaagagtcgttagaacgttaaacttatatagacgtgacgattatttgtaa D. takahashii ---tcaagtatcg-ta-----------ttgactgaaagtgtctaagattcgtaa D. elegans ---ccaagtatcg-ta-----------tcatt---gattggcaaaagtttatag D. rhopaloa ---tcaagtatcg-ta-----------ttgattagaagtggctaaaatgtataa D_serrata ---ccaaa----g-ta---------------------gtgacctttgttggaag D. kikkawai ---ccaaa----g-ta---------------------ttgacctttattggaca D. ananassae ---tacagctctc-aa---------------------acaaa--tgtgttgaag D. bipectinata ---tacagtcctc-aa---------------------atagagtggtgataatg D_novamexicana ---taac----------------------------------------------- D. virilis cgacaac----------------------------------------------- D_arizonae ---cttc----------------------------------------------- D. grimshawi ---ctaa----------------------------------------------- D_athabasca ---cttg----------------------------------------------- D_pseudoobscura_1 ---cttg----------------------------------------------- D. miranda ---cttg----------------------------------------------- D. persimilis ---cttg----------------------------------------------- D. pseudoobscura ---cttg----------------------------------------------- D_subobscura ---atag----------------------------------------------- D_obscura ---cttg----------------------------------------------- D. albomicans ------------------------------------------------------ D. willistoni ====================================================== D_navojoa ====================================================== D_busckii ====================================================== D. mojavensis ====================================================== Lucilia_cuprina ====================================================== Holcocephala_fusca ====================================================== A_farauti_No4 ====================================================== A_atroparvus ====================================================== A_sinensis ====================================================== A_epiroticus ====================================================== A_coluzzii ====================================================== A_culicifacies ====================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================== D_hydei ====================================================== A_funestus ====================================================== Megaselia_scalaris ====================================================== Megaselia_abdita ====================================================== T. castaneum ====================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================== D_montana ====================================================== A_dirus ====================================================== A_merus ====================================================== Zaprionus_indianus ====================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================== Paykullia_maculata ====================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================== Themira_minor ====================================================== Ceratitis_capitata ====================================================== Phortica_variegata ====================================================== Inserts between block 8 and 9 in window D_novamexicana 3bp D. virilis 3bp D_arizonae 18bp D. grimshawi 20bp Alignment block 9 of 1783 in window, 1088922 - 1089031, 110 bps B D D. melanogaster a---------------ctcagtgat---------------------------------gttgtta----- D D. simulans a---------------ctcagtgat---------------------------------gttatta----- B D D. sechellia a---------------ctcagtgat---------------------------------gttatta----- D. erecta a---------------gtcagtgat---------------------------------gttgaga----- D. yakuba a---------------gtcagtgat---------------------------------attaaga----- D. ficusphila aaaaaaatacaatactttgagtgat---------------------------------actgcga----- D. eugracilis t---------------ttcagtgatccagtggggttaaccatcgaaattgggaatgagatttgga----- D. biarmipes t---------------ataagtgat---------------------------------aataaga----- D. suzukii t---------------ttaagtgat---------------------------------actaaga----- D. takahashii t---------------ttgagtgat---------------------------------at---------- D. elegans t---------------ttgagtgat---------------------------------actgtga----- D. rhopaloa t---------------taaagtgaa---------------------------------actgtga----- D_serrata a---------------gtatatgaa--------------------------------------------- D. kikkawai a-------------------ctgaa--------------------------------------------- D. ananassae a---------------attcgagat---------------------------------attgatatacat D. bipectinata a---------------gtttgagat---------------------------------atcgata----- D_novamexicana ---------------------------------------------------------------------- D. virilis ---------------------------------------------------------------------- D_arizonae ---------------------------------------------------------------------- D_busckii ---------------------------------------------------------------------- D. grimshawi ---------------------------------------------------------------------- D_athabasca ---------------------------------------------------------------------- D_pseudoobscura_1 ---------------------------------------------------------------------- D. miranda ---------------------------------------------------------------------- B D D. persimilis ---------------------------------------------------------------------- D. pseudoobscura ---------------------------------------------------------------------- D_subobscura ---------------------------------------------------------------------- D_obscura ---------------------------------------------------------------------- D. albomicans ---------------------------------------------------------------------- D. willistoni ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== T. castaneum ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D_montana ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== Paykullia_maculata ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster ----gtgtat--------------------------a-----------aattc--gtatt---tgaacgt D. simulans ----gtgtat--------------------------a-----------aattc--gtatt---tgaaagt D. sechellia ----gtgtat--------------------------a-----------aattc--gtatt---tgaaagt D. erecta ----gtgtat--------------------------a-----------ag--------------gaacat D. yakuba ----gtgtat--------------------------a-----------ac--------------gataac D. ficusphila ----gtgtact--------------------ttcg-g-----------aatct--atagc---tgtgatt D. eugracilis ----atttact--------------------ttggaa-----------agtttgagaact---taaaaat D. biarmipes ----gtgtacctatcgaaactaaaagagtgatttt-a-----------aattc--gtcct---ccacaga D. suzukii ----gtgtacctatcaaaactaaaagtgtgatttc-a-----------aattc--gattt---tcacaga D. takahashii -------------------ccagaaaagtgatttg-g-----------aattc--gtttt---tcaaagc D. elegans ----gtgtacccatcggaactactaatgtaatttt-g-----------aattc--ggtttccaaaaaagt D. rhopaloa ----atgtagctataaaatctagcaatgtgattat-g-----------aattc--gtttt---aaaaatt D_serrata ------------------------------------a-----------gattc--gcatt---atgaagt D. kikkawai ------------------------------------a-----------aattc--gcatt----tcaagt D. ananassae atttatataa--------------------------a-----------catat--acatt---aaaa--- D. bipectinata ----atatat--------------------------c-----------catat--atat----------- D_novamexicana ----------------------------------------aaagaat-gatgt--gaaaa---cacatac D. virilis ----------------------------------------aaacaat-aatgt--gtgaa---cacatac D_arizonae -----------------------------------------------------------g---ttcagaa D_busckii ---------------------------------------------ac-ttcgt--gaaag---ttaatag D. grimshawi ---------------------------------------------------------aca---tatataa D_athabasca ------------------------------------------------aatgt------a---tgtgtat D_pseudoobscura_1 ------------------------------------------------aatgt------a---tatgtat D. miranda ------------------------------------------------aatgt------a---tatgtat D. persimilis ------------------------------------------------aatgt------a---tatgtat D. pseudoobscura ------------------------------------------------aatgt------a---tatgtat D_subobscura ------------------------------------------------aatgt------g---tgtgtat D_obscura ------------------------------------------------aatgt------a---tgtgtat D. albomicans -------------------------------------tctaagtagcaagtgt------g---tggatcg D. willistoni ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== T. castaneum ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D_montana ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== Paykullia_maculata ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster tttcactacctta-------act---g------agtg--------------------------------a D. simulans tttcactacctta-------act---g------agtg--------------------------------- D. sechellia tttcactaccata-------act---g------agtg--------------------------------- D. erecta ttagactgcattgtgattttaaa---g------agtg--------------------------------c D. yakuba tgacattgcattgtgatttgaaa---c------agtg--------------------------------a D. ficusphila ttaaatt-cgttt-------tcc---a------agaa--------------------------------a D. eugracilis ttggttccaattatgac---att---g------tgtt--------------------------------a D. biarmipes gtttaatacct---------aca---a------agtg--------------------------------t D. suzukii gtttaatacct---------aca---a------agtg--------------------------------t D. takahashii tttcaatacta---------aga---a------agtt--------------------------------t D. elegans gttg----ttt---------cgt---a------agtg--------------------------------t D. rhopaloa tttgagaactt---------aaa---a------agtg--------------------------------t D_serrata aatttgtgcaatt-------caa---a------aaca--------------------------------a D. kikkawai gacttgtgcaata-------aaa---a------aaca--------------------------------t D. ananassae ----------cta-------aaa---c------agtg--------------------------------a D. bipectinata -----------ca-------aaa---a------agtg--------------------------------a D_novamexicana cctgtatattt---------gat---a------attgcaca---cgagatcggtgtggccgtgatg-tac D. virilis cctgtatattt---------gat---a------attgcaca---caagatcgatgtggccgtgatg-tac D_arizonae tgtgaatataa---------gagtcaa------attg-------------------------------gc D_busckii ttttgctaaat---------gattcaa------------------------------------------c D. grimshawi tatgtatatac---------gtgtccatatattattatgta---taa-atatataatgatatgat--tac D_athabasca ttcggatgtgt---------act---t------attg--------------------------------a D_pseudoobscura_1 ttcggatgtgt---------act---t------attg--------------------------------a D. miranda tttggatgtgt---------act---t------attg--------------------------------a D. persimilis ttcggatgtgt---------act---t------attg--------------------------------a D. pseudoobscura ttcggatgtgt---------act---t------attg--------------------------------a D_subobscura ttcggatgtta---------gct---t------atgg--------------------------------a D_obscura ttcggatgtga---------act---t------attg--------------------------------a D. albomicans cgtagctggta---------aac---t------tttgcccctcttaacttcaccgtcgcttcaccgctct D. willistoni ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== T. castaneum ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D_montana ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== Paykullia_maculata ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster -------cgc-----taa---------ata-acta-at--------------aatttattga-------- D. simulans -------------------------------attg-at--------------cattt------------- D. sechellia -------------------------------attg-at--------------cattt------------- D. erecta -------cgccgt--tca---------ata-actg-ac--------------tatttattta-------- D. yakuba -------cgt-----tca---------tta-actg-ac--------------catttattta-------- D. ficusphila -------ctc-----taa--------taca-attg-gc--------------gcaccaatgt-------- D. eugracilis -------cat-----tcac-------tgcatatat-at--------------tatttaataa-------- D. biarmipes -------cgt-----tat-------------ataa-at--------------ttggttatgacac----- D. suzukii -------cgt-----tct-------------atag-at--------------tagattata--------- D. takahashii -------agt-----cct-------------ttat-at--------------tatattatattat----- D. elegans ataataatat-----tca-------------attg-a--------------------------------- D. rhopaloa -------tgt-----ttt-------------atgt-a--------------------------------- D_serrata -------gat-----atatccaaacacatatgtac-at--------------gtatcaacga-------- D. kikkawai -------aac-----ttatacaaacacatatatgc-at--------------aaataaaaaa-------- D. ananassae -------tct-----tat-------------attt-at--------------atatttgtttttcaaaaa D. bipectinata -------tct-----aaa-------------attt-at--------------acaatt------------ D_novamexicana -------aat-----caa---------ttc-attt-gt--------------gg---------------- D. virilis -------gat-----caa---------ttc-atat-gt--------------ga---------------- D_arizonae -------tac-----cga---------aca-gtga-at--------------aa---------------- D_busckii -------tac-----tga---------gct-cccg-tt--------------aa---------------- D. grimshawi -------tat-----gta---------att-gcaa-attgccgttacaggcaaa---------------- D_athabasca -------aactataatca---------ata-atcc-at--------------ta---------------- D_pseudoobscura_1 -------aac-----gca---------ata-atct-at-------------------------------- D. miranda -------aac-----gca---------ata-atct-at-------------------------------- D. persimilis -------aac-----gca---------ata-atct-at-------------------------------- D. pseudoobscura -------aac-----gca---------ata-atct-at-------------------------------- D_subobscura -------aac-----tca---------ata-atca-at-------------------------------- D_obscura -------aac-----tca---------ata-atct-at-------------------------------- D. albomicans -------caa-----tca---------ata-gtgtgat--------------ag---------------- D. willistoni ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== T. castaneum ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D_montana ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== Paykullia_maculata ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster a------at------tc---tttaaaacaattatatg D. simulans -------at------tc---tttaaatcaattatatg D. sechellia -------at------tc---tttaaatcaattatatg D. erecta a------at------ta---tttaaggcaattatatg D. yakuba a------at------ta---ttt----------tatg D. ficusphila t------gt------tg---t------------catc D. eugracilis t------attaataata---ttaaaaataaaaacact D. biarmipes a------ca------ca---tttaatgatttaagacg D. suzukii a------ca------ca---ttaaatgctttaagaca D. takahashii attatacta------ct---ttcaatgctttaaaacg D. elegans a------ga------aa---tatcttgcctggacaca D. rhopaloa t------ga------ca---tttttagactggataca D_serrata t------at------tt---tttata-ttataaccaa D. kikkawai t------at------ta---ttattatttataaaaaa D. ananassae t------at------tt---ctttttgtttcgtacaa D. bipectinata t------at------tg---attggtgctt------- D_novamexicana g------gt------tac--ctgtaca---------- D. virilis a------gt------tac--ctgtaca---------- D_arizonae t------tt------gaa--ttaaaac---------- D_busckii a------ct------gaaagttgtatc---------- D. grimshawi t------ca------aaaatctatgta---------- D_athabasca a------at------ta---ttaaatg---------- D_pseudoobscura_1 a------tt------ta---ttaaatg---------- D. miranda a------tt------ta---ttaaatg---------- D. persimilis a------tt------ta---ttaaatg---------- D. pseudoobscura a------tt------ta---ttaaatg---------- D_subobscura a------tt------ta---ttaaatg---------- D_obscura a------tt------ta---ttaaatg---------- D. albomicans a------tc------ca---ttttaag---------- D. willistoni ===================================== D_navojoa ===================================== D. mojavensis ===================================== Lucilia_cuprina ===================================== Holcocephala_fusca ===================================== A_farauti_No4 ===================================== A_atroparvus ===================================== A_sinensis ===================================== A_epiroticus ===================================== A_coluzzii ===================================== A_culicifacies ===================================== Culex_quinquefasciatus ===================================== D_hydei ===================================== A_funestus ===================================== Megaselia_scalaris ===================================== Megaselia_abdita ===================================== T. castaneum ===================================== Proctacanthus_coquilletti ===================================== D_montana ===================================== A_dirus ===================================== A_merus ===================================== Zaprionus_indianus ===================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ===================================== Teleopsis_dalmanni ===================================== Paykullia_maculata ===================================== Bactrocera_latifrons ===================================== Themira_minor ===================================== Ceratitis_capitata ===================================== Phortica_variegata ===================================== Inserts between block 9 and 10 in window D_novamexicana 7bp D. virilis 7bp D_arizonae 11bp D_busckii 11bp D. grimshawi 11bp D_athabasca 9bp D_pseudoobscura_1 9bp D. miranda 9bp B D D. persimilis 9bp D. pseudoobscura 9bp D_subobscura 9bp D_obscura 9bp Alignment block 10 of 1783 in window, 1089032 - 1089077, 46 bps B D D. melanogaster -------------------------ttaacc-------------aat----ctttataa---------aa D D. simulans -------------------------ttaacc-------------cat----ctttataa---------aa B D D. sechellia -------------------------ttaacc-------------cat----ctttataa---------aa D. erecta -------------------------cttatc-------------aat----ccttatag---------ta D. yakuba -------------------------tttacc-------------aat----ctttaaaa---------ta D. ficusphila -------------------------ctgagc-------------aaa----taaactga---------ta D. eugracilis -------------------------ttaaac-------------tgg----attaaaaa-----ct--ta D. biarmipes --------------------------ttaaa-------------aat----ac-aaata-----ccgacc D. suzukii -------------------------tttaaa-------------aat----acgaggca-----ccaaca D. takahashii -------------------------ttaaaa-------------aat----acaaaaag-----cggaca D. elegans ---------------------------aaag-------------aat----ttaa--------------a D. rhopaloa ---------------------------aaaa-------------aag----ttga-------------ta D_serrata -------------------------atcaaa-------------taa----atccacaa-----tgtact D. kikkawai -------------------------aaaaaa-------------aca----taatagaattatttaaaca D. ananassae -------------------------tttaaa-------------tgt----tacgaaca---------ta D. bipectinata -------------------------taaaga-------------tgt----taccaaca---------ta D_novamexicana tgaaatc-----aatc---------gaaaat-------------act----tgcatgaa---------aa D. virilis tgaaatc-----aata---------aaaaat-------------act----tgcatgaa---------aa D_arizonae tgaa-----------g---------taaaat---------------g----aattgaga---------ac D_busckii tgaaatt-----attg---------tagaat---------------t----tgtgaaaa---------gg D. grimshawi tgatatttaaggtcaa---------taaaatcagaaacctcctcaca----tgataaaa---------ac D_athabasca -------------------------acgaat-------------gat------t---aa---------aa D_pseudoobscura_1 -------------------------tccaat-------------gtt----tat---aa---------aa D. miranda -------------------------tccaat-------------gtt----tat---aa---------a- B D D. persimilis -------------------------tccaat-------------gtt----tat---aa---------aa D. pseudoobscura -------------------------tccaat-------------gtt----tat---aa---------aa D_subobscura -------------------------tcgaat-------------acttacatat---aa---------ta D_obscura -------------------------tcgaat-------------gct----tat---aa---------aa Zaprionus_indianus ----------------ttagtcaattagaat-------------gta----tgt---ac---------aa D. albomicans -----------------------gatcaaac---------------t----taa---aa---------aa D. willistoni ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== T. castaneum ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D_montana ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== Paykullia_maculata ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster -----cga-----aaat--------------------------------------------attca--gt D. simulans -----cga-----aaat--------------------------------------------attca--gt D. sechellia -----cga-----aaat--------------------------------------------attca--gt D. erecta -----cga-----aaat--------------------------------------------attca--gt D. yakuba -----taa-----aaat--------------------------------------------agtta--gt D. ficusphila -----taa-----agag--------------------------------------------attca--gt D. eugracilis -----cag-----gcaa--------------------------------------------aatca--gt D. biarmipes -----taa-----aaat--------------------------------------------attca--gt D. suzukii -----taa-----aaat--------------------------------------------attta--gt D. takahashii -----taa-----gaa---------------------------------------------attca--gt D. elegans -----tac-----aaa---------------------------------------------tttga--gt D. rhopaloa -----tag-----taa---------------------------------------------gtaaaatgc D_serrata -----cac-----aatt--------------------------------------------attaa--tt D. kikkawai -----cac-----aact--------------------------------------------attca--tt D. ananassae -----aaa-----taat--------------------------------------------atttt--at D. bipectinata -----aaa-----taat--------------------------------------------tttta--at D_novamexicana -----agcagacaacat--------------------------------------------aatta--gt D. virilis -----agcagaccgcgt--------------------------------------------aatta--gt D_arizonae -----agt-----aagt--------------------------------------------gattg--ag D_busckii -----agccca-aaaat--------------------------------------------aattc--gc D. grimshawi -----agc-------at--------------------------------------------aatta--gt D_athabasca -----agt-----gcggat--------------------------------------------ttt--at D_pseudoobscura_1 -----agt-----gtggat----------ttcgtggtaaaattcaaatgaatataaagttaataca--at D. miranda ---------------------------------------------------------------------- D. persimilis -----agt-----gtgg--------------------------------------------atttc--gt D. pseudoobscura -----agt-----gtgg--------------------------------------------atttc--gt D_subobscura -----agt-----gcgg--------------------------------------------atttt--gt D_obscura -----agt-----gtagatttgtggtccattttcaatgaatataaagtga-----------atatc--ag Zaprionus_indianus tatatatt-----gtgt--------------------------------------------ataac--aa D. albomicans -----aat------caa--------------------------------------------aataa--a- D. willistoni ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== T. castaneum ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D_montana ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== Paykullia_maculata ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster gagtaaacta------------------------atg D. simulans gagtaaacta------------------------atg D. sechellia gagtaaacta------------------------atg D. erecta gagtaaactat------------------attgcgtg D. yakuba gagtagacta------------------------aat D. ficusphila aagtaaacta------------------------aaa D. eugracilis aagtaaactac-------------cattaattttcat D. biarmipes aagttcgct--------------------------tg D. suzukii aagttcact--------------------------tg D. takahashii aagtgagctgtacgt---------------taaggtg D. elegans aagtaaaatatgcatatcataccccatagatgatatg D. rhopaloa aagtaaag--------------------------aca D_serrata gcaacaattt--------------------------- D. kikkawai acaacagttt--------------------------- D. ananassae gt----------------------------------- D. bipectinata at----------------------------------- D_novamexicana gagagaactgttg------------------------ D. virilis gaatgaactgttg------------------------ D_arizonae ttgcgtgctt--------------------------- D_busckii gcaagttctttag------------------------ D. grimshawi gagtgtatgt--g------------------------ D_athabasca gg----------------------------------- D_pseudoobscura_1 ta----------------------------------- D. miranda ------------------------------------- D. persimilis gg----------------------------------- D. pseudoobscura gg----------------------------------- D_subobscura gg----------------------------------- D_obscura ta----------------------------------- Zaprionus_indianus gg----------------------------------- D. albomicans ------------------------------------- D. willistoni ===================================== D_navojoa ===================================== D. mojavensis ===================================== Lucilia_cuprina ===================================== Holcocephala_fusca ===================================== A_farauti_No4 ===================================== A_atroparvus ===================================== A_sinensis ===================================== A_epiroticus ===================================== A_coluzzii ===================================== A_culicifacies ===================================== Culex_quinquefasciatus ===================================== D_hydei ===================================== A_funestus ===================================== Megaselia_scalaris ===================================== Megaselia_abdita ===================================== T. castaneum ===================================== Proctacanthus_coquilletti ===================================== D_montana ===================================== A_dirus ===================================== A_merus ===================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ===================================== Teleopsis_dalmanni ===================================== Paykullia_maculata ===================================== Bactrocera_latifrons ===================================== Themira_minor ===================================== Ceratitis_capitata ===================================== Phortica_variegata ===================================== Inserts between block 10 and 11 in window D_serrata 497bp D. kikkawai 9bp D. ananassae 14bp D. bipectinata 12bp D_novamexicana 7bp D. virilis 1043bp D_arizonae 2bp D_busckii 4bp D. grimshawi 4bp Alignment block 11 of 1783 in window, 1089078 - 1089085, 8 bps B D D. melanogaster ca------------------------tagttt--- D D. simulans ca------------------------taattt--- B D D. sechellia ca------------------------taattt--- D. erecta ca----------------------tttagttt--- D. yakuba ca--------------------cttttagttt--- D. ficusphila aa---------------------tcccactgt--- D. eugracilis ca----------------------cttatatt--- D. biarmipes ct-----------------------attatt---- D. suzukii cttatagtttaagctacaactcctcattgttt--- D. takahashii ct------------------------ttattt--- D. elegans tc-----------------------ataacat--- D. rhopaloa tt-----------------------actaaat--- D_novamexicana ---------------------------gttgttt- D_arizonae ---------------------------catttgt- D_busckii ---------------------------aattttta D. grimshawi ---------------------------gcttgtt- D_athabasca ----------------------------------t D_pseudoobscura_1 ----------------------------------c B D D. persimilis ----------------------------------t D. pseudoobscura ----------------------------------t D_subobscura ----------------------------------t D_obscura ----------------------------------c Zaprionus_indianus ----------------------------------t D. willistoni =================================== D. virilis =================================== D_navojoa =================================== D. ananassae =================================== D. miranda ----------------------------------- D. mojavensis =================================== Lucilia_cuprina =================================== Holcocephala_fusca =================================== A_farauti_No4 =================================== A_atroparvus =================================== A_sinensis =================================== A_epiroticus =================================== A_coluzzii =================================== A_culicifacies =================================== Culex_quinquefasciatus =================================== D_hydei =================================== A_funestus =================================== Megaselia_scalaris =================================== Megaselia_abdita =================================== T. castaneum =================================== Proctacanthus_coquilletti =================================== D. albomicans ----------------------------------- D_montana =================================== A_dirus =================================== A_merus =================================== D. bipectinata =================================== D_serrata =================================== Scaptodrosophila_lebanonensis =================================== Teleopsis_dalmanni =================================== Paykullia_maculata =================================== Bactrocera_latifrons =================================== Themira_minor =================================== Ceratitis_capitata =================================== D. kikkawai =================================== Phortica_variegata =================================== Alignment block 12 of 1783 in window, 1089086 - 1089111, 26 bps B D D. melanogaster ---------------------taaata------tatta-----agg------taaaaataattc D D. simulans ---------------------taaata------tatta-----agg------tgaaaataattt B D D. sechellia ---------------------taaata------tatta-----agg------tgaaaataattt D. erecta ---------------------tatata-----ttatta-----agg------tgaaaataaatt D. yakuba ---------------------taaata-----ttatga-----agg------tgaaaataaatt D. ficusphila ---------------------taaata------aatgt-----aac------ttagcttttttt D. eugracilis ---------------------tgatta---atttagta-----aac------ttaaaataattg D. biarmipes -----------------------acta-----ttatta-----atg------taaatattttta D. suzukii ---------------------gaatta-----tcatta-----aag------taaagatgttta D. takahashii -----------------------atac-----atacta-----aag------tgaacatattta D. elegans ---------------------aagtca-----taagtg-----aagagagtattaaattatcaa D. rhopaloa ---------------------aagtaa-----aatata-----aat------ttaaataaatca D_serrata ---------------------tatata------ttttagagctaag------ttaacatttt-- D. kikkawai ---------------------aaaata------ttcca---ctaaa------atgaattattga D. ananassae ---------------------tcataa-----aaaaaa-----aga------caaaaaaaaaga D. bipectinata ---------------------taatta-----aaaata-----aac------c--acaaagtga D_novamexicana ----------------tatagtgaata------------------------------------- D_arizonae ----------------tttagtgaata------------------------------------- D_busckii gaaa------------ttttaagagta------------------------------------- D. grimshawi ----------------ctcagtgaata------------------------------------- D_athabasca caag-----------ttccaaggaata------------------------------------- D_pseudoobscura_1 aaaa---------agttcgactgagcc------------------------------------- D. miranda ------------------aagtg----------------------------------------- B D D. persimilis aaaa-----------ttcaaatgaata------------------------------------- D. pseudoobscura aaaa-----------ttcaaatgaata------------------------------------- D_subobscura aaaa-----------tttcaatgaata------------------------------------- D_obscura aaaa---------agtccgactgagct------------------------------------- Zaprionus_indianus atagctggtctcgattcaaagtgaaga------------------------------------- D. albomicans --------cgtagctttcgtacaaatgtta---------------------------------- D. willistoni ================================================================ D. virilis ================================================================ D_navojoa ================================================================ D. mojavensis ================================================================ Lucilia_cuprina ================================================================ Holcocephala_fusca ================================================================ A_farauti_No4 ================================================================ A_atroparvus ================================================================ A_sinensis ================================================================ A_epiroticus ================================================================ A_coluzzii ================================================================ A_culicifacies ================================================================ Culex_quinquefasciatus ================================================================ D_hydei ================================================================ A_funestus ================================================================ Megaselia_scalaris ================================================================ Megaselia_abdita ================================================================ T. castaneum ================================================================ Proctacanthus_coquilletti ================================================================ D_montana ================================================================ A_dirus ================================================================ A_merus ================================================================ Scaptodrosophila_lebanonensis ================================================================ Teleopsis_dalmanni ================================================================ Paykullia_maculata ================================================================ Bactrocera_latifrons ================================================================ Themira_minor ================================================================ Ceratitis_capitata ================================================================ Phortica_variegata ================================================================ Inserts between block 12 and 13 in window D_novamexicana 17bp D_arizonae 7bp D_busckii 2bp D. grimshawi 8bp D_athabasca 114bp D_pseudoobscura_1 131bp D. miranda 309bp B D D. persimilis 167bp D. pseudoobscura 167bp D_subobscura 152bp D_obscura 133bp Zaprionus_indianus 11bp Alignment block 13 of 1783 in window, 1089112 - 1089120, 9 bps B D D. melanogaster -------ct-----taa-t---cat D D. simulans -------ct-----taa-t---cat B D D. sechellia -------ct-----taa-t---cat D. erecta -------tt-----taagt---tat D. yakuba -------ct-----taaat---cat D. ficusphila -------tt-----taa-a---tat D. eugracilis -------tc-----tga-------- D. biarmipes -------ccaatttaaa-t---aac D. suzukii -------acaatttgaa-t---aat D. takahashii -------ccatcgtaaa-t---gag D. elegans -------acag---aaa-t---taa D. rhopaloa -------ac-----aaa-c---cag D_serrata --------t-----tat-a---tag D. kikkawai -------ct-----taa-a---aac D. ananassae -------gg-----taa-g---aaa D. bipectinata -------ag-----taa-gtacaaa D_novamexicana tttaaagct---------------- D_busckii ---aataat---------------- D. grimshawi tttaataat---------------- D_athabasca -------ct---------------- D_pseudoobscura_1 -------ct---------------- B D D. persimilis -------ct---------------- D. pseudoobscura -------ct---------------- D_subobscura -------ct---------------- D_obscura -------ct---------------- D. albomicans cttaatcat---------------- D. willistoni ========================= D. virilis ========================= D_navojoa ========================= D. miranda ========================= D. mojavensis ========================= D_arizonae ========================= Lucilia_cuprina ========================= Holcocephala_fusca ========================= A_farauti_No4 ========================= A_atroparvus ========================= A_sinensis ========================= A_epiroticus ========================= A_coluzzii ========================= A_culicifacies ========================= Culex_quinquefasciatus ========================= D_hydei ========================= A_funestus ========================= Megaselia_scalaris ========================= Megaselia_abdita ========================= T. castaneum ========================= Proctacanthus_coquilletti ========================= D_montana ========================= A_dirus ========================= A_merus ========================= Zaprionus_indianus ========================= Scaptodrosophila_lebanonensis ========================= Teleopsis_dalmanni ========================= Paykullia_maculata ========================= Bactrocera_latifrons ========================= Themira_minor ========================= Ceratitis_capitata ========================= Phortica_variegata ========================= Inserts between block 13 and 14 in window D_novamexicana 29bp D_busckii 24bp D. grimshawi 738bp D_athabasca 7bp D_pseudoobscura_1 7bp B D D. persimilis 7bp D. pseudoobscura 7bp D_subobscura 8bp D_obscura 7bp Alignment block 14 of 1783 in window, 1089121 - 1089140, 20 bps B D D. melanogaster ccaagtta--------------tataacattaaa----------------- D D. simulans ccaagtta--------------tataacattaaa----------------- B D D. sechellia ccaagtta--------------tataacattaaa----------------- D. erecta ccaagtta--------------tataactttaaa----------------- D. yakuba ccaagtta--------------tttaacattaaa----------------- D. ficusphila ttacattt--------------tatgattttatg----------------- D. eugracilis ------ta--------------cataatttaa------------------- D. biarmipes attttgcg--------------cataatttta------------------- D. suzukii attttaca--------------tatcacttta------------------- D. takahashii atattaca--------------cataattcta------------------- D. elegans attttaca--------------t-ttattttg------------------- D. rhopaloa ctttt---------------------------------------------- D_serrata gtcttgaa--------------aaaaaa----------------------- D. kikkawai atgtagaa--------------tatgaaa---------------------- D. ananassae atatttta--------------tttattattaca----------------- D. bipectinata ataactaaaaattcaaccagattttaatatcata----------------- D_americana ---------------------------------agca-ga----------- D_novamexicana ---------------------------------gcca-at----------- D_arizonae ---------------------------------aaaa-gt----------- D_busckii ---------------------------------aaaa-gt----------- D_athabasca ---------------------------------gcaa-gggtacaatccaa D_pseudoobscura_1 ---------------------------------gcaa-gcgtacaa--aaa B D D. persimilis ---------------------------------gcaa-gcgtacaa--aaa D. pseudoobscura ---------------------------------gcaa-gcgtacaa--aaa D_subobscura ---------------------------------acat-atgtacat--atg D_obscura ---------------------------------gtaa-ggatacaa-aaaa Zaprionus_indianus ---------------------------------gcaatgtgtgtag----- D. albomicans ----------------------------------------------cgaaa D. willistoni =================================================== D. virilis =================================================== D_navojoa =================================================== D. miranda =================================================== D. grimshawi =================================================== D. mojavensis =================================================== Lucilia_cuprina =================================================== Holcocephala_fusca =================================================== A_farauti_No4 =================================================== A_atroparvus =================================================== A_sinensis =================================================== A_epiroticus =================================================== A_coluzzii =================================================== A_culicifacies =================================================== Culex_quinquefasciatus =================================================== D_hydei =================================================== A_funestus =================================================== Megaselia_scalaris =================================================== Megaselia_abdita =================================================== T. castaneum =================================================== Proctacanthus_coquilletti =================================================== D_montana =================================================== A_dirus =================================================== A_merus =================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis =================================================== Teleopsis_dalmanni =================================================== Paykullia_maculata =================================================== Bactrocera_latifrons =================================================== Themira_minor =================================================== Ceratitis_capitata =================================================== Phortica_variegata =================================================== Inserts between block 14 and 15 in window D. kikkawai 1005bp D_americana 25bp D_novamexicana 13bp D_arizonae 4bp D_busckii 173bp Alignment block 15 of 1783 in window, 1089141 - 1089144, 4 bps B D D. melanogaster cact- D D. simulans c-ct- B D D. sechellia cact- D. erecta aact- D. yakuba cact- D. ficusphila ctct- D. eugracilis --ct- D. biarmipes ctca- D. suzukii ctca- D. takahashii cacg- D. elegans cttt- D_athabasca -tcca D_pseudoobscura_1 -tcca B D D. persimilis -tcca D. pseudoobscura -tcca D_subobscura -tttt D_obscura -tcca Zaprionus_indianus ---ca D. albomicans -ttta D. willistoni ===== D. virilis ===== D_novamexicana ===== D_navojoa ===== D_busckii ===== D. ananassae ----- D. miranda ===== D. grimshawi ===== D. mojavensis ===== D_arizonae ===== Lucilia_cuprina ===== Holcocephala_fusca ===== A_farauti_No4 ===== A_atroparvus ===== A_sinensis ===== A_epiroticus ===== A_coluzzii ===== A_culicifacies ===== Culex_quinquefasciatus ===== D_hydei ===== A_funestus ===== Megaselia_scalaris ===== Megaselia_abdita ===== T. castaneum ===== Proctacanthus_coquilletti ===== D_montana ===== A_dirus ===== A_merus ===== D. bipectinata ----- D_serrata ----- D_americana ===== Scaptodrosophila_lebanonensis ===== Teleopsis_dalmanni ===== Paykullia_maculata ===== Bactrocera_latifrons ===== Themira_minor ===== Ceratitis_capitata ===== D. kikkawai ===== D. rhopaloa ----- Phortica_variegata ===== Inserts between block 15 and 16 in window D_athabasca 27bp D_pseudoobscura_1 20bp B D D. persimilis 20bp D. pseudoobscura 20bp D_subobscura 15bp D_obscura 25bp Zaprionus_indianus 19bp D. albomicans 3bp Alignment block 16 of 1783 in window, 1089145 - 1089148, 4 bps B D D. melanogaster taag D D. simulans taag B D D. sechellia taag D. erecta ttag D. yakuba tgag D. eugracilis gttg D. biarmipes tctg D. suzukii tcca D. takahashii tacg D. elegans tccg D. rhopaloa --cg D. willistoni ==== D. virilis ==== D_novamexicana ==== D_athabasca ==== D_navojoa ==== D_busckii ==== D. ananassae ---- D. miranda ==== D. grimshawi ==== D. pseudoobscura ==== D. mojavensis ==== D_arizonae ==== Lucilia_cuprina ==== Holcocephala_fusca ==== A_farauti_No4 ==== A_atroparvus ==== A_sinensis ==== A_epiroticus ==== A_coluzzii ==== A_culicifacies ==== Culex_quinquefasciatus ==== D_subobscura ==== D_hydei ==== A_funestus ==== Megaselia_scalaris ==== Megaselia_abdita ==== B D D. persimilis ==== T. castaneum ==== Proctacanthus_coquilletti ==== D. albomicans ==== D_montana ==== D_pseudoobscura_1 ==== D_obscura ==== A_dirus ==== A_merus ==== Zaprionus_indianus ==== D. ficusphila ---- D. bipectinata ---- D_serrata ---- D_americana ==== Scaptodrosophila_lebanonensis ==== Teleopsis_dalmanni ==== Paykullia_maculata ==== Bactrocera_latifrons ==== Themira_minor ==== Ceratitis_capitata ==== D. kikkawai ==== Phortica_variegata ==== Alignment block 17 of 1783 in window, 1089149 - 1089188, 40 bps B D D. melanogaster gcgcttgagctcggctttaaa-ta-----------------------------tactc------------ D D. simulans gcgcttgagttcggctttaaa-tataa---------------------gggggtacgc------------ B D D. sechellia gtgcttgagttcggctttaaa-tataa---------------------gggggtacgc------------ D. erecta acgattgagctcggctttgaa-taaaa---------------------gagcgtaagc------------ D. yakuba acgattgagttcgtcttttaa-taaaa---------------------gagggtaagc------------ D. ficusphila -------------------------------------------------atgctaagc------------ D. eugracilis gctttcgttttcgtagtccta-tgc----------------------------tgagg------------ D. biarmipes acttttgctgttgcccgtttt-cacggcttc-----------------tatgctgaat------------ D. suzukii acttttgctcttacccgttttccatggtttc-----------------tatgctggat------------ D. takahashii atttgtgctgccaaccgtttt-cctgacttc-----------------tatggtgaag------------ D. elegans atatctgctcttaaccgtact-catggcttc-----------------agtgtttagc------------ D. rhopaloa atatttgctctcaaccgttct-catggctaa-----------------tatgccgagc------------ D_serrata -------aactaaacggacgt-gatgg---------------------ggcgcaatac------------ D. ananassae ----tagtgataagtttaagt-ttc---tta-----------------cccgttaaac------------ D. bipectinata --gcttgggttaattttcaat-tca-----a-----------------cccgttaaac------------ D_americana ------------------------------------------------gtttgtatgt------------ D_novamexicana ------------------------------------------------gtttgaaca------------- D_montana ------------------------------------------------gtgtgtgtgt------------ D_arizonae -----------------------------tctttgaagat---ccatttttagtacaa------------ D_busckii -----------------------------acttagtaaatgtcttgttctttgtatac------------ D_athabasca -----------------------------gcaaagg------------tattataaaa------------ D_pseudoobscura_1 -----------------------------acaaaag------------tattgtaaat------------ B D D. persimilis -----------------------------acaaaag------------tattgtaaat------------ D. pseudoobscura -----------------------------acaaaag------------tattgtaaat------------ D_subobscura -----------------------------atgtaag-------------atcgt-gtt------------ D_obscura -----------------------------acatatg------------tatagtaaat------------ Zaprionus_indianus -----------------------------gtatttg------------tat------------------- D. albomicans -----------------------------gtgtgtg------------tgttgtgattatattcgttaca D. willistoni ====================================================================== D. virilis ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D. miranda ====================================================================== D. grimshawi ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== T. castaneum ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== Paykullia_maculata ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== D. kikkawai ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster -cgaa-ttt--------------g-aac--a D. simulans -cgaa-ttt--------------g-aac--a D. sechellia -cgaa-ttt--------------g-aac--a D. erecta -tgaa-ttt--------------a-aac--g D. yakuba -cgaa-ttt--------------a-aac--a D. ficusphila -cgaa-ctt------------------c--a D. eugracilis -cgtt-ctt--------------a-aac--a D. biarmipes -caaa-ctc--------------c-aat--a D. suzukii -cgaa-ctc--------------a-aat--a D. takahashii -cgaa-ctt--------------a-aat--a D. elegans -cgca-c-----------------------a D. rhopaloa -cgta-c-----------------------a D_serrata -ttga-ctc--------------g-aataaa D. ananassae -ttag-gct--------------taact--g D. bipectinata -ctag-gct--------------t-act--a D_americana ttgta-ttt--------------a-aat--a D_novamexicana --gca-ttt--------------g-ggt--g D_montana gtgta-ttt--------------a-aat--a D_arizonae ----a-tttt-------------g-gtc--a D_busckii tttta-ttttctaattgacatgaa-gac--a D_athabasca ttgta-cct--------------a-tgt--a D_pseudoobscura_1 ttgaa-tct--------------a-tgt--a D. persimilis ttgaa-tct--------------a-tgt--a D. pseudoobscura ttgaa-tct--------------a-tgt--a D_subobscura ttgtt-tgt--------------a-tgg--g D_obscura atgtaccct--------------a-tgt--a Zaprionus_indianus ------att--------------a-tgc--t D. albomicans gtgca-ttt--------------a-aat--a D. willistoni =============================== D. virilis =============================== D_navojoa =============================== D. miranda =============================== D. grimshawi =============================== D. mojavensis =============================== Lucilia_cuprina =============================== Holcocephala_fusca =============================== A_farauti_No4 =============================== A_atroparvus =============================== A_sinensis =============================== A_epiroticus =============================== A_coluzzii =============================== A_culicifacies =============================== Culex_quinquefasciatus =============================== D_hydei =============================== A_funestus =============================== Megaselia_scalaris =============================== Megaselia_abdita =============================== T. castaneum =============================== Proctacanthus_coquilletti =============================== A_dirus =============================== A_merus =============================== Scaptodrosophila_lebanonensis =============================== Teleopsis_dalmanni =============================== Paykullia_maculata =============================== Bactrocera_latifrons =============================== Themira_minor =============================== Ceratitis_capitata =============================== D. kikkawai =============================== Phortica_variegata =============================== Alignment block 18 of 1783 in window, 1089189 - 1089189, 1 bps B D D. melanogaster g D D. simulans g B D D. sechellia g D. erecta t D. yakuba a D. ficusphila c D. eugracilis t D. biarmipes t D. suzukii t D. takahashii t D. elegans a D. rhopaloa t D_serrata t D. ananassae t D. bipectinata t D_americana g D_novamexicana a D_montana g D_arizonae g D_busckii g D_athabasca a D_pseudoobscura_1 c B D D. persimilis c D. pseudoobscura c D_subobscura g D_obscura a Zaprionus_indianus a D. albomicans t D. willistoni g D. virilis = D_navojoa = D. miranda = D. grimshawi = D. mojavensis = Lucilia_cuprina = Holcocephala_fusca = A_farauti_No4 = A_atroparvus = A_sinensis = A_epiroticus = A_coluzzii = A_culicifacies = Culex_quinquefasciatus = D_hydei = A_funestus = Megaselia_scalaris = Megaselia_abdita = T. castaneum = Proctacanthus_coquilletti = A_dirus = A_merus = Scaptodrosophila_lebanonensis = Teleopsis_dalmanni = Paykullia_maculata = Bactrocera_latifrons = Themira_minor = Ceratitis_capitata = D. kikkawai = Phortica_variegata = Inserts between block 18 and 19 in window D_americana 6bp D_novamexicana 9bp D_montana 17bp D_arizonae 435bp D_busckii 1bp D_athabasca 3bp D_pseudoobscura_1 3bp B D D. persimilis 3bp D. pseudoobscura 3bp D_subobscura 3bp D_obscura 3bp Zaprionus_indianus 3bp D. albomicans 1bp Alignment block 19 of 1783 in window, 1089190 - 1089192, 3 bps B D D. melanogaster ctt D D. simulans ctt B D D. sechellia ctc D. erecta ctt D. yakuba ctt D. ficusphila ctg D. eugracilis ttc D. biarmipes ttt D. suzukii ctt D. takahashii ctt D. elegans ctt D. rhopaloa ctt D_serrata atc D. ananassae tca D. bipectinata tct D_busckii ct- D_athabasca cgt D_pseudoobscura_1 cgt B D D. persimilis cgt D. pseudoobscura cgt D_subobscura ctc D_obscura cgt Zaprionus_indianus ctt D. albomicans cat D. willistoni cta D. virilis === D_novamexicana === D_navojoa === D. miranda === D. grimshawi === D. mojavensis === D_arizonae === Lucilia_cuprina === Holcocephala_fusca === A_farauti_No4 === A_atroparvus === A_sinensis === A_epiroticus === A_coluzzii === A_culicifacies === Culex_quinquefasciatus === D_hydei === A_funestus === Megaselia_scalaris === Megaselia_abdita === T. castaneum === Proctacanthus_coquilletti === D_montana === A_dirus === A_merus === D_americana === Scaptodrosophila_lebanonensis === Teleopsis_dalmanni === Paykullia_maculata === Bactrocera_latifrons === Themira_minor === Ceratitis_capitata === D. kikkawai === Phortica_variegata === Inserts between block 19 and 20 in window D_athabasca 28bp D_pseudoobscura_1 28bp B D D. persimilis 28bp D. pseudoobscura 28bp D_subobscura 6bp D_obscura 29bp Alignment block 20 of 1783 in window, 1089193 - 1089194, 2 bps B D D. melanogaster at D D. simulans at B D D. sechellia at D. erecta at D. yakuba at D. ficusphila aa D. eugracilis tt D. biarmipes at D. suzukii at D. takahashii ag D. elegans ac D. rhopaloa ac D_serrata tt D. ananassae ac D. bipectinata ac D_arizonae gt D_busckii gt D_athabasca ac D_pseudoobscura_1 ac D. miranda ac B D D. persimilis ac D. pseudoobscura ac D_obscura ac Zaprionus_indianus aa D. albomicans at D. willistoni at D. virilis == D_novamexicana == D_navojoa == D. grimshawi == D. mojavensis == Lucilia_cuprina == Holcocephala_fusca == A_farauti_No4 == A_atroparvus == A_sinensis == A_epiroticus == A_coluzzii == A_culicifacies == Culex_quinquefasciatus == D_subobscura == D_hydei == A_funestus == Megaselia_scalaris == Megaselia_abdita == T. castaneum == Proctacanthus_coquilletti == D_montana == A_dirus == A_merus == D_americana == Scaptodrosophila_lebanonensis == Teleopsis_dalmanni == Paykullia_maculata == Bactrocera_latifrons == Themira_minor == Ceratitis_capitata == D. kikkawai == Phortica_variegata == Inserts between block 20 and 21 in window D_arizonae 3bp D_busckii 7bp Alignment block 21 of 1783 in window, 1089195 - 1089195, 1 bps B D D. melanogaster -a D D. simulans -a B D D. sechellia -a D. erecta -a D. yakuba -a D. ficusphila -a D. eugracilis -a D. biarmipes -t D. suzukii -t D. takahashii -t D. elegans -a D. rhopaloa -a D_serrata -c D. ananassae -t D. bipectinata -t D_americana -a D_novamexicana -a D_montana -a D_arizonae -a D. mojavensis -a D_hydei -a D_busckii -a D. grimshawi -a D_athabasca -a D_pseudoobscura_1 -a D. miranda -a B D D. persimilis -a D. pseudoobscura -a D_subobscura -a D_obscura -a Zaprionus_indianus -g D. albomicans -a D. willistoni t- D. virilis == D_navojoa == Lucilia_cuprina == Holcocephala_fusca == A_farauti_No4 == A_atroparvus == A_sinensis == A_epiroticus == A_coluzzii == A_culicifacies == Culex_quinquefasciatus == A_funestus == Megaselia_scalaris == Megaselia_abdita == T. castaneum == Proctacanthus_coquilletti == A_dirus == A_merus == Scaptodrosophila_lebanonensis == Teleopsis_dalmanni == Paykullia_maculata == Bactrocera_latifrons == Themira_minor == Ceratitis_capitata == D. kikkawai == Phortica_variegata == Alignment block 22 of 1783 in window, 1089196 - 1089210, 15 bps B D D. melanogaster tttacccacgctcct D D. simulans tttacccacgctcgt B D D. sechellia tttacccacgctcgt D. erecta tttacccacgctcct D. yakuba tttacccacgctcct D. ficusphila tttacccacgatcct D. eugracilis tttacccatgcttct D. biarmipes tttacccacgctcct D. suzukii tttacccacgctcct D. takahashii tttacccacgctcct D. elegans tttacccacgctcct D. rhopaloa tttccccacgctcct D_serrata tgtacccacgctcct D. ananassae cgatcccacgtctct D. bipectinata caatctcacgccttt D_americana tttacccacgctact D_novamexicana tttttatacactttt D_montana tttacccacgctact D_arizonae tttacccacgctact D. mojavensis tttacccacgctact D_hydei tttacccacgctact D_busckii tttacccacgctact D. grimshawi tttacccacgctact D_athabasca tttacccacgctcct D_pseudoobscura_1 tttacccacgctcct D. miranda tttacccacgctcct B D D. persimilis tttacccacgctcct D. pseudoobscura tttacccacgctcct D_subobscura tttacccacgctcct D_obscura tttacccacgcccct Zaprionus_indianus ttttcccacgctact D. albomicans ttaaaccgaggtcta Scaptodrosophila_lebanonensis tttacccacgctact D. willistoni tttacccacgcttct D. virilis =============== D_navojoa =============== Lucilia_cuprina =============== Holcocephala_fusca =============== A_farauti_No4 =============== A_atroparvus =============== A_sinensis =============== A_epiroticus =============== A_coluzzii =============== A_culicifacies =============== Culex_quinquefasciatus =============== A_funestus =============== Megaselia_scalaris =============== Megaselia_abdita =============== T. castaneum =============== Proctacanthus_coquilletti =============== A_dirus =============== A_merus =============== Teleopsis_dalmanni =============== Paykullia_maculata =============== Bactrocera_latifrons =============== Themira_minor =============== Ceratitis_capitata =============== D. kikkawai =============== Phortica_variegata =============== Inserts between block 22 and 23 in window D. albomicans 13bp Alignment block 23 of 1783 in window, 1089211 - 1089219, 9 bps B D D. melanogaster gaccttgg-a D D. simulans gaccttgg-a B D D. sechellia gaccttgg-a D. erecta gaccttgg-a D. yakuba gaccttgg-a D. ficusphila gaccttga-g D. eugracilis gaccttga-g D. biarmipes gaccttga-g D. suzukii gaccttga-g D. takahashii gaccttga-g D. elegans gaccttga-g D. rhopaloa gaccttga-g D_serrata gaccttgg-g D. ananassae gaccttga-g D. bipectinata gaccttga-g D_americana gaccttga-- D_novamexicana atccttgca- D. virilis gacgttgt-- D_montana gaccttga-- D_arizonae gaccttga-- D. mojavensis gaccttga-- D_hydei gaccttga-- D_busckii gaccttga-- D. grimshawi gaccttga-- D_athabasca gaccttga-g D_pseudoobscura_1 gaccttga-g D. miranda gaccttga-g B D D. persimilis gaccttga-g D. pseudoobscura gaccttga-g D_subobscura gaccttga-g D_obscura gaccttga-g Zaprionus_indianus gaccttgg-g D. albomicans aactatta-- Scaptodrosophila_lebanonensis gaccttga-g D. willistoni gaccttga-g D_navojoa ========== Lucilia_cuprina ========== Holcocephala_fusca ========== A_farauti_No4 ========== A_atroparvus ========== A_sinensis ========== A_epiroticus ========== A_coluzzii ========== A_culicifacies ========== Culex_quinquefasciatus ========== A_funestus ========== Megaselia_scalaris ========== Megaselia_abdita ========== T. castaneum ========== Proctacanthus_coquilletti ========== A_dirus ========== A_merus ========== Teleopsis_dalmanni ========== Paykullia_maculata ========== Bactrocera_latifrons ========== Themira_minor ========== Ceratitis_capitata ========== D. kikkawai ========== Phortica_variegata ========== Inserts between block 23 and 24 in window D_novamexicana 1337bp D. virilis 1bp Alignment block 24 of 1783 in window, 1089220 - 1089221, 2 bps B D D. melanogaster at D D. simulans gt B D D. sechellia gt D. erecta at D. yakuba at D. ficusphila ct D. eugracilis gt D. biarmipes ct D. suzukii ct D. takahashii ct D. elegans ct D. rhopaloa ct D_serrata tt D. ananassae -t D. bipectinata -t D. virilis at D_athabasca ct D_pseudoobscura_1 ct D. miranda ct B D D. persimilis ct D. pseudoobscura ct D_subobscura ct D_obscura ct Zaprionus_indianus cc D. albomicans at D. willistoni -- D_novamexicana == D_navojoa == D_busckii -- D. grimshawi -- D. mojavensis -- D_arizonae -- Lucilia_cuprina == Holcocephala_fusca == A_farauti_No4 == A_atroparvus == A_sinensis == A_epiroticus == A_coluzzii == A_culicifacies == Culex_quinquefasciatus == D_hydei -- A_funestus == Megaselia_scalaris == Megaselia_abdita == T. castaneum == Proctacanthus_coquilletti == D_montana -- A_dirus == A_merus == D_americana -- Scaptodrosophila_lebanonensis -- Teleopsis_dalmanni == Paykullia_maculata == Bactrocera_latifrons == Themira_minor == Ceratitis_capitata == D. kikkawai == Phortica_variegata == Alignment block 25 of 1783 in window, 1089222 - 1089239, 18 bps B D D. melanogaster acttgt-----tttc--tttgtttt D D. simulans acttgt-----tttc--tttgtttt B D D. sechellia acttgt-----tttc--tttgtttt D. erecta acttgt-----tttc--tctgtttt D. yakuba tcttgt-----tttc--tctgtttt D. ficusphila tct---------------------- D. eugracilis gcttat-----tttc--tcctattt D. biarmipes gcttat-----tttc--tctgtttt D. suzukii gcttat-----tttc--tctgtttt D. takahashii gcttat-----tttc--tctgtttt D. elegans gcttat-----tttc--tctgtttt D. rhopaloa gcttat-----tttc--tctgtttt D_serrata tcttat-----tttccaccgttttt D. ananassae gcttaa-----tttc--tataagt- D. bipectinata ttttaa-----tttc--tgtaatg- D_americana gcttg------tttt--cccgtt-- D_novamexicana gcttg------tttt--cccgtt-- D. virilis cgtcg------tcgt--c------- D_montana gcttg------tttt--cccgtt-- D_arizonae gcttg------tttt--cccgtttc D. mojavensis gcttg------tttt--cccgtttc D_hydei gcttgt-----tttt--cccgtttc D_busckii gcttat-----tttt--tccgtttt D. grimshawi gcttgt-----tttt--cccgtttt D_athabasca gctt-------tttt--tccgtttt D_pseudoobscura_1 g-ct-------tttt--tccgtttt D. miranda gttt-------tttt--tccgtttt B D D. persimilis g-ct-------tttt--tccgtttt D. pseudoobscura g-ct-------tttt--tccgtttt D_subobscura gctt-------tttt--tccctttt D_obscura gctt-------tttt--tccgtttt Zaprionus_indianus --ta-------tttt--cccgtttt D. albomicans -----aaatgcttaa--cttatttt Scaptodrosophila_lebanonensis -cttat-----tttt--cccgtttt D. willistoni -cttat-----tttt--cccgtttt D_navojoa ========================= Lucilia_cuprina ========================= Holcocephala_fusca ========================= A_farauti_No4 ========================= A_atroparvus ========================= A_sinensis ========================= A_epiroticus ========================= A_coluzzii ========================= A_culicifacies ========================= Culex_quinquefasciatus ========================= A_funestus ========================= Megaselia_scalaris ========================= Megaselia_abdita ========================= T. castaneum ========================= Proctacanthus_coquilletti ========================= A_dirus ========================= A_merus ========================= Teleopsis_dalmanni ========================= Paykullia_maculata ========================= Bactrocera_latifrons ========================= Themira_minor ========================= Ceratitis_capitata ========================= D. kikkawai ========================= Phortica_variegata ========================= Inserts between block 25 and 26 in window D_americana 17bp D_novamexicana 17bp D_montana 17bp D_arizonae 74bp D. mojavensis 98bp D_hydei 59bp D_busckii 10bp D. grimshawi 31bp Alignment block 26 of 1783 in window, 1089240 - 1089276, 37 bps B D D. melanogaster cctcgactgt----------------------------------------------cttaactaaa---- D D. simulans cctagactgt----------------------------------------------cttaactgaa---- B D D. sechellia cctagactgt----------------------------------------------cttaacttaa---- D. erecta catagactgt----------------------------------------------cttaactaag---- D. yakuba catagactgt----------------------------------------------cttaagt------- D. ficusphila ----aattgt----------------------------------------------cttagcaaag---- D. eugracilis ctcagacta-----------------------------------------------ctttgctaag---- D. biarmipes catagactgc----------------------------------------------cttagctaag---- D. suzukii catagactgc----------------------------------------------cttagctaag---- D. takahashii catagactgc----------------------------------------------cttagctaag---- D. elegans tatagactgc----------------------------------------------ctaagctaag---- D. rhopaloa catagactgc----------------------------------------------cttagctaag---- D_serrata tgtagactgt------------------------------------------------------------ D. ananassae ---aaaccgt----------------------------------------------caaagctaag---- D. bipectinata ---aaaccgt----------------------------------------------caaagctaag---- D_americana cgtaactc----------------------------------------tcgt---gttgcgctagg---- D_novamexicana cgtaactc----------------------------------------tcgt---gttgcgctagg---- D. virilis ---------------------------------------------------------------------- D_montana cgtaagcctc--gtgttgcgctaggtcgacgtagtcatcgtcg-----tcgt------------------ D_arizonae ---------------------------------------------------------------------- D_hydei ---------------------------------------------------------------------- D_busckii ---------------------------------------------------------------------- D. grimshawi ---------------------------------------------------------------------- D_athabasca catagactcc-cgag---------------------------------ccga---gtcgagccgag---- D_pseudoobscura_1 catagactcc-----------------------------------------------cgagctgag---- D. miranda catagactcc-----------------------------------------------cgagctgag---- B D D. persimilis catagactcc-----------------------------------------------cgagctgag---- D. pseudoobscura catagactcc-----------------------------------------------cgagctgag---- D_subobscura catagactcc----------------------------------------------gggagctgag---- D_obscura catagactcc----------------------------------------------cggagctgag---- Zaprionus_indianus cgtgacgtct------------------------------------------------------------ D. albomicans -----------------------------------------ta-----ttgt-ttgatcaggtaagtgaa Scaptodrosophila_lebanonensis cgtagagttcacttgcaggcctcggtgggggccctcgacagcgtctacttgtaagacccccctccgacac D. willistoni -------------------------------------------------cgtagagtttggctggagcga D_navojoa ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== A_funestus ====================================================================== Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== T. castaneum ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== Paykullia_maculata ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== D. kikkawai ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster ---------------------aattctggctcccc----------ata D. simulans ---------------------aattctggctcccc----------ata D. sechellia ---------------------aattctggctcccc----------ata D. erecta ---------------------tattctggcttccc----------ata D. yakuba ----------------------attctggctctcc----------ata D. ficusphila ---------------------ttttctgactcgcc----------ac- D. eugracilis ---------------------ttttctgactagcc----------atc D. biarmipes ---------------------ttttctgactc---------------- D. suzukii ---------------------ttttctgactc---------------- D. takahashii ---------------------ttttctgactc---------------- D. elegans ---------------------ttttctgactcgcc----------aaa D. rhopaloa ---------------------ttttctggctggca----------ctg D_serrata ----------------------tgtctgacgcc--------------- D. ananassae ---------------------acatctgagttttc----------gta D. bipectinata ---------------------ccgtctgagttttc----------gta D_americana ---------------------tcgacgtagtcatc----------gtc D_novamexicana ---------------------tcgacgtagtcatc----------gtc D. virilis ---------------------------------------------gtc D_montana -------------------------cgtcgtcggc----------gtc D_arizonae ------------------------gctaggtcgtc----------gtc D_hydei ------------------------gctaggtcgtc----------gtc D_busckii ------------------------acttgcgagtctcgtatataaata D. grimshawi ------------------------gccaggtcgtc----------gtc D_athabasca ---------------------tcgtttgactcgtc----------atc D_pseudoobscura_1 ---------------------tcgtttgagtcgtc----------atc D. miranda ---------------------tcgtttgagtcgtc----------atc D. persimilis ---------------------tcgtttgagtcgtc----------atc D. pseudoobscura ---------------------tcgtttgagtcgtc----------atc D_subobscura ---------------------tcgttgaagtcgtc----------atc D_obscura ---------------------tcgtttgagtcgtc----------atc Zaprionus_indianus ------------------------------------------------ D. albomicans at-------------------tttttaaattcgtt----------gtt Scaptodrosophila_lebanonensis cgc----------------cagcgtccacgtcccc----------atc D. willistoni actggcggtggagctggcgcttggtctgggtcgtc----------atc D_navojoa ================================================ D. mojavensis ================================================ Lucilia_cuprina ================================================ Holcocephala_fusca ================================================ A_farauti_No4 ================================================ A_atroparvus ================================================ A_sinensis ================================================ A_epiroticus ================================================ A_coluzzii ================================================ A_culicifacies ================================================ Culex_quinquefasciatus ================================================ A_funestus ================================================ Megaselia_scalaris ================================================ Megaselia_abdita ================================================ T. castaneum ================================================ Proctacanthus_coquilletti ================================================ A_dirus ================================================ A_merus ================================================ Teleopsis_dalmanni ================================================ Paykullia_maculata ================================================ Bactrocera_latifrons ================================================ Themira_minor ================================================ Ceratitis_capitata ================================================ D. kikkawai ================================================ Phortica_variegata ================================================ Inserts between block 26 and 27 in window D_americana 54bp D_novamexicana 54bp D. virilis 33bp D_montana 33bp D_arizonae 15bp D_hydei 12bp D_busckii 27bp D. grimshawi 27bp D_pseudoobscura_1 4bp D. miranda 4bp B D D. persimilis 4bp D. pseudoobscura 4bp Scaptodrosophila_lebanonensis 18bp Alignment block 27 of 1783 in window, 1089277 - 1089321, 45 bps B D D. melanogaster gctat--tattcggctg-----g-agt-g-tgtgaaaatacaatta-t----ttttccca D D. simulans gctac--tatttggctg-----g-agt-g-tgtgaaaatacaatt--t----ttttccca B D D. sechellia gctac--tatttggctg-----g-agt-g-tgtgaaaatacaatt--t----ttttccca D. erecta gctat--tattcgactg-----g-agt-g-tgtgaaaatacgatt--t----ttttccca D. yakuba gctat--tatccgactg-----g-agt-g-tgtgaaaatacgattg-t----ttttccca D. ficusphila gccat--tattccgttg-----a-agt-g-tgtgaaaatgcgttta-t----ttttccca D. eugracilis gccat--tattcagctg-----g-agt-g-tgtgaaaatgcgatt--a----ttttccca D. biarmipes tccat--tattcggttg-----g-agt-g-tgtgaaaataaggcta-t----gtttccca D. suzukii gccat--tattcggctg-----g-agt-g-tgtgaaaatgcggcta-t----ttttccca D. takahashii gccat--tatttggctg-----g-agt-g-tgtgaaaattcgacta-t----ttttccca D. elegans gccat--tatttggctg-----g-agt-g-tgtgaaaatacgatta-a----ttttccca D. rhopaloa gccat--tatttggctg-----g-agt-g-tgtgaaaatgcgctta-t----ttttccca D_serrata attat--tatttggtgg-----gaagt-g-tgtgaaaacgcgattc-t----ttttccca D. ananassae gaaat--ttgttgaccc-----t-agt-a-tg-gaaaatttgtttatt----ttttccca D. bipectinata gaagt--tttttgactc-----c-agc-a-tgtgaaaatttgtttatt----ttttccca D_americana gccat--tatttagcgc-----g-agt-g-tgtgaaaataagttttta----ttttccca D_novamexicana gccat--tatttagcgc-----g-agt-g-tgtgaaaataagttttta----ttttccca D. virilis gccat--tatttagcgc-----g-agt-g-tgtgaaaataagttttta----ttttccca D_montana gccat--tatttagcgc-----g-agt-g-tgtgaaaataagttttta----ttttccca D_arizonae gccat--tatgcg-cgc-----g-actcg-tgtgaaaaaacgtttcta----ttttccca D. mojavensis gccat--tatgcgccgc-----g-actcg-tgtgaaaaaacgtttcta----ttttccca D_hydei gccat--tattcaacgc-----t-agtcg-tgtg-aaaaacgcttctt----ttttccca D_busckii ctcat--tattaacatc-----g-agt-g-tgtgaaaatttactttta----ttttccca D. grimshawi gccat--tattcagcgc-----g-agt-g-tgtgaaaatacgctttta----ttttccca D_athabasca gccat--tattcgatgt-----g-agt-g-tgtgaaaatgcgtttata----ttttccca D_pseudoobscura_1 gccat--tattcgaagt-----g-agt-g-tgtgaaaatgcgtttata----ttttccca D. miranda gccat--tattcgaagt-----g-agt-g-tgtgaaaatgcgtttata----ttttccca B D D. persimilis gccat--tattcgaagt-----g-agt-g-tgtgaaaatgcgtttata----ttttccca D. pseudoobscura gccat--tattcgaagt-----g-agt-g-tgtgaaaatgcgtttata----ttttccca D_subobscura gccat--tattcgatgtgagtgg-agt-g-tgtgaaaatgcgtttata----ttttccca D_obscura gccat--tattcgatgtgagtgg-agt-g-tgtgaaaatgcgtttata----ttttccca Zaprionus_indianus tccattatattcagcgt-----a-agt-g-tgtgaaaatacgttttta----ttttccca D. albomicans agaat--tattcaatat-----g-tgt-gatatcaattggagttattagtattgttgtta Scaptodrosophila_lebanonensis gccat--tattcggctc-----g-agt-g-tgtgaaaattcgcttata----ttttccca D. willistoni gccat--tattcggcgc-----g-agt-g-tgtgaaaatgcgcttaca----ttttccca D_navojoa ============================================================ Lucilia_cuprina ============================================================ Holcocephala_fusca ============================================================ A_farauti_No4 ============================================================ A_atroparvus ============================================================ A_sinensis ============================================================ A_epiroticus ============================================================ A_coluzzii ============================================================ A_culicifacies ============================================================ Culex_quinquefasciatus ============================================================ A_funestus ============================================================ Megaselia_scalaris ============================================================ Megaselia_abdita ============================================================ T. castaneum ============================================================ Proctacanthus_coquilletti ============================================================ A_dirus ============================================================ A_merus ============================================================ Teleopsis_dalmanni ============================================================ Paykullia_maculata ============================================================ Bactrocera_latifrons ============================================================ Themira_minor ============================================================ Ceratitis_capitata ============================================================ D. kikkawai ============================================================ Phortica_variegata ============================================================ Alignment block 28 of 1783 in window, 1089322 - 1089331, 10 bps B D D. melanogaster cttttaattt D D. simulans cttttaattt B D D. sechellia cttttaattt D. erecta cttttaattt D. yakuba cttttaattt D. ficusphila ctttt-attt D. eugracilis ctttt-attt D. biarmipes cttttaattt D. suzukii cttttaattt D. takahashii cttttaattt D. elegans cttttaattt D. rhopaloa cttttaattt D_serrata cttttatttt D. ananassae cttgtg--tt D. bipectinata cttctg--tt D_americana cttttatt-- D_novamexicana cttttatt-- D. virilis cttttatt-- D_montana cttttatt-- D_arizonae cttttatttt D. mojavensis cttttatttt D_hydei cttttatttt D_busckii cttttatttt D. grimshawi cttttatt-- D_athabasca cttttatttt D_pseudoobscura_1 cttttatttt D. miranda cttttatttt B D D. persimilis cttttatttt D. pseudoobscura cttttatttt D_subobscura cttttatttt D_obscura cttttatttt Zaprionus_indianus cttttatttt D. albomicans cttt------ Scaptodrosophila_lebanonensis cttttatt-- D. willistoni cttttatt-- Paykullia_maculata cttttaactt D_navojoa ========== Lucilia_cuprina ========== Holcocephala_fusca ========== A_farauti_No4 ========== A_atroparvus ========== A_sinensis ========== A_epiroticus ========== A_coluzzii ========== A_culicifacies ========== Culex_quinquefasciatus ========== A_funestus ========== Megaselia_scalaris ========== Megaselia_abdita ========== T. castaneum ========== Proctacanthus_coquilletti ========== A_dirus ========== A_merus ========== Teleopsis_dalmanni ========== Bactrocera_latifrons ========== Themira_minor ========== Ceratitis_capitata ========== D. kikkawai ========== Phortica_variegata ========== Inserts between block 28 and 29 in window D_busckii 201bp Alignment block 29 of 1783 in window, 1089332 - 1089353, 22 bps B D D. melanogaster tgttgaattgaat--------g----------------a--agtatgg D D. simulans tgttgaattgaat--------g----------------c--agtatgg B D D. sechellia tgttgaattgaat--------g----------------c--agtatgg D. erecta tgttgaatggaat--------g----------------t--agtatgg D. yakuba tgttgaattgaat--------g----------------t--agtatgg D. ficusphila ttctgaattgatt--------g-------------------------- D. eugracilis ttttgaattgaat--------g----------------t--ggtatga D. biarmipes tgttgaattgaat--------g----------------t--agtataa D. suzukii tgttgaattgaat--------g----------------t--agtat-- D. takahashii tgttgaattgatt--------g----------------t--agtatgg D. elegans tgttgaattgtgt--------g----------------t--agtatgg D. rhopaloa ttttgaattgaat--------g----------------t--agtttgg D_serrata cctcgaattgaat--------g----------------tgaagagtta D. ananassae ttatgaatcgatt--------g----------------t--tatgcga D. bipectinata ttatgattcgatt--------g----------------t--tatgcga D_americana tttcaaattgaat--------g--------tattacg----------- D_novamexicana tttcaaattgaat--------g--------tattacg----------- D. virilis tttcaaattgaat--------g--------tattacg----------- D_montana tttcaaattgaat--------g--------tattacg----------- D_arizonae -caacaactgaat--------g--------tattacgc---------- D. mojavensis -caacaactgaat--------g--------tattacgc---------- D_hydei -caaaaactgaat--------g--------tattacgt---------- D. grimshawi tttcaaattgaat--------g--------tattacgc---------- D_athabasca --ctgaattgaat--------g-------------------------- D_pseudoobscura_1 --ctgaattgaat--------g-------------------------- D. miranda --ctgaattgaat--------g-------------------------- B D D. persimilis --ctgaattgaat--------g-------------------------- D. pseudoobscura --ctgaattgaat--------g-------------------------- D_subobscura --ctgaattgaat--------g-------------------------- D_obscura --ctgaattgaat--------g-------------------------- Zaprionus_indianus --c-aaattgaat--------gtatgattg------------------ D. albomicans -cttgtattaaa------------------------------------ Scaptodrosophila_lebanonensis tttcaaattgaat--------g--------tattacgc---------- D. willistoni ttctgaattgaat--------g--------tattacg----------- Paykullia_maculata tgcgtgactgaatttggtatgg-------------------------- D_navojoa ================================================ D_busckii ================================================ Lucilia_cuprina ================================================ Holcocephala_fusca ================================================ A_farauti_No4 ================================================ A_atroparvus ================================================ A_sinensis ================================================ A_epiroticus ================================================ A_coluzzii ================================================ A_culicifacies ================================================ Culex_quinquefasciatus ================================================ A_funestus ================================================ Megaselia_scalaris ================================================ Megaselia_abdita ================================================ T. castaneum ================================================ Proctacanthus_coquilletti ================================================ A_dirus ================================================ A_merus ================================================ Teleopsis_dalmanni ================================================ Bactrocera_latifrons ================================================ Themira_minor ================================================ Ceratitis_capitata ================================================ D. kikkawai ================================================ Phortica_variegata ================================================ Inserts between block 29 and 30 in window D. ananassae 7bp D. bipectinata 7bp Zaprionus_indianus 1580bp Alignment block 30 of 1783 in window, 1089354 - 1089354, 1 bps B D D. melanogaster g D D. simulans g B D D. sechellia g D. erecta g D. yakuba g D. eugracilis g D. biarmipes g D. takahashii g D. elegans g D. rhopaloa g D_serrata g D_arizonae g D. mojavensis g D_hydei g D. grimshawi g Scaptodrosophila_lebanonensis g Paykullia_maculata g D. willistoni - D. virilis - D_novamexicana - D_athabasca - D_navojoa = D_busckii = D. ananassae = D. miranda - D. pseudoobscura - Lucilia_cuprina = Holcocephala_fusca = A_farauti_No4 = A_atroparvus = A_sinensis = A_epiroticus = A_coluzzii = A_culicifacies = Culex_quinquefasciatus = D_subobscura - A_funestus = Megaselia_scalaris = Megaselia_abdita = B D D. persimilis - T. castaneum = Proctacanthus_coquilletti = D. albomicans - D_montana - D_pseudoobscura_1 - D_obscura - A_dirus = A_merus = Zaprionus_indianus = D. ficusphila - D. bipectinata = D_americana - D. suzukii - Teleopsis_dalmanni = Bactrocera_latifrons = Themira_minor = Ceratitis_capitata = D. kikkawai = Phortica_variegata = Inserts between block 30 and 31 in window D. mojavensis 721bp D. grimshawi 24bp Scaptodrosophila_lebanonensis 2919bp Alignment block 31 of 1783 in window, 1089355 - 1089357, 3 bps B D D. melanogaster -tt--------t D D. simulans -gt--------t B D D. sechellia -gt--------t D. erecta -ttgttacccag D. yakuba -ttattacccag D. eugracilis -t---------a D. biarmipes -----------t D. takahashii -----------g D. elegans -----------t D. rhopaloa -----------t D_serrata -ta--------a D_hydei -----------g Paykullia_maculata ctt--------- D. willistoni ------------ D. virilis ------------ D_novamexicana ------------ D_athabasca ------------ D_navojoa ============ D_busckii ============ D. ananassae ============ D. miranda ------------ D. grimshawi ============ D. pseudoobscura ------------ D. mojavensis ============ D_arizonae ------------ Lucilia_cuprina ============ Holcocephala_fusca ============ A_farauti_No4 ============ A_atroparvus ============ A_sinensis ============ A_epiroticus ============ A_coluzzii ============ A_culicifacies ============ Culex_quinquefasciatus ============ D_subobscura ------------ A_funestus ============ Megaselia_scalaris ============ Megaselia_abdita ============ B D D. persimilis ------------ T. castaneum ============ Proctacanthus_coquilletti ============ D. albomicans ------------ D_montana ------------ D_pseudoobscura_1 ------------ D_obscura ------------ A_dirus ============ A_merus ============ Zaprionus_indianus ============ D. ficusphila ------------ D. bipectinata ============ D_americana ------------ D. suzukii ------------ Scaptodrosophila_lebanonensis ============ Teleopsis_dalmanni ============ Bactrocera_latifrons ============ Themira_minor ============ Ceratitis_capitata ============ D. kikkawai ============ Phortica_variegata ============ Inserts between block 31 and 32 in window D_hydei 2590bp Alignment block 32 of 1783 in window, 1089358 - 1089369, 12 bps B D D. melanogaster tattctgcctga D D. simulans tattctgcttga B D D. sechellia tattctgcttga D. erecta tattctgccaaa D. yakuba tattctgcctga D. eugracilis agtactacctta D. biarmipes agtattgccaga D. suzukii ----------ga D. takahashii tgtaatgcctaa D. elegans agcattacctga D. rhopaloa agtatagcc--- D_serrata tagtatgcgtaa D_americana -----cggccaa D_novamexicana -----cggccaa D. virilis -----cggccaa D_montana -----cggccaa D_arizonae -----gtgcttg D. grimshawi -----tactctg D_athabasca tattacgac-aa D_pseudoobscura_1 tattacgac-aa D. miranda tattacgacaaa B D D. persimilis tattacgacaaa D. pseudoobscura tattacgac-aa D_subobscura tattacgac-aa D_obscura tattacgac-aa D. willistoni -----cga---- Paykullia_maculata aattaaacccaa D_navojoa ============ D_busckii ============ D. ananassae ============ D. mojavensis ============ Lucilia_cuprina ============ Holcocephala_fusca ============ A_farauti_No4 ============ A_atroparvus ============ A_sinensis ============ A_epiroticus ============ A_coluzzii ============ A_culicifacies ============ Culex_quinquefasciatus ============ D_hydei ============ A_funestus ============ Megaselia_scalaris ============ Megaselia_abdita ============ T. castaneum ============ Proctacanthus_coquilletti ============ D. albomicans ------------ A_dirus ============ A_merus ============ Zaprionus_indianus ============ D. ficusphila ------------ D. bipectinata ============ Scaptodrosophila_lebanonensis ============ Teleopsis_dalmanni ============ Bactrocera_latifrons ============ Themira_minor ============ Ceratitis_capitata ============ D. kikkawai ============ Phortica_variegata ============ Inserts between block 32 and 33 in window D_serrata 623bp D_americana 4bp D_novamexicana 4bp D. virilis 4bp D_montana 4bp D_arizonae 4bp D. grimshawi 4bp D_athabasca 4bp D_pseudoobscura_1 7bp D. miranda 7bp B D D. persimilis 7bp D. pseudoobscura 7bp D_subobscura 6bp D_obscura 4bp D. willistoni 4bp Alignment block 33 of 1783 in window, 1089370 - 1089392, 23 bps B D D. melanogaster ataccagttggtaatgaaaataa D D. simulans ataccagttggtaatgaaaagaa B D D. sechellia ataccagttggtaatgaaaagaa D. erecta atatcagttggtattgaaaagaa D. yakuba atatcagtttgtgttgaaaagaa D. ficusphila --------tgaaattaaaaagaa D. eugracilis aagtgagttggtattgaaaagaa D. biarmipes aagtgagtttgtatagaaaagaa D. suzukii aagtgagttggtattgaaaagaa D. takahashii aagtgagttggtattgaaaagaa D. elegans aagtgagttggtattgaaaagaa D. rhopaloa ---tgtgttggtattgaaaagaa D. ananassae tgaccgg-tgaccttgaaaagaa D. bipectinata aggtcagttggccttgaaaagaa D_americana --------tgatctaagagagaa D_novamexicana --------tgatctaagagagaa D. virilis --------tgatctaagagagaa D_montana --------tgatctaagagagaa D_arizonae --------ca--------aagtg D. grimshawi --------tg-------tgaatg D_athabasca aagtaagttggtcttgaaaagaa D_pseudoobscura_1 aagtaagttggtcttgaaaagaa D. miranda aagtaagttggtcttgaaaagaa B D D. persimilis aagtaagttggtcttgaaaagaa D. pseudoobscura aagtaagttggtcttgaaaagaa D_subobscura ----aagttggtcttgaaaagaa D_obscura aagtaagttggtcttgaaaagaa D. albomicans --ctgaatcatttccgagcacaa D. willistoni aagtgagtga-----gaaaagaa Paykullia_maculata -----aggtaacataa------- D_navojoa ======================= D_busckii ======================= D. mojavensis ======================= Lucilia_cuprina ======================= Holcocephala_fusca ======================= A_farauti_No4 ======================= A_atroparvus ======================= A_sinensis ======================= A_epiroticus ======================= A_coluzzii ======================= A_culicifacies ======================= Culex_quinquefasciatus ======================= D_hydei ======================= A_funestus ======================= Megaselia_scalaris ======================= Megaselia_abdita ======================= T. castaneum ======================= Proctacanthus_coquilletti ======================= A_dirus ======================= A_merus ======================= Zaprionus_indianus ======================= D_serrata ======================= Scaptodrosophila_lebanonensis ======================= Teleopsis_dalmanni ======================= Bactrocera_latifrons ======================= Themira_minor ======================= Ceratitis_capitata ======================= D. kikkawai ======================= Phortica_variegata ======================= Inserts between block 33 and 34 in window D_americana 8bp D. virilis 8bp D_montana 9bp D_arizonae 7bp D. grimshawi 5bp D_athabasca 15bp D_pseudoobscura_1 15bp D. miranda 15bp B D D. persimilis 15bp D. pseudoobscura 15bp D_subobscura 15bp D_obscura 15bp D. albomicans 4bp Alignment block 34 of 1783 in window, 1089393 - 1089449, 57 bps B D D. melanogaster ca-aatt--g-taga-----------agctccaat-----------gac-------ctcgtaacag-ga- D D. simulans ca-aatt--g-tagg-----------aactccaat-----------gac-------ctcgtaacag-ga- B D D. sechellia ca-aatt--g-tagg-----------aactccaat-----------gac-------ctcgtaacag-ga- D. erecta ca-aagt--g-taga-----------ggccccaat-----------gac-------ctcgtagcag-ga- D. yakuba ca-aagt--a-aata-----------agccccaat-----------gac-------ctcgtagcag-ga- D. ficusphila ca-aagt--g-taga-----------aacccaagt-----------gac-------cttgtagcag-ga- D. eugracilis ca-aagt--g-taga-----------aaccccaat-----------gac-------ctcgaagcaa-ga- D. biarmipes ca-aagt--c-tata-----------agcccgaat-----------gac-------ctcgaagcag-ga- D. suzukii ca-aagt--g-taca-----------aacccgaat-----------gac-------ctcgaagcag-ga- D. takahashii ca-aagt--g-taga-----------aacccgaat-----------gac-------ctcgaagcag-ga- D. elegans ca-aagt--g-tgaa-----------aaccccaat-----------gac-------ctcgtagcag-ga- D. rhopaloa ca-aagt--g-taga-----------aaccccaat-----------gac-------ctcgtagcag-ga- D. ananassae ca-atgt--taaaaa-----------aaat--aac-----------gcc-------actgtgggaatga- D. bipectinata ta-aagt--t-taaa-----------aagt--aac-----------gac-------attgggggaatga- D_americana ---cact--t-t------------------gctta-----------ggt-------ttcga------gt- D_novamexicana -------------------------------ctag-----------ggt-------tgcaa------g-- D. virilis ---cact--c-t------------------gctca-----------ggt-------ttcga------gt- D_montana ---cact--t-tgca-----------gcgagccct-----------gctttgaggtttcga------gt- D_arizonae ---tata--t-cgaaaattgaagaaggtggatcaa-----------gtc-------ggcaa------gt- D. grimshawi ---tctg--t-cgca-----------gcgggcctt-----------gtc-------tccaa------gc- D_athabasca ---aact--t-cgct-----------tgcgcccctggcctcgcctgggc-------ctcgc------ct- D_pseudoobscura_1 ---aact--t-cgca-----------tacgcccct-----------gcc-------ctcgc------ct- D. miranda ---aact--t-cgca-----------tacgcccct-----------gcc-------ctcgc------ct- B D D. persimilis ---aact--t-cgca-----------tacgcccct-----------gcc-------ctcgc------ct- D. pseudoobscura ---aact--t-cgca-----------tacgcccct-----------gcc-------ctcgc------ct- D_subobscura ---aactcgt-cgca-----------ttcgcccct-----------ggc-------ctcgc------ct- D_obscura ---aactcgt-cgct-----------tacgcccct-----------gcc-------ctcat------c-- D. albomicans tgaaatt--t-tgaa-------------------------------gat-------caaga------gca D. willistoni ---tact--c-cgaa-----------gacactgaa-----------cac-------tgcgg------gc- Paykullia_maculata ---------------------------------------------------------------------- D_navojoa ====================================================================== D_busckii ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== T. castaneum ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== D_serrata ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== D. kikkawai ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster -----------------ccg--------ctg--------------tgcccgaccgtgactt D. simulans -----------------ccg--------ctg--------------tgcccgaccatgactt D. sechellia -----------------ccg--------ctg--------------tgcccgaccatgactt D. erecta -----------------ccg--------cag--------------tgctcgaccgtgactt D. yakuba -----------------ccg--------atg--------------tgctagaccgtgactt D. ficusphila -----------------ctg--------gca--------------tggccgaccatgactt D. eugracilis -----------------ccg--------ctt--------------tgtccagccatgactt D. biarmipes -----------------ccg--------ccg--------------tgctcgaccgtgactt D. suzukii -----------------tcg--------cta--------------tgcccggccgtgactt D. takahashii -----------------cca--------c-a--------------tgcccgaccgtgactt D. elegans -----------------cca--------cca--------------taaccgaccgtgactt D. rhopaloa -----------------ccg--------ccg--------------cgtccgaccgtgactt D. ananassae -----------------tct--------ctaacctcacttgttattgtccgaacgtaaatt D. bipectinata -----------------tct--------ctagcctcatctctaattgtctgaccgcgaatt D_americana ------------------------------t--------------ggttcgtccgtgatct D_novamexicana ------------------------------------------------------------- D. virilis ------------------------------g--------------ggttcgtccgtgatct D_montana ------------------------------g--------------gatccgtccgtgatct D_arizonae -------ccgactagctgtt--------atc--------------tatacacgcagcactt D. grimshawi ----------attagtgagg--------gtg--------------tggtcgtccgtgactt D_athabasca -----------------ggg--------ctt--------------tgaccgaccgtgactt D_pseudoobscura_1 -----------------atg--------ctt--------------tgaccgaccgtgactt D. miranda -----------------atg--------ctt--------------tgaccgaccgtgactt D. persimilis -----------------atg--------ctt--------------tgaccgaccgtgactt D. pseudoobscura -----------------atg--------ctt--------------tgaccgaccgtgactt D_subobscura ----------------ggct--------ctt--------------tgaccgaccgtgactt D_obscura -----------------agg--------ctt--------------tgaccgaccgtgactt D. albomicans aagtaattcaaagtaatact--------ctt--------------tgcatggacat----- D. willistoni -----------------tctagacacgcctg--------------tgaccgaccctgactt Paykullia_maculata ----------------------------------------taaaataaagtggggtgac-- D_navojoa ============================================================= D_busckii ============================================================= D. mojavensis ============================================================= Lucilia_cuprina ============================================================= Holcocephala_fusca ============================================================= A_farauti_No4 ============================================================= A_atroparvus ============================================================= A_sinensis ============================================================= A_epiroticus ============================================================= A_coluzzii ============================================================= A_culicifacies ============================================================= Culex_quinquefasciatus ============================================================= D_hydei ============================================================= A_funestus ============================================================= Megaselia_scalaris ============================================================= Megaselia_abdita ============================================================= T. castaneum ============================================================= Proctacanthus_coquilletti ============================================================= A_dirus ============================================================= A_merus ============================================================= Zaprionus_indianus ============================================================= D_serrata ============================================================= Scaptodrosophila_lebanonensis ============================================================= Teleopsis_dalmanni ============================================================= Bactrocera_latifrons ============================================================= Themira_minor ============================================================= Ceratitis_capitata ============================================================= D. kikkawai ============================================================= Phortica_variegata ============================================================= Inserts between block 34 and 35 in window D. ficusphila 6bp D_americana 1bp D. virilis 1bp D_montana 1bp D_arizonae 1bp D. grimshawi 1bp D_athabasca 399bp D_pseudoobscura_1 4bp D. miranda 4bp B D D. persimilis 4bp D. pseudoobscura 4bp D_subobscura 492bp D_obscura 15bp D. albomicans 1bp Alignment block 35 of 1783 in window, 1089450 - 1089452, 3 bps B D D. melanogaster tt-----------------------a D D. simulans tt-----------------------a B D D. sechellia tt-----------------------a D. erecta tt-----------------------a D. yakuba tt-----------------------a D. ficusphila tt-----------------------a D. eugracilis tt------------------------ D. biarmipes tt------------------------ D. suzukii tt------------------------ D. takahashii tt------------------------ D. elegans tt------------------------ D. rhopaloa tt------------------------ D. ananassae tgtttgtggtggctcttgatacttca D. bipectinata tatacttgttggctcttagctcttga D_americana -----------------------tat D. virilis -----------------------tat D_montana -----------------------tat D_arizonae -----------------------tac D. grimshawi -----------------------tgc D_pseudoobscura_1 -----------------------ttt D. miranda -----------------------ttt B D D. persimilis -----------------------ttt D. pseudoobscura -----------------------ttt D_obscura -----------------------tca D. albomicans -----------------------tat D. willistoni -----------------------tta Paykullia_maculata -------------------------a D_novamexicana -------------------------- D_athabasca ========================== D_navojoa ========================== D_busckii ========================== D. mojavensis ========================== Lucilia_cuprina ========================== Holcocephala_fusca ========================== A_farauti_No4 ========================== A_atroparvus ========================== A_sinensis ========================== A_epiroticus ========================== A_coluzzii ========================== A_culicifacies ========================== Culex_quinquefasciatus ========================== D_subobscura ========================== D_hydei ========================== A_funestus ========================== Megaselia_scalaris ========================== Megaselia_abdita ========================== T. castaneum ========================== Proctacanthus_coquilletti ========================== A_dirus ========================== A_merus ========================== Zaprionus_indianus ========================== D_serrata ========================== Scaptodrosophila_lebanonensis ========================== Teleopsis_dalmanni ========================== Bactrocera_latifrons ========================== Themira_minor ========================== Ceratitis_capitata ========================== D. kikkawai ========================== Phortica_variegata ========================== Inserts between block 35 and 36 in window D. willistoni 925bp Alignment block 36 of 1783 in window, 1089453 - 1089455, 3 bps B D D. melanogaster act D D. simulans act B D D. sechellia act D. erecta act D. yakuba act D. ficusphila att D. eugracilis gtt D. biarmipes g-t D. suzukii gtt D. takahashii gtt D. elegans gtt D. rhopaloa gaa D. ananassae att D. bipectinata att D_americana act D_novamexicana -cc D. virilis act D_montana act D_arizonae att D. grimshawi att D_pseudoobscura_1 ggt D. miranda gct B D D. persimilis gct D. pseudoobscura ggt D_obscura gtt Paykullia_maculata act D. willistoni === D_athabasca === D_navojoa === D_busckii === D. mojavensis === Lucilia_cuprina === Holcocephala_fusca === A_farauti_No4 === A_atroparvus === A_sinensis === A_epiroticus === A_coluzzii === A_culicifacies === Culex_quinquefasciatus === D_subobscura === D_hydei === A_funestus === Megaselia_scalaris === Megaselia_abdita === T. castaneum === Proctacanthus_coquilletti === D. albomicans --- A_dirus === A_merus === Zaprionus_indianus === D_serrata === Scaptodrosophila_lebanonensis === Teleopsis_dalmanni === Bactrocera_latifrons === Themira_minor === Ceratitis_capitata === D. kikkawai === Phortica_variegata === Inserts between block 36 and 37 in window D_pseudoobscura_1 19bp D. miranda 19bp B D D. persimilis 19bp D. pseudoobscura 19bp D_obscura 8bp Alignment block 37 of 1783 in window, 1089456 - 1089503, 48 bps B D D. melanogaster ---------atatacttccaa---------------attcat-------------------------tta D D. simulans ---------atatacttccaa---------------atttat---------------------------- B D D. sechellia ---------atatacttccaa---------------atttat---------------------------- D. erecta ---------gtatattttaaa---------------atccca---------------------------a D. yakuba ---------atatatttt-aa---------------atccac---------------------------a D. ficusphila ---------ct-tatttccat---------------ttacat---------------------------a D. eugracilis ---------ttacagtaccaa---------------tgatat-----------------------gttta D. biarmipes ---------ttgtggtaccaa---------------agatat---------------------------- D. suzukii ---------ttatggtaccaa---------------agatat---------------------------- D. takahashii ---------ttatggtaccaa---------------tgatat---------------------------- D. elegans ---------ttattgtaccaa---------------agatat---------------------------- D. rhopaloa ---------ttattttaccaa---------------tgatat---------------------------- D. ananassae ---------ttttgtttaaat---------------ttatat----------------------tatttc D. bipectinata ---------ttcaat----at---------------ttacat----------------------tattta D_americana ---------ctatgctgagaatatctctttttattagattat------gctttctacatcaacacattta D_novamexicana ---------ccaaacaaagaa------acagtgctacggtgc------gcggttcgagcc------ttga D. virilis ---------ctttgctgagaatatcta-----------------------tatctatattaacatattta D_montana ---------ctttgctgagaa---------------------------------taagtc---------- D_arizonae ----------------------------------cctcttat------gcagtgaaattaaaagtgttga D. grimshawi ---------atgtgc-------------------tataatat------gcatttgtatttcaactatgtg D_pseudoobscura_1 ---------ctatgtacatga-------------cctcatatcaaggagctttttcgtctaaaaaaaagt D. miranda ---------ctatgtacatga-------------cctcatatcaaggagctatttcggctaaaaaaaagt B D D. persimilis ---------ctatgtacatga-------------cctcatatcaaggagctttttcgtctaaaaaaaagt D. pseudoobscura ---------ctatgtacatga-------------cctcatatcaaggagctttttcgtctaaaaaaaagt D_obscura ---------ctatgtacatgt-------------gtacataaatacatactatatacatgacatcatatt D. albomicans ---------atgtacgtatta-------------atcggtgc------acgtttccattgtaaaaaaata Paykullia_maculata agattaaatttacaattaaaa-------------tacaaca----------------------------- D. willistoni ====================================================================== D_athabasca ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D_busckii ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_subobscura ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== T. castaneum ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== D_serrata ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== D. kikkawai ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster aaa------t----taattta--taaaaaaaattta------------------------aaa D. simulans ------------------------------aatata--------------------------- D. sechellia ------------------------------aatata--------------------------- D. erecta agc------t----taaataaatgaacaacaaaata------------------------aat D. yakuba aaa------t---gtaaataattgaaaaatactcta-------------------ttcataaa D. ficusphila aaa------tt--tgaaatttttaagttggtattta------------------------aca D. eugracilis aaa------cgcagtttgtttataaattaaagtcta---------------------taagat D. biarmipes ---------------------------cgcgatttt--------------------------- D. suzukii ---------------------------cacgatttc--------------------------- D. takahashii ---------------------------cgcgattca--------------------------- D. elegans ---------------------------cgcaatttt--------------------------- D. rhopaloa ---------------------------cgcaagtatacgtacttggaactgagaagtaaagat D. ananassae aaattaatt------------------------------------------------------ D. bipectinata aaa------------------------------------------------------------ D_americana ata------------------------------------------------------------ D_novamexicana gtt------------------------------------------------------------ D. virilis ata------------------------------------------------------------ D_montana -ta------------------------------------------------------------ D_arizonae aaa------------------------------------------------------------ D. grimshawi ata------------------------------------------------------------ D_pseudoobscura_1 aaa------------------------------------------------------------ D. miranda aaa------------------------------------------------------------ D. persimilis aaa------------------------------------------------------------ D. pseudoobscura aaa------------------------------------------------------------ D_obscura aag------------------------------------------------------------ D. albomicans aaa------------------------------------------------------------ Paykullia_maculata --------------------------------------------------------------- D. willistoni =============================================================== D_athabasca =============================================================== D_navojoa =============================================================== D_busckii =============================================================== D. mojavensis =============================================================== Lucilia_cuprina =============================================================== Holcocephala_fusca =============================================================== A_farauti_No4 =============================================================== A_atroparvus =============================================================== A_sinensis =============================================================== A_epiroticus =============================================================== A_coluzzii =============================================================== A_culicifacies =============================================================== Culex_quinquefasciatus =============================================================== D_subobscura =============================================================== D_hydei =============================================================== A_funestus =============================================================== Megaselia_scalaris =============================================================== Megaselia_abdita =============================================================== T. castaneum =============================================================== Proctacanthus_coquilletti =============================================================== A_dirus =============================================================== A_merus =============================================================== Zaprionus_indianus =============================================================== D_serrata =============================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis =============================================================== Teleopsis_dalmanni =============================================================== Bactrocera_latifrons =============================================================== Themira_minor =============================================================== Ceratitis_capitata =============================================================== D. kikkawai =============================================================== Phortica_variegata =============================================================== Inserts between block 37 and 38 in window D. ananassae 85bp D_americana 1576bp D_novamexicana 31bp D. virilis 27bp D_montana 13bp D_arizonae 2bp D. grimshawi 7bp D_pseudoobscura_1 2bp D. miranda 2bp B D D. persimilis 2bp D. pseudoobscura 2bp D_obscura 2bp D. albomicans 4bp Alignment block 38 of 1783 in window, 1089504 - 1089509, 6 bps B D D. melanogaster -ttaatt D. erecta -ctgttt D. yakuba -atgttt D. ficusphila -caggat D. eugracilis -tagatt D. biarmipes ---cctt D. suzukii ---tagt D. takahashii ---acgt D. elegans ---acgt D. rhopaloa -cgacgt D_pseudoobscura_1 -----tt D. miranda -----tt B D D. persimilis -----tt D. pseudoobscura -----tt Paykullia_maculata ttggatt D. willistoni ======= D. virilis ======= D_novamexicana ======= D_athabasca ======= D_navojoa ======= D_busckii ======= D. ananassae ======= D. grimshawi ======= D. mojavensis ======= D_arizonae ======= Lucilia_cuprina ======= Holcocephala_fusca ======= A_farauti_No4 ======= A_atroparvus ======= A_sinensis ======= A_epiroticus ======= A_coluzzii ======= A_culicifacies ======= Culex_quinquefasciatus ======= D_subobscura ======= D_hydei ======= A_funestus ======= Megaselia_scalaris ======= Megaselia_abdita ======= T. castaneum ======= Proctacanthus_coquilletti ======= D. albomicans ======= D_montana ======= D_obscura ======= A_dirus ======= A_merus ======= Zaprionus_indianus ======= D. bipectinata ------- D_serrata ======= D_americana ======= D D. simulans ------- Scaptodrosophila_lebanonensis ======= Teleopsis_dalmanni ======= B D D. sechellia ------- Bactrocera_latifrons ======= Themira_minor ======= Ceratitis_capitata ======= D. kikkawai ======= Phortica_variegata ======= Inserts between block 38 and 39 in window D_pseudoobscura_1 5bp D. miranda 7bp B D D. persimilis 5bp D. pseudoobscura 5bp Alignment block 39 of 1783 in window, 1089510 - 1089514, 5 bps B D D. melanogaster -aattt D. erecta -ttttt D. yakuba -gtgtt D. ficusphila -gtttt D. eugracilis -aattt D. biarmipes -acttt D. suzukii -actta D. takahashii -acttg D. elegans -acttg D. rhopaloa -attta D_novamexicana -actt- D. virilis -acat- D_montana -actt- D. grimshawi -acat- D_pseudoobscura_1 -gttt- D. miranda -gttt- B D D. persimilis -gttt- D. pseudoobscura -gttt- D_obscura -gctt- D. albomicans -accc- Paykullia_maculata aaatt- D. willistoni ====== D_athabasca ====== D_navojoa ====== D_busckii ====== D. ananassae ====== D. mojavensis ====== D_arizonae ====== Lucilia_cuprina ====== Holcocephala_fusca ====== A_farauti_No4 ====== A_atroparvus ====== A_sinensis ====== A_epiroticus ====== A_coluzzii ====== A_culicifacies ====== Culex_quinquefasciatus ====== D_subobscura ====== D_hydei ====== A_funestus ====== Megaselia_scalaris ====== Megaselia_abdita ====== T. castaneum ====== Proctacanthus_coquilletti ====== A_dirus ====== A_merus ====== Zaprionus_indianus ====== D. bipectinata ------ D_serrata ====== D_americana ====== D D. simulans ------ Scaptodrosophila_lebanonensis ====== Teleopsis_dalmanni ====== B D D. sechellia ------ Bactrocera_latifrons ====== Themira_minor ====== Ceratitis_capitata ====== D. kikkawai ====== Phortica_variegata ====== Inserts between block 39 and 40 in window D. biarmipes 3bp D. suzukii 623bp D. takahashii 106bp D. elegans 21bp D. rhopaloa 55bp D_novamexicana 2bp D. virilis 2bp D_montana 2bp D. grimshawi 2bp D_pseudoobscura_1 2bp D. miranda 2bp B D D. persimilis 2bp D. pseudoobscura 2bp D_obscura 2bp D. albomicans 2bp Alignment block 40 of 1783 in window, 1089515 - 1089517, 3 bps B D D. melanogaster --ttt D. erecta --ttg D. yakuba --c-- D. eugracilis --tta D_novamexicana --t-- D. virilis --t-- D_montana --t-- D. grimshawi --a-- D_pseudoobscura_1 --c-- D. miranda --c-- B D D. persimilis --c-- D. pseudoobscura --c-- D_obscura --t-- D. albomicans --c-- Paykullia_maculata ttt-- D. biarmipes ===== D. willistoni ===== D_athabasca ===== D_navojoa ===== D_busckii ===== D. ananassae ===== D. mojavensis ===== D_arizonae ===== Lucilia_cuprina ===== Holcocephala_fusca ===== A_farauti_No4 ===== A_atroparvus ===== A_sinensis ===== A_epiroticus ===== A_coluzzii ===== A_culicifacies ===== Culex_quinquefasciatus ===== D_subobscura ===== D_hydei ===== A_funestus ===== Megaselia_scalaris ===== Megaselia_abdita ===== T. castaneum ===== Proctacanthus_coquilletti ===== A_dirus ===== A_merus ===== Zaprionus_indianus ===== D. elegans ===== D. ficusphila ----- D. bipectinata ----- D_serrata ===== D_americana ===== D D. simulans ----- D. suzukii ===== Scaptodrosophila_lebanonensis ===== Teleopsis_dalmanni ===== B D D. sechellia ----- D. takahashii ===== Bactrocera_latifrons ===== Themira_minor ===== Ceratitis_capitata ===== D. kikkawai ===== D. rhopaloa ===== Phortica_variegata ===== Inserts between block 40 and 41 in window D_novamexicana 5bp D. virilis 1206bp D_montana 7bp D. grimshawi 10bp D_obscura 411bp D. albomicans 19bp Alignment block 41 of 1783 in window, 1089518 - 1089518, 1 bps B D D. melanogaster -a D. erecta -c D. eugracilis -c Paykullia_maculata t- D. biarmipes == D. willistoni == D. virilis == D_novamexicana == D_athabasca == D_navojoa == D_busckii == D. ananassae == D. miranda -- D. grimshawi == D. pseudoobscura -- D. mojavensis == D_arizonae == Lucilia_cuprina == Holcocephala_fusca == A_farauti_No4 == A_atroparvus == A_sinensis == A_epiroticus == A_coluzzii == A_culicifacies == Culex_quinquefasciatus == D_subobscura == D_hydei == D. yakuba -- A_funestus == Megaselia_scalaris == Megaselia_abdita == B D D. persimilis -- T. castaneum == Proctacanthus_coquilletti == D. albomicans == D_montana == D_pseudoobscura_1 -- D_obscura == A_dirus == A_merus == Zaprionus_indianus == D. elegans == D. ficusphila -- D. bipectinata -- D_serrata == D_americana == D D. simulans -- D. suzukii == Scaptodrosophila_lebanonensis == Teleopsis_dalmanni == B D D. sechellia -- D. takahashii == Bactrocera_latifrons == Themira_minor == Ceratitis_capitata == D. kikkawai == D. rhopaloa == Phortica_variegata == Inserts between block 41 and 42 in window D. eugracilis 7bp Alignment block 42 of 1783 in window, 1089519 - 1089530, 12 bps B D D. melanogaster tttattattatt-- D D. simulans -----------t-- B D D. sechellia -----------t-- D. erecta ttcttttatatt-- D. yakuba -----------t-- D. ficusphila -----------t-- D. eugracilis tttattattctt-- D. biarmipes ----------tt-- D. takahashii ----------tt-- D. elegans ----------tt-- D. rhopaloa ----------tt-- D. bipectinata --tgtatttttt-- D_montana -------tttct-- D_arizonae tctgaagtgatt-- D. grimshawi tttattgtagtt-- D_pseudoobscura_1 tttgttgtattt-- D. miranda tctgt--------- B D D. persimilis tttgttgtattt-- D. pseudoobscura tttgttgtattt-- D. albomicans tttttcccgttt-- Paykullia_maculata --tatagtcttagc D. willistoni ============== D. virilis ============== D_novamexicana ============== D_athabasca ============== D_navojoa ============== D_busckii ============== D. ananassae ============== D. mojavensis ============== Lucilia_cuprina ============== Holcocephala_fusca ============== A_farauti_No4 ============== A_atroparvus ============== A_sinensis ============== A_epiroticus ============== A_coluzzii ============== A_culicifacies ============== Culex_quinquefasciatus ============== D_subobscura ============== D_hydei ============== A_funestus ============== Megaselia_scalaris ============== Megaselia_abdita ============== T. castaneum ============== Proctacanthus_coquilletti ============== D_obscura ============== A_dirus ============== A_merus ============== Zaprionus_indianus ============== D_serrata ============== D_americana ============== D. suzukii ============== Scaptodrosophila_lebanonensis ============== Teleopsis_dalmanni ============== Bactrocera_latifrons ============== Themira_minor ============== Ceratitis_capitata ============== D. kikkawai ============== Phortica_variegata ============== Inserts between block 42 and 43 in window D. biarmipes 3bp D. takahashii 6bp D. elegans 3bp D. rhopaloa 7bp D. bipectinata 6bp D_montana 1bp D_arizonae 1bp D. grimshawi 1bp D_pseudoobscura_1 1bp D. miranda 188bp B D D. persimilis 1bp D. pseudoobscura 1bp D. albomicans 6bp Alignment block 43 of 1783 in window, 1089531 - 1089535, 5 bps B D D. melanogaster attat D D. simulans attat B D D. sechellia attat D. erecta atttt D. yakuba attgt D. ficusphila tttag D_montana a---- D_arizonae g---- D. grimshawi g---- D_pseudoobscura_1 a---- B D D. persimilis a---- D. pseudoobscura a---- Paykullia_maculata ---at D. biarmipes ===== D. willistoni ===== D. virilis ===== D_novamexicana ===== D_athabasca ===== D_navojoa ===== D_busckii ===== D. ananassae ===== D. miranda ===== D. mojavensis ===== Lucilia_cuprina ===== Holcocephala_fusca ===== A_farauti_No4 ===== A_atroparvus ===== A_sinensis ===== A_epiroticus ===== A_coluzzii ===== A_culicifacies ===== Culex_quinquefasciatus ===== D_subobscura ===== D_hydei ===== A_funestus ===== D. eugracilis ----- Megaselia_scalaris ===== Megaselia_abdita ===== T. castaneum ===== Proctacanthus_coquilletti ===== D. albomicans ===== D_obscura ===== A_dirus ===== A_merus ===== Zaprionus_indianus ===== D. elegans ===== D. bipectinata ===== D_serrata ===== D_americana ===== D. suzukii ===== Scaptodrosophila_lebanonensis ===== Teleopsis_dalmanni ===== D. takahashii ===== Bactrocera_latifrons ===== Themira_minor ===== Ceratitis_capitata ===== D. kikkawai ===== D. rhopaloa ===== Phortica_variegata ===== Inserts between block 43 and 44 in window D_montana 9bp D_arizonae 9bp D. grimshawi 5bp D_pseudoobscura_1 4bp B D D. persimilis 4bp D. pseudoobscura 4bp Alignment block 44 of 1783 in window, 1089536 - 1089541, 6 bps B D D. melanogaster caacaa D D. simulans caaaaa B D D. sechellia caaaaa D. erecta gtataa D. yakuba t----- D. ficusphila taaaaa D. bipectinata -aaaaa D_novamexicana taaata D_montana tagaca D_arizonae aaagta D. grimshawi tacata D_pseudoobscura_1 taatta B D D. persimilis taatta D. pseudoobscura taatta D. albomicans agacta D. biarmipes ====== D. willistoni ====== D. virilis ====== D_athabasca ====== D_navojoa ====== D_busckii ====== D. ananassae ====== D. miranda ====== D. mojavensis ====== Lucilia_cuprina ====== Holcocephala_fusca ====== A_farauti_No4 ====== A_atroparvus ====== A_sinensis ====== A_epiroticus ====== A_coluzzii ====== A_culicifacies ====== Culex_quinquefasciatus ====== D_subobscura ====== D_hydei ====== A_funestus ====== D. eugracilis ------ Megaselia_scalaris ====== Megaselia_abdita ====== T. castaneum ====== Proctacanthus_coquilletti ====== D_obscura ====== A_dirus ====== A_merus ====== Zaprionus_indianus ====== D. elegans ====== D_serrata ====== D_americana ====== D. suzukii ====== Scaptodrosophila_lebanonensis ====== Teleopsis_dalmanni ====== D. takahashii ====== Paykullia_maculata ------ Bactrocera_latifrons ====== Themira_minor ====== Ceratitis_capitata ====== D. kikkawai ====== D. rhopaloa ====== Phortica_variegata ====== Inserts between block 44 and 45 in window D. erecta 713bp D. bipectinata 6bp Alignment block 45 of 1783 in window, 1089542 - 1089546, 5 bps B D D. melanogaster gaaaa D D. simulans gaaaa B D D. sechellia gaaaa D. ficusphila gcaac D. biarmipes ---ag D. takahashii ---aa D. elegans ---aa D. rhopaloa -ataa D. bipectinata ---ga D_novamexicana --tg- D_montana --ga- D_arizonae --aa- D. grimshawi --aa- D_pseudoobscura_1 --ta- B D D. persimilis --ta- D. pseudoobscura --ta- D. willistoni ===== D. virilis ===== D_athabasca ===== D_navojoa ===== D_busckii ===== D. ananassae ===== D. miranda ===== D. mojavensis ===== Lucilia_cuprina ===== Holcocephala_fusca ===== A_farauti_No4 ===== A_atroparvus ===== A_sinensis ===== A_epiroticus ===== A_coluzzii ===== A_culicifacies ===== Culex_quinquefasciatus ===== D_subobscura ===== D_hydei ===== D. yakuba ----- A_funestus ===== D. eugracilis ----- Megaselia_scalaris ===== Megaselia_abdita ===== T. castaneum ===== Proctacanthus_coquilletti ===== D. albomicans ----- D_obscura ===== A_dirus ===== A_merus ===== Zaprionus_indianus ===== D_serrata ===== D_americana ===== D. suzukii ===== Scaptodrosophila_lebanonensis ===== Teleopsis_dalmanni ===== Paykullia_maculata ----- Bactrocera_latifrons ===== Themira_minor ===== Ceratitis_capitata ===== D. kikkawai ===== D. erecta ===== Phortica_variegata ===== Inserts between block 45 and 46 in window D_novamexicana 25bp D_montana 17bp D_arizonae 1071bp D_pseudoobscura_1 3bp B D D. persimilis 3bp D. pseudoobscura 3bp Alignment block 46 of 1783 in window, 1089547 - 1089547, 1 bps B D D. melanogaster t D D. simulans t B D D. sechellia t D. ficusphila t D. biarmipes t D. takahashii t D. elegans t D. rhopaloa t D. bipectinata c D_novamexicana t D_montana t D. grimshawi t D_pseudoobscura_1 t B D D. persimilis t D. pseudoobscura t D. albomicans t Paykullia_maculata t D. willistoni = D. virilis = D_athabasca = D_navojoa = D_busckii = D. ananassae = D. miranda = D. mojavensis = D_arizonae = Lucilia_cuprina = Holcocephala_fusca = A_farauti_No4 = A_atroparvus = A_sinensis = A_epiroticus = A_coluzzii = A_culicifacies = Culex_quinquefasciatus = D_subobscura = D_hydei = D. yakuba - A_funestus = D. eugracilis - Megaselia_scalaris = Megaselia_abdita = T. castaneum = Proctacanthus_coquilletti = D_obscura = A_dirus = A_merus = Zaprionus_indianus = D_serrata = D_americana = D. suzukii = Scaptodrosophila_lebanonensis = Teleopsis_dalmanni = Bactrocera_latifrons = Themira_minor = Ceratitis_capitata = D. kikkawai = D. erecta = Phortica_variegata = Inserts between block 46 and 47 in window D_novamexicana 1bp D_montana 1bp D. grimshawi 1bp D_pseudoobscura_1 158bp B D D. persimilis 158bp D. pseudoobscura 158bp D. albomicans 9bp Alignment block 47 of 1783 in window, 1089548 - 1089552, 5 bps B D D. melanogaster gtgta D D. simulans gtgtg B D D. sechellia gtgtg D. ficusphila ttata D. biarmipes tcaac D. takahashii acatc D. elegans agagg D. rhopaloa gtaat D. bipectinata agatg D_novamexicana --atc D_montana --atc D. grimshawi --ttc Paykullia_maculata ttgtg D. willistoni ===== D. virilis ===== D_athabasca ===== D_navojoa ===== D_busckii ===== D. ananassae ===== D. miranda ===== D. pseudoobscura ===== D. mojavensis ===== D_arizonae ===== Lucilia_cuprina ===== Holcocephala_fusca ===== A_farauti_No4 ===== A_atroparvus ===== A_sinensis ===== A_epiroticus ===== A_coluzzii ===== A_culicifacies ===== Culex_quinquefasciatus ===== D_subobscura ===== D_hydei ===== D. yakuba ----- A_funestus ===== D. eugracilis ----- Megaselia_scalaris ===== Megaselia_abdita ===== B D D. persimilis ===== T. castaneum ===== Proctacanthus_coquilletti ===== D. albomicans ===== D_pseudoobscura_1 ===== D_obscura ===== A_dirus ===== A_merus ===== Zaprionus_indianus ===== D_serrata ===== D_americana ===== D. suzukii ===== Scaptodrosophila_lebanonensis ===== Teleopsis_dalmanni ===== Bactrocera_latifrons ===== Themira_minor ===== Ceratitis_capitata ===== D. kikkawai ===== D. erecta ===== Phortica_variegata ===== Inserts between block 47 and 48 in window D. ficusphila 213bp D. bipectinata 3bp D_novamexicana 9bp D_montana 15bp D. grimshawi 15bp Alignment block 48 of 1783 in window, 1089553 - 1089574, 22 bps B D D. melanogaster tatcgaattcgagccc----------tttatt D D. simulans tatcggattcaaaccc----------tttatt B D D. sechellia tatcggattcaaaccc----------tttatt D. yakuba -----------taccc----------attact D. biarmipes -----aatc-----------------ttctta D. takahashii -----aatttaaattgtttaaattaattgatt D. elegans -----tctttaatccg----------ctgtag D. rhopaloa -----tatatatatcg----------taattg D. bipectinata ---------tagacca----------aacgta D_novamexicana ----------aatttg----------ttcatt D_montana ----------tgggta----------tttatt D. grimshawi t---------aatgta----------tttatt D. albomicans tcttcggtcgaagcta----------tt-att Paykullia_maculata tgactaattccaattt----------tttatt D. willistoni ================================ D. virilis ================================ D_athabasca ================================ D_navojoa ================================ D_busckii ================================ D. ananassae ================================ D. miranda ================================ D. pseudoobscura ================================ D. mojavensis ================================ D_arizonae ================================ Lucilia_cuprina ================================ Holcocephala_fusca ================================ A_farauti_No4 ================================ A_atroparvus ================================ A_sinensis ================================ A_epiroticus ================================ A_coluzzii ================================ A_culicifacies ================================ Culex_quinquefasciatus ================================ D_subobscura ================================ D_hydei ================================ A_funestus ================================ D. eugracilis -------------------------------- Megaselia_scalaris ================================ Megaselia_abdita ================================ B D D. persimilis ================================ T. castaneum ================================ Proctacanthus_coquilletti ================================ D_pseudoobscura_1 ================================ D_obscura ================================ A_dirus ================================ A_merus ================================ Zaprionus_indianus ================================ D. ficusphila ================================ D_serrata ================================ D_americana ================================ D. suzukii ================================ Scaptodrosophila_lebanonensis ================================ Teleopsis_dalmanni ================================ Bactrocera_latifrons ================================ Themira_minor ================================ Ceratitis_capitata ================================ D. kikkawai ================================ D. erecta ================================ Phortica_variegata ================================ Inserts between block 48 and 49 in window D_novamexicana 1bp D_montana 1bp D. grimshawi 222bp D. albomicans 6bp Alignment block 49 of 1783 in window, 1089575 - 1089580, 6 bps B D D. melanogaster cgaatt D D. simulans caaatt B D D. sechellia caaatt D. yakuba c----- D. biarmipes acaatt D. takahashii attatt D. elegans a----- D. rhopaloa atcatt D. bipectinata caaagg D. willistoni ====== D. virilis ====== D_novamexicana ====== D_athabasca ====== D_navojoa ====== D_busckii ====== D. ananassae ====== D. miranda ====== D. grimshawi ====== D. pseudoobscura ====== D. mojavensis ====== D_arizonae ====== Lucilia_cuprina ====== Holcocephala_fusca ====== A_farauti_No4 ====== A_atroparvus ====== A_sinensis ====== A_epiroticus ====== A_coluzzii ====== A_culicifacies ====== Culex_quinquefasciatus ====== D_subobscura ====== D_hydei ====== A_funestus ====== D. eugracilis ------ Megaselia_scalaris ====== Megaselia_abdita ====== B D D. persimilis ====== T. castaneum ====== Proctacanthus_coquilletti ====== D. albomicans ====== D_montana ====== D_pseudoobscura_1 ====== D_obscura ====== A_dirus ====== A_merus ====== Zaprionus_indianus ====== D. ficusphila ====== D_serrata ====== D_americana ====== D. suzukii ====== Scaptodrosophila_lebanonensis ====== Teleopsis_dalmanni ====== Bactrocera_latifrons ====== Themira_minor ====== Ceratitis_capitata ====== D. kikkawai ====== D. erecta ====== Phortica_variegata ====== Alignment block 50 of 1783 in window, 1089581 - 1089589, 9 bps B D D. melanogaster cgaacacaa D D. simulans cgaacacca B D D. sechellia cgaacacca D. biarmipes aag-gattt D. takahashii aagtgaatt D. elegans -------gt D. rhopaloa cgaatatat D. bipectinata cgaatgcaa D_novamexicana ctaatgtgg D_montana aaatggtgg D. albomicans cgactgtgt D. willistoni ========= D. virilis ========= D_athabasca ========= D_navojoa ========= D_busckii ========= D. ananassae ========= D. miranda ========= D. grimshawi ========= D. pseudoobscura ========= D. mojavensis ========= D_arizonae ========= Lucilia_cuprina ========= Holcocephala_fusca ========= A_farauti_No4 ========= A_atroparvus ========= A_sinensis ========= A_epiroticus ========= A_coluzzii ========= A_culicifacies ========= Culex_quinquefasciatus ========= D_subobscura ========= D_hydei ========= D. yakuba --------- A_funestus ========= D. eugracilis --------- Megaselia_scalaris ========= Megaselia_abdita ========= B D D. persimilis ========= T. castaneum ========= Proctacanthus_coquilletti ========= D_pseudoobscura_1 ========= D_obscura ========= A_dirus ========= A_merus ========= Zaprionus_indianus ========= D. ficusphila ========= D_serrata ========= D_americana ========= D. suzukii ========= Scaptodrosophila_lebanonensis ========= Teleopsis_dalmanni ========= Bactrocera_latifrons ========= Themira_minor ========= Ceratitis_capitata ========= D. kikkawai ========= D. erecta ========= Phortica_variegata ========= Inserts between block 50 and 51 in window D. biarmipes 10bp D. takahashii 8bp D. elegans 36bp D. rhopaloa 450bp Alignment block 51 of 1783 in window, 1089590 - 1089687, 98 bps B D D. melanogaster caacaaaactaca---------aaactt--------gtact---------actaaactt-----gtacta D D. simulans caacaaaac-aca---------aaactt--------atact---------ac------------------ B D D. sechellia caacaaaac-aca---------aaactt--------ttact---------ac------------------ D. yakuba ----------gta---------gag--------------------------------------------- D. biarmipes tatttaaac-ata---atttaatcgtct------------------------------------tttcat D. takahashii cacgtacat-atacatatgtatttgttt--------ata-t---------at-----------gtttcgt D. elegans cttttaaat-atg---------ttgttt--------gta-t---------attgtacttatatatttcgt D. bipectinata ------------------------------------------------------------cacatgtcgc D_novamexicana ----------------ttagataaatgc--------atattgagc-----at------------------ D_montana ----------------gtcaggatctgcgatctaagatcttgcgtccgtgac------------------ D. albomicans ----------------gaaaataacttt--------atattttccc----ac------------------ D. willistoni ====================================================================== D. virilis ====================================================================== D_athabasca ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D_busckii ====================================================================== D. ananassae ====================================================================== D. miranda ====================================================================== D. grimshawi ====================================================================== D. pseudoobscura ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== D_arizonae ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_subobscura ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== D. eugracilis ---------------------------------------------------------------------- Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== B D D. persimilis ====================================================================== T. castaneum ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D_pseudoobscura_1 ====================================================================== D_obscura ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== D. ficusphila ====================================================================== D_serrata ====================================================================== D_americana ====================================================================== D. suzukii ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== D. kikkawai ====================================================================== D. rhopaloa ====================================================================== D. erecta ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster actaac-tactac---ct---------------------gttac-taatagagta--aaa--gggtac-- D. simulans -----------ac---cc---------------------gttac-tagaagagta--aaagggggtac-- D. sechellia -----------ac---cc---------------------attac-tagaagagta--aaagggggtac-- D. yakuba ---------------------------------------------taaaaggg------------tat-- D. biarmipes tacaac-atttat---tt---------------------tctatgtataaaagt---------------- D. takahashii actagt-tttcat---tt-------gta-----------tctat-tataagagca--g------------ D. elegans agtagt-ttttat---tt-------gaa-----------tttat-tacaatatt---------------- D. bipectinata tatattgactcac---cc---------------------------tcaaatagt-----------tac-- D_novamexicana -------ttttataccct-------gaa-----------cccat-taaaaatggg--tataacggtat-- D_montana -------ctctatactctttgctaagaatatatctttctttcat-ttaacatagaatcctgacaatatta D. albomicans -------ttttat---tt---------------------ttcat-tcaaattgaa----tga-agtat-- D. willistoni ====================================================================== D. virilis ====================================================================== D_athabasca ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D_busckii ====================================================================== D. ananassae ====================================================================== D. miranda ====================================================================== D. grimshawi ====================================================================== D. pseudoobscura ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== D_arizonae ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_subobscura ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== D. eugracilis ---------------------------------------------------------------------- Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== D. persimilis ====================================================================== T. castaneum ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D_pseudoobscura_1 ====================================================================== D_obscura ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== D. ficusphila ====================================================================== D_serrata ====================================================================== D_americana ====================================================================== D. suzukii ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== D. kikkawai ====================================================================== D. rhopaloa ====================================================================== D. erecta ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster -----accagattcgttga-----a---aagttg--------- D. simulans -----actagattcgttga-----a---aagttt--------- D. sechellia -----actagattcgttga-----a---aagttt--------- D. yakuba -----actagattcgttga-----aaataagtaa--------- D. biarmipes -------taatatctatat-----a---aagacg--------- D. takahashii -------aagaagtgttaa-----a---aagtcg--------- D. elegans -------t----------------------------------- D. bipectinata -----gtctggtttgatcc------------------------ D_novamexicana -----attgtatttgtgca---------aaattcaaatgtttg D_montana tcaccaatatagttatagacagagaaataagtacattatctta D. albomicans -----tacgcggctaaaaacagaca---aaaagagaatacttg D. willistoni =========================================== D. virilis =========================================== D_athabasca =========================================== D_navojoa =========================================== D_busckii =========================================== D. ananassae =========================================== D. miranda =========================================== D. grimshawi =========================================== D. pseudoobscura =========================================== D. mojavensis =========================================== D_arizonae =========================================== Lucilia_cuprina =========================================== Holcocephala_fusca =========================================== A_farauti_No4 =========================================== A_atroparvus =========================================== A_sinensis =========================================== A_epiroticus =========================================== A_coluzzii =========================================== A_culicifacies =========================================== Culex_quinquefasciatus =========================================== D_subobscura =========================================== D_hydei =========================================== A_funestus =========================================== D. eugracilis ------------------------------------------- Megaselia_scalaris =========================================== Megaselia_abdita =========================================== D. persimilis =========================================== T. castaneum =========================================== Proctacanthus_coquilletti =========================================== D_pseudoobscura_1 =========================================== D_obscura =========================================== A_dirus =========================================== A_merus =========================================== Zaprionus_indianus =========================================== D. ficusphila =========================================== D_serrata =========================================== D_americana =========================================== D. suzukii =========================================== Scaptodrosophila_lebanonensis =========================================== Teleopsis_dalmanni =========================================== Bactrocera_latifrons =========================================== Themira_minor =========================================== Ceratitis_capitata =========================================== D. kikkawai =========================================== D. rhopaloa =========================================== D. erecta =========================================== Phortica_variegata =========================================== Inserts between block 51 and 52 in window D. takahashii 364bp Alignment block 52 of 1783 in window, 1089688 - 1089758, 71 bps B D D. melanogaster aaa-------ggtagatggaagtgtttccgacca---tataaag-------t-atatatattcttgatca D D. simulans -gc-------ggtaaa---aggcgtttt---gcg---tttaaag-------t-atgtatat------tca B D D. sechellia -gc-------ggtaaa---aggcgtttt---gcg---tttaaag-------t-atgtatat------tca D. yakuba -ca-------ggcag----aagagtttccgacca---tataaag-------t-atatatattcttgatca D. biarmipes ----------------------------------------------------------aat------taa D. elegans -------------------agatgtccgagtagt---tttcata-------t-gtatttat------taa D. bipectinata -------------------ttatgtagcgacccc---taaggaa-------tgataaaaat------taa D_novamexicana taaca-----ggcagaaggaagcatccccgaccc---cataaag-------t-atatatattcttgatca D_montana tggtaagcgtggcatggagcgggatctgcgatct---taaaaaagtatatcc-atatgtgttcttattca D. albomicans aaa-------gatagtttgcggg--ccttgacttatgtataaaa----ttct-gcccgtgacttaaat-- D. willistoni ====================================================================== D. virilis ====================================================================== D_athabasca ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D_busckii ====================================================================== D. ananassae ====================================================================== D. miranda ====================================================================== D. grimshawi ====================================================================== D. pseudoobscura ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== D_arizonae ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_subobscura ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== D. eugracilis ---------------------------------------------------------------------- Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== B D D. persimilis ====================================================================== T. castaneum ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D_pseudoobscura_1 ====================================================================== D_obscura ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== D. ficusphila ====================================================================== D_serrata ====================================================================== D_americana ====================================================================== D. suzukii ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== D. takahashii ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== D. kikkawai ====================================================================== D. rhopaloa ====================================================================== D. erecta ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster gaat-------caatagccgaatc--ga D. simulans gaat-------aaatagccgagtc--ga D. sechellia gaat-------aaatagccgagtc--ga D. yakuba ggat-------caatagccgagtc--ga D. biarmipes aaataatttttcaattacggcgca--ca D. elegans aagta------caagagaagtgta--aa D. bipectinata gaac-------aggtgaatgagcg--ct D_novamexicana gtac-------caatagccgagtc--ga D_montana acgt-------caacaaccaagtcaagg D. albomicans ------------aatagcgaagtt--ga D. willistoni ============================ D. virilis ============================ D_athabasca ============================ D_navojoa ============================ D_busckii ============================ D. ananassae ============================ D. miranda ============================ D. grimshawi ============================ D. pseudoobscura ============================ D. mojavensis ============================ D_arizonae ============================ Lucilia_cuprina ============================ Holcocephala_fusca ============================ A_farauti_No4 ============================ A_atroparvus ============================ A_sinensis ============================ A_epiroticus ============================ A_coluzzii ============================ A_culicifacies ============================ Culex_quinquefasciatus ============================ D_subobscura ============================ D_hydei ============================ A_funestus ============================ D. eugracilis ---------------------------- Megaselia_scalaris ============================ Megaselia_abdita ============================ D. persimilis ============================ T. castaneum ============================ Proctacanthus_coquilletti ============================ D_pseudoobscura_1 ============================ D_obscura ============================ A_dirus ============================ A_merus ============================ Zaprionus_indianus ============================ D. ficusphila ============================ D_serrata ============================ D_americana ============================ D. suzukii ============================ Scaptodrosophila_lebanonensis ============================ Teleopsis_dalmanni ============================ D. takahashii ============================ Bactrocera_latifrons ============================ Themira_minor ============================ Ceratitis_capitata ============================ D. kikkawai ============================ D. rhopaloa ============================ D. erecta ============================ Phortica_variegata ============================ Inserts between block 52 and 53 in window D. albomicans 2012bp Alignment block 53 of 1783 in window, 1089759 - 1089845, 87 bps B D D. melanogaster tctgacct--------------tgtccgtatg--------tccgtgtgtccgt-ctgacagtct--gtcc D D. simulans tctaaccc--------------tgtccgcctg--------ccagtctgtccgt-ct----gcct--gacc B D D. sechellia tctaaccc--------------tgtccgcctg--------ccattctgtccgt-ct----gcct--gtcc D. yakuba tctgccca--------------tgtcc--------------------gtctgt-ct----gtcc--gtcc D. biarmipes aatactta--------------attgttaatg--------ttgaatgaaccataat----g-cc--gtct D. elegans aagac------------------------agg--------tgtaataatctat-at----g-ct--ttca D. bipectinata tacgagca--------------ccttc----g--------ttttagtggcggc-tt----g-cc--atcc D_novamexicana tctagcca--------------tctccgtctgtcttgtcgtccgtccgtccgt-cc----gtcc--gtcc D_montana tctacctagaacaaagaaagagtcatcgcctg--------------agtcgaa-at----atccaagtcc D. willistoni ====================================================================== D. virilis ====================================================================== D_athabasca ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D_busckii ====================================================================== D. ananassae ====================================================================== D. miranda ====================================================================== D. grimshawi ====================================================================== D. pseudoobscura ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== D_arizonae ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_subobscura ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== D. eugracilis ---------------------------------------------------------------------- Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== B D D. persimilis ====================================================================== T. castaneum ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D. albomicans ====================================================================== D_pseudoobscura_1 ====================================================================== D_obscura ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== D. ficusphila ====================================================================== D_serrata ====================================================================== D_americana ====================================================================== D. suzukii ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== D. takahashii ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== D. kikkawai ====================================================================== D. rhopaloa ====================================================================== D. erecta ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster gtc------cgtatgaacgtc--------------------------gagatctcagg-----aact--- D. simulans gtc------cgtatgaacgtc--------------------------aagatctcagg------act--- D. sechellia gtc------cgtataaacgtc--------------------------aagatctcagg------act--- D. yakuba gtc------cgtatgaacgct--------------------------gagatctcagg-----aact--- D. biarmipes gtc------catatgaacact--------------------------aagatctcgga-----aact--- D. elegans tccctgtggcagacgaattctttatttttcgtcgcttcgtatttctcaaaatatagag-----aatgagt D. bipectinata acc------ttgctggtaatc--------------------------ggtaccgcaagtaccaaact--- D_novamexicana gta------tgtatgaacgca--------------------------aggttctcaga-----acct--- D_montana gta------tctgtgaacgac--------------------------tcgatctcgca-----aact--- D. willistoni ====================================================================== D. virilis ====================================================================== D_athabasca ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D_busckii ====================================================================== D. ananassae ====================================================================== D. miranda ====================================================================== D. grimshawi ====================================================================== D. pseudoobscura ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== D_arizonae ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_subobscura ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== D. eugracilis ---------------------------------------------------------------------- Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== D. persimilis ====================================================================== T. castaneum ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D. albomicans ====================================================================== D_pseudoobscura_1 ====================================================================== D_obscura ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== D. ficusphila ====================================================================== D_serrata ====================================================================== D_americana ====================================================================== D. suzukii ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== D. takahashii ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== D. kikkawai ====================================================================== D. rhopaloa ====================================================================== D. erecta ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster ---acaaaagctaga D. simulans ---acaaaagctagg D. sechellia ---acaaaagctagg D. yakuba ---acaacagctaga D. biarmipes ---aaaagagctaga D. elegans taaaaaaggaataag D. bipectinata ---aaaagagcggga D_novamexicana ---ataagagctaga D_montana ---acgagaactaga D. willistoni =============== D. virilis =============== D_athabasca =============== D_navojoa =============== D_busckii =============== D. ananassae =============== D. miranda =============== D. grimshawi =============== D. pseudoobscura =============== D. mojavensis =============== D_arizonae =============== Lucilia_cuprina =============== Holcocephala_fusca =============== A_farauti_No4 =============== A_atroparvus =============== A_sinensis =============== A_epiroticus =============== A_coluzzii =============== A_culicifacies =============== Culex_quinquefasciatus =============== D_subobscura =============== D_hydei =============== A_funestus =============== D. eugracilis --------------- Megaselia_scalaris =============== Megaselia_abdita =============== D. persimilis =============== T. castaneum =============== Proctacanthus_coquilletti =============== D. albomicans =============== D_pseudoobscura_1 =============== D_obscura =============== A_dirus =============== A_merus =============== Zaprionus_indianus =============== D. ficusphila =============== D_serrata =============== D_americana =============== D. suzukii =============== Scaptodrosophila_lebanonensis =============== Teleopsis_dalmanni =============== D. takahashii =============== Bactrocera_latifrons =============== Themira_minor =============== Ceratitis_capitata =============== D. kikkawai =============== D. rhopaloa =============== D. erecta =============== Phortica_variegata =============== Inserts between block 53 and 54 in window D D. simulans 25bp B D D. sechellia 25bp D. bipectinata 13bp D_montana 1195bp Alignment block 54 of 1783 in window, 1089846 - 1089895, 50 bps B D D. melanogaster aggttgagat----------------------taagcatacaga-ttctagagacatacacgcagcacaa D D. simulans atatttgtat----------------------tagtttcgtaaatttctattgatttgc------caaaa B D D. sechellia atatttgtat----------------------tagtttcgtaaatttctattgatttgc------caaaa D. yakuba -----aagat----------------------taagcatacaga-ctccagagacatagacgcagcgcaa D. biarmipes atgttgggat----------------------gaatcatgtaga-tttttgagcttcctgtgcagcgtaa D. elegans atggtaagatgggaaaaacgacccaaaacctagaatca---aaa-actcagaagtaagcgaaaatcgtgt D. bipectinata ttgtgacagt----------------------tgtattggtaga--actaggga---------------- D_novamexicana gacttgaaat----------------------gatagatgtaga-tgctcctagttcccgcgcagatcga D. willistoni ====================================================================== D. virilis ====================================================================== D_athabasca ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D_busckii ====================================================================== D. ananassae ====================================================================== D. miranda ====================================================================== D. grimshawi ====================================================================== D. pseudoobscura ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== D_arizonae ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_subobscura ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== D. eugracilis ---------------------------------------------------------------------- Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== B D D. persimilis ====================================================================== T. castaneum ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D. albomicans ====================================================================== D_montana ====================================================================== D_pseudoobscura_1 ====================================================================== D_obscura ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== D. ficusphila ====================================================================== D_serrata ====================================================================== D_americana ====================================================================== D. suzukii ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== D. takahashii ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== D. kikkawai ====================================================================== D. rhopaloa ====================================================================== D. erecta ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster gg-----------t D. simulans gact---------t D. sechellia gact---------t D. yakuba gtttgtcgattcat D. biarmipes ggta---------- D. elegans aata---------- D. bipectinata -------------- D_novamexicana gtt----------- D. willistoni ============== D. virilis ============== D_athabasca ============== D_navojoa ============== D_busckii ============== D. ananassae ============== D. miranda ============== D. grimshawi ============== D. pseudoobscura ============== D. mojavensis ============== D_arizonae ============== Lucilia_cuprina ============== Holcocephala_fusca ============== A_farauti_No4 ============== A_atroparvus ============== A_sinensis ============== A_epiroticus ============== A_coluzzii ============== A_culicifacies ============== Culex_quinquefasciatus ============== D_subobscura ============== D_hydei ============== A_funestus ============== D. eugracilis -------------- Megaselia_scalaris ============== Megaselia_abdita ============== D. persimilis ============== T. castaneum ============== Proctacanthus_coquilletti ============== D. albomicans ============== D_montana ============== D_pseudoobscura_1 ============== D_obscura ============== A_dirus ============== A_merus ============== Zaprionus_indianus ============== D. ficusphila ============== D_serrata ============== D_americana ============== D. suzukii ============== Scaptodrosophila_lebanonensis ============== Teleopsis_dalmanni ============== D. takahashii ============== Bactrocera_latifrons ============== Themira_minor ============== Ceratitis_capitata ============== D. kikkawai ============== D. rhopaloa ============== D. erecta ============== Phortica_variegata ============== Inserts between block 54 and 55 in window D. biarmipes 373bp D. elegans 3bp D_novamexicana 2704bp Alignment block 55 of 1783 in window, 1089896 - 1089896, 1 bps B D D. melanogaster a D D. simulans t B D D. sechellia t D. yakuba g D. biarmipes = D. willistoni = D. virilis = D_novamexicana = D_athabasca = D_navojoa = D_busckii = D. ananassae = D. miranda = D. grimshawi = D. pseudoobscura = D. mojavensis = D_arizonae = Lucilia_cuprina = Holcocephala_fusca = A_farauti_No4 = A_atroparvus = A_sinensis = A_epiroticus = A_coluzzii = A_culicifacies = Culex_quinquefasciatus = D_subobscura = D_hydei = A_funestus = D. eugracilis - Megaselia_scalaris = Megaselia_abdita = B D D. persimilis = T. castaneum = Proctacanthus_coquilletti = D. albomicans = D_montana = D_pseudoobscura_1 = D_obscura = A_dirus = A_merus = Zaprionus_indianus = D. elegans = D. ficusphila = D. bipectinata - D_serrata = D_americana = D. suzukii = Scaptodrosophila_lebanonensis = Teleopsis_dalmanni = D. takahashii = Bactrocera_latifrons = Themira_minor = Ceratitis_capitata = D. kikkawai = D. rhopaloa = D. erecta = Phortica_variegata = Alignment block 56 of 1783 in window, 1089897 - 1089999, 103 bps B D D. melanogaster ttgccacgccaactgttacg-----------ccc--aaaactgccacgcca------ttgaaatatattt D D. simulans ttgccatgcccactcatacgcatacatacaaccc--aaaactgctacgcccacacttttgaaaaatgttt B D D. sechellia ttgccatgcctactcatacgcatacatacaaccc--aaaactgctacgcccacacttttgataaatgttt D. yakuba ttgccactcccactc-taagcccacaaatcgctc--aaaactgccacccccacacttttgaaaaatgttt D. elegans ttttcatggcttgtgttttt---------------------tgtgac-----------taaaaaatacgt D. bipectinata --------------------------gagaacccgtatacctgcggtgcac-------aaaaaaatgtat D. biarmipes ====================================================================== D. willistoni ====================================================================== D. virilis ====================================================================== D_novamexicana ====================================================================== D_athabasca ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D_busckii ====================================================================== D. ananassae ====================================================================== D. miranda ====================================================================== D. grimshawi ====================================================================== D. pseudoobscura ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== D_arizonae ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_subobscura ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== D. eugracilis ---------------------------------------------------------------------- Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== B D D. persimilis ====================================================================== T. castaneum ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D. albomicans ====================================================================== D_montana ====================================================================== D_pseudoobscura_1 ====================================================================== D_obscura ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== D. ficusphila ====================================================================== D_serrata ====================================================================== D_americana ====================================================================== D. suzukii ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== D. takahashii ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== D. kikkawai ====================================================================== D. rhopaloa ====================================================================== D. erecta ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster tgaaatttgttcat------atttg----tttcctaaat-ttctatcgatttgcca------------tg D. simulans taatattttttcatatattcattag----ttttgtaaat-ttctattgatctgtcaaaaaacgtt--ttg D. sechellia taatattttttcatatattcattag----ttttgtaaat-ttctattgatctgtcaaaaaacgtt--ttg D. yakuba tgatattttctcatttttgtattag----tcttttaaat-ttctatcgatttgctaaaaaacttt--ttg D. elegans acagttgcggtcataataatagtagaggtgctcgaaaacataccattatggcattagaaagctttagtta D. bipectinata tataaattttatacgtacaaattta----ttttaggcat----cctttatataatataaggtgta--tta D. biarmipes ====================================================================== D. willistoni ====================================================================== D. virilis ====================================================================== D_novamexicana ====================================================================== D_athabasca ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D_busckii ====================================================================== D. ananassae ====================================================================== D. miranda ====================================================================== D. grimshawi ====================================================================== D. pseudoobscura ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== D_arizonae ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_subobscura ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== D. eugracilis ---------------------------------------------------------------------- Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== D. persimilis ====================================================================== T. castaneum ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D. albomicans ====================================================================== D_montana ====================================================================== D_pseudoobscura_1 ====================================================================== D_obscura ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== D. ficusphila ====================================================================== D_serrata ====================================================================== D_americana ====================================================================== D. suzukii ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== D. takahashii ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== D. kikkawai ====================================================================== D. rhopaloa ====================================================================== D. erecta ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster cc-----cac D. simulans cc-------- D. sechellia cc-------- D. yakuba ccacacccac D. elegans cc-------- D. bipectinata tt-------- D. biarmipes ========== D. willistoni ========== D. virilis ========== D_novamexicana ========== D_athabasca ========== D_navojoa ========== D_busckii ========== D. ananassae ========== D. miranda ========== D. grimshawi ========== D. pseudoobscura ========== D. mojavensis ========== D_arizonae ========== Lucilia_cuprina ========== Holcocephala_fusca ========== A_farauti_No4 ========== A_atroparvus ========== A_sinensis ========== A_epiroticus ========== A_coluzzii ========== A_culicifacies ========== Culex_quinquefasciatus ========== D_subobscura ========== D_hydei ========== A_funestus ========== D. eugracilis ---------- Megaselia_scalaris ========== Megaselia_abdita ========== D. persimilis ========== T. castaneum ========== Proctacanthus_coquilletti ========== D. albomicans ========== D_montana ========== D_pseudoobscura_1 ========== D_obscura ========== A_dirus ========== A_merus ========== Zaprionus_indianus ========== D. ficusphila ========== D_serrata ========== D_americana ========== D. suzukii ========== Scaptodrosophila_lebanonensis ========== Teleopsis_dalmanni ========== D. takahashii ========== Bactrocera_latifrons ========== Themira_minor ========== Ceratitis_capitata ========== D. kikkawai ========== D. rhopaloa ========== D. erecta ========== Phortica_variegata ========== Inserts between block 56 and 57 in window D. elegans 1bp Alignment block 57 of 1783 in window, 1090000 - 1090029, 30 bps B D D. melanogaster tcttacgcgtacaaaccgtt--------tagaactgcc D D. simulans ----acgcctacaaactgcc--------caaaactgct B D D. sechellia ----acgcctacaaaccgcc--------caaaactgct D. yakuba tctaacgcccacaatccgcc--------aaaaactgtc D. bipectinata -----------------------------aatatt--- T. castaneum tctttagggcctaaaccgttgatgacggaaatatggcc D. biarmipes ====================================== D. willistoni ====================================== D. virilis ====================================== D_novamexicana ====================================== D_athabasca ====================================== D_navojoa ====================================== D_busckii ====================================== D. ananassae ====================================== D. miranda ====================================== D. grimshawi ====================================== D. pseudoobscura ====================================== D. mojavensis ====================================== D_arizonae ====================================== Lucilia_cuprina ====================================== Holcocephala_fusca ====================================== A_farauti_No4 ====================================== A_atroparvus ====================================== A_sinensis ====================================== A_epiroticus ====================================== A_coluzzii ====================================== A_culicifacies ====================================== Culex_quinquefasciatus ====================================== D_subobscura ====================================== D_hydei ====================================== A_funestus ====================================== D. eugracilis -------------------------------------- Megaselia_scalaris ====================================== Megaselia_abdita ====================================== B D D. persimilis ====================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================== D. albomicans ====================================== D_montana ====================================== D_pseudoobscura_1 ====================================== D_obscura ====================================== A_dirus ====================================== A_merus ====================================== Zaprionus_indianus ====================================== D. elegans ====================================== D. ficusphila ====================================== D_serrata ====================================== D_americana ====================================== D. suzukii ====================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================== Teleopsis_dalmanni ====================================== D. takahashii ====================================== Bactrocera_latifrons ====================================== Themira_minor ====================================== Ceratitis_capitata ====================================== D. kikkawai ====================================== D. rhopaloa ====================================== D. erecta ====================================== Phortica_variegata ====================================== Alignment block 58 of 1783 in window, 1090030 - 1090045, 16 bps B D D. melanogaster acgcccacatatttg---c D D. simulans acgaccacatttttgacct B D D. sechellia acgaccacatttttgacct D. yakuba agtgctaaagagtcgc--- D. eugracilis atgccgatatgcatat--- D. elegans atgaatcgaattggg---- D. bipectinata --------atatttaa--- T. castaneum tcgcggacttttttaa--- D. biarmipes =================== D. willistoni =================== D. virilis =================== D_novamexicana =================== D_athabasca =================== D_navojoa =================== D_busckii =================== D. ananassae =================== D. miranda =================== D. grimshawi =================== D. pseudoobscura =================== D. mojavensis =================== D_arizonae =================== Lucilia_cuprina =================== Holcocephala_fusca =================== A_farauti_No4 =================== A_atroparvus =================== A_sinensis =================== A_epiroticus =================== A_coluzzii =================== A_culicifacies =================== Culex_quinquefasciatus =================== D_subobscura =================== D_hydei =================== A_funestus =================== Megaselia_scalaris =================== Megaselia_abdita =================== B D D. persimilis =================== Proctacanthus_coquilletti =================== D. albomicans =================== D_montana =================== D_pseudoobscura_1 =================== D_obscura =================== A_dirus =================== A_merus =================== Zaprionus_indianus =================== D. ficusphila =================== D_serrata =================== D_americana =================== D. suzukii =================== Scaptodrosophila_lebanonensis =================== Teleopsis_dalmanni =================== D. takahashii =================== Bactrocera_latifrons =================== Themira_minor =================== Ceratitis_capitata =================== D. kikkawai =================== D. rhopaloa =================== D. erecta =================== Phortica_variegata =================== Inserts between block 58 and 59 in window D. yakuba 765bp D. eugracilis 5bp D. elegans 6bp D. bipectinata 8bp Alignment block 59 of 1783 in window, 1090046 - 1090112, 67 bps B D D. melanogaster --aaaat------------gatattttttc-----------------atattttctttagtttttgtaaa D D. simulans --aattt------------aaaattttttc-----------------tcattttattca-------ccaa B D D. sechellia --aattt------------aaaattttttc-----------------tcattttattca-------ccaa D. eugracilis --aatattca---------gaaattccttcagtttgagtgctaaaaaatatattctttt----tcgtgca D. elegans --aaactttt---------gatattgtttt-----------------agttttttttaa-------aaaa D. bipectinata --aatttcta---------aaaaagttttt-----------------attttgttttat----------- T. castaneum agaaaatttaattctctacaaatttcttcc-----------------taacatttttct-------tgta D. biarmipes ====================================================================== D. willistoni ====================================================================== D. virilis ====================================================================== D_novamexicana ====================================================================== D_athabasca ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D_busckii ====================================================================== D. ananassae ====================================================================== D. miranda ====================================================================== D. grimshawi ====================================================================== D. pseudoobscura ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== D_arizonae ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_subobscura ====================================================================== D_hydei ====================================================================== D. yakuba ====================================================================== A_funestus ====================================================================== Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== B D D. persimilis ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D. albomicans ====================================================================== D_montana ====================================================================== D_pseudoobscura_1 ====================================================================== D_obscura ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== D. ficusphila ====================================================================== D_serrata ====================================================================== D_americana ====================================================================== D. suzukii ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== D. takahashii ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== D. kikkawai ====================================================================== D. rhopaloa ====================================================================== D. erecta ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster tttatatct----------acattttctttttgcaacg D. simulans tacttatcg----------atat--------------- D. sechellia tacttatcg----------atat--------------- D. eugracilis catttttcg----------atgtcttcagggtgtataa D. elegans attttaaag----------ctgttaataaataaaa--- D. bipectinata catttatagagtgcacataacattctcagaatt----- T. castaneum tctttaact----------ctatttgcagcg------- D. biarmipes ====================================== D. willistoni ====================================== D. virilis ====================================== D_novamexicana ====================================== D_athabasca ====================================== D_navojoa ====================================== D_busckii ====================================== D. ananassae ====================================== D. miranda ====================================== D. grimshawi ====================================== D. pseudoobscura ====================================== D. mojavensis ====================================== D_arizonae ====================================== Lucilia_cuprina ====================================== Holcocephala_fusca ====================================== A_farauti_No4 ====================================== A_atroparvus ====================================== A_sinensis ====================================== A_epiroticus ====================================== A_coluzzii ====================================== A_culicifacies ====================================== Culex_quinquefasciatus ====================================== D_subobscura ====================================== D_hydei ====================================== D. yakuba ====================================== A_funestus ====================================== Megaselia_scalaris ====================================== Megaselia_abdita ====================================== D. persimilis ====================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================== D. albomicans ====================================== D_montana ====================================== D_pseudoobscura_1 ====================================== D_obscura ====================================== A_dirus ====================================== A_merus ====================================== Zaprionus_indianus ====================================== D. ficusphila ====================================== D_serrata ====================================== D_americana ====================================== D. suzukii ====================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================== Teleopsis_dalmanni ====================================== D. takahashii ====================================== Bactrocera_latifrons ====================================== Themira_minor ====================================== Ceratitis_capitata ====================================== D. kikkawai ====================================== D. rhopaloa ====================================== D. erecta ====================================== Phortica_variegata ====================================== Inserts between block 59 and 60 in window D. elegans 34bp D. bipectinata 51bp Alignment block 60 of 1783 in window, 1090113 - 1090152, 40 bps B D D. melanogaster cccgctgttacgcctacaagccgcccaagactgctacgac--------------- D D. simulans ------------cctaaaa------------------------------------ B D D. sechellia ------------cctaaaa------------------------------------ D. eugracilis ttcgtattctttcgtatat------------------------------------ D. bipectinata tccgtagagctatccgaa------------------------------------- T. castaneum ----------tctttaaaa---------------------atacgaaacgaagcg D. biarmipes ======================================================= D. willistoni ======================================================= D. virilis ======================================================= D_novamexicana ======================================================= D_athabasca ======================================================= D_navojoa ======================================================= D_busckii ======================================================= D. ananassae ======================================================= D. miranda ======================================================= D. grimshawi ======================================================= D. pseudoobscura ======================================================= D. mojavensis ======================================================= D_arizonae ======================================================= Lucilia_cuprina ======================================================= Holcocephala_fusca ======================================================= A_farauti_No4 ======================================================= A_atroparvus ======================================================= A_sinensis ======================================================= A_epiroticus ======================================================= A_coluzzii ======================================================= A_culicifacies ======================================================= Culex_quinquefasciatus ======================================================= D_subobscura ======================================================= D_hydei ======================================================= D. yakuba ======================================================= A_funestus ======================================================= Megaselia_scalaris ======================================================= Megaselia_abdita ======================================================= B D D. persimilis ======================================================= Proctacanthus_coquilletti ======================================================= D. albomicans ======================================================= D_montana ======================================================= D_pseudoobscura_1 ======================================================= D_obscura ======================================================= A_dirus ======================================================= A_merus ======================================================= Zaprionus_indianus ======================================================= D. elegans ======================================================= D. ficusphila ======================================================= D_serrata ======================================================= D_americana ======================================================= D. suzukii ======================================================= Scaptodrosophila_lebanonensis ======================================================= Teleopsis_dalmanni ======================================================= D. takahashii ======================================================= Bactrocera_latifrons ======================================================= Themira_minor ======================================================= Ceratitis_capitata ======================================================= D. kikkawai ======================================================= D. rhopaloa ======================================================= D. erecta ======================================================= Phortica_variegata ======================================================= Alignment block 61 of 1783 in window, 1090153 - 1090190, 38 bps B D D. melanogaster cacattttt------------gaccaaat---tttaaattt----------tttctc----attttt D D. simulans -------------------------aaat---tggcaattt-------------------------- B D D. sechellia -------------------------aaat---tggcaattt-------------------------- D. eugracilis ttcatccct------------gggccaatgaattccaattc--------catttccc----gctct- D. elegans --catttttttaaagaaattgaagaaaataacttaaaatcc-------ttgtttatc-tgaacctt- D. bipectinata ------------tataccgagcgcaaaag---taataattt----------tttgttaagaattct- T. castaneum ------------------------caaat---tttaaattttaaatatttttttttcatgtat---- D. biarmipes =================================================================== D. willistoni =================================================================== D. virilis =================================================================== D_novamexicana =================================================================== D_athabasca =================================================================== D_navojoa =================================================================== D_busckii =================================================================== D. ananassae =================================================================== D. miranda =================================================================== D. grimshawi =================================================================== D. pseudoobscura =================================================================== D. mojavensis =================================================================== D_arizonae =================================================================== Lucilia_cuprina =================================================================== Holcocephala_fusca =================================================================== A_farauti_No4 =================================================================== A_atroparvus =================================================================== A_sinensis =================================================================== A_epiroticus =================================================================== A_coluzzii =================================================================== A_culicifacies =================================================================== Culex_quinquefasciatus =================================================================== D_subobscura =================================================================== D_hydei =================================================================== D. yakuba =================================================================== A_funestus =================================================================== Megaselia_scalaris =================================================================== Megaselia_abdita =================================================================== B D D. persimilis =================================================================== Proctacanthus_coquilletti =================================================================== D. albomicans =================================================================== D_montana =================================================================== D_pseudoobscura_1 =================================================================== D_obscura =================================================================== A_dirus =================================================================== A_merus =================================================================== Zaprionus_indianus =================================================================== D. ficusphila =================================================================== D_serrata =================================================================== D_americana =================================================================== D. suzukii =================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis =================================================================== Teleopsis_dalmanni =================================================================== D. takahashii =================================================================== Bactrocera_latifrons =================================================================== Themira_minor =================================================================== Ceratitis_capitata =================================================================== D. kikkawai =================================================================== D. rhopaloa =================================================================== D. erecta =================================================================== Phortica_variegata =================================================================== Inserts between block 61 and 62 in window D. bipectinata 1bp Alignment block 62 of 1783 in window, 1090191 - 1090273, 83 bps B D D. melanogaster atcattaaaa---aa-ataag------------aaatgcgttagctgagtaacgggtatctgatagtcgc D D. simulans ------------------------------------tgcgttagc-----------------attaccac B D D. sechellia ------------------------------------tgcgttagc-----------------attaccac D. erecta atcgtaaaaa---aatgtaagata--tat----atattcttgatc-----------------cgtatcac D. eugracilis ------------------------------------tccgttaaccgacgaaatagaaaaagataatgaa D. elegans -gtgttggaa---aaaatagaaaagttac----atttccaatatctgaaggat---------tttgtaaa D. bipectinata accgttaaagcttaaactttaaaggttag----ttaaattgtggccgaaagag---------agtaccag T. castaneum ------------------------cttatgaaactgtcagttagccaaactgaagttattttaacaccaa D. biarmipes ====================================================================== D. willistoni ====================================================================== D. virilis ====================================================================== D_novamexicana ====================================================================== D_athabasca ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D_busckii ====================================================================== D. ananassae ====================================================================== D. miranda ====================================================================== D. grimshawi ====================================================================== D. pseudoobscura ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== D_arizonae ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_subobscura ====================================================================== D_hydei ====================================================================== D. yakuba ====================================================================== A_funestus ====================================================================== Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== B D D. persimilis ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D. albomicans ====================================================================== D_montana ====================================================================== D_pseudoobscura_1 ====================================================================== D_obscura ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== D. ficusphila ====================================================================== D_serrata ====================================================================== D_americana ====================================================================== D. suzukii ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== D. takahashii ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== D. kikkawai ====================================================================== D. rhopaloa ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster gg--------------------------aagtcgact-g------taggattctctcttgtt D. simulans -------------------------------tcgact-g------aatcattctctcttgtt D. sechellia -------------------------------tcgact-g------aatcattctctcttgtt D. erecta ta-----------------------gccaagtcgatc-t------agccatgtccgtttgtg D. eugracilis ggg--gtcgatagt-------ggtagtaaagatgggt-g------aatcgag-tcaaatgtt D. elegans tt-----------------------------taaata-t------aagcaaatactttt-tt D. bipectinata tta--taatatagtat----agtggagaaatttgactat------agccatcctttcttttt T. castaneum acaatggaaatagaactagaagatgttgaagccgatt-gtttttaaataatt---------- D. biarmipes ============================================================== D. willistoni ============================================================== D. virilis ============================================================== D_novamexicana ============================================================== D_athabasca ============================================================== D_navojoa ============================================================== D_busckii ============================================================== D. ananassae ============================================================== D. miranda ============================================================== D. grimshawi ============================================================== D. pseudoobscura ============================================================== D. mojavensis ============================================================== D_arizonae ============================================================== Lucilia_cuprina ============================================================== Holcocephala_fusca ============================================================== A_farauti_No4 ============================================================== A_atroparvus ============================================================== A_sinensis ============================================================== A_epiroticus ============================================================== A_coluzzii ============================================================== A_culicifacies ============================================================== Culex_quinquefasciatus ============================================================== D_subobscura ============================================================== D_hydei ============================================================== D. yakuba ============================================================== A_funestus ============================================================== Megaselia_scalaris ============================================================== Megaselia_abdita ============================================================== D. persimilis ============================================================== Proctacanthus_coquilletti ============================================================== D. albomicans ============================================================== D_montana ============================================================== D_pseudoobscura_1 ============================================================== D_obscura ============================================================== A_dirus ============================================================== A_merus ============================================================== Zaprionus_indianus ============================================================== D. ficusphila ============================================================== D_serrata ============================================================== D_americana ============================================================== D. suzukii ============================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ============================================================== Teleopsis_dalmanni ============================================================== D. takahashii ============================================================== Bactrocera_latifrons ============================================================== Themira_minor ============================================================== Ceratitis_capitata ============================================================== D. kikkawai ============================================================== D. rhopaloa ============================================================== Phortica_variegata ============================================================== Alignment block 63 of 1783 in window, 1090274 - 1090291, 18 bps B D D. melanogaster ----ttttaaattaattttc-----ct D D. simulans ----tttttaattgagtttt-----ct B D D. sechellia ----tttttaattgagtttt-----ct D. erecta ----tttccgttccatcgtctagaatt D. eugracilis ----tgacagagcggtttac-----tt D. elegans ----tataaaatgtattttt-----tt D. bipectinata ----ttttatgttcttttat-----at D_busckii ----ttttaaattaagttgt-----tt T. castaneum taagtttttattaatattat-----c- D. biarmipes =========================== D. willistoni =========================== D. virilis =========================== D_novamexicana =========================== D_athabasca =========================== D_navojoa =========================== D. ananassae =========================== D. miranda =========================== D. grimshawi =========================== D. pseudoobscura =========================== D. mojavensis =========================== D_arizonae =========================== Lucilia_cuprina =========================== Holcocephala_fusca =========================== A_farauti_No4 =========================== A_atroparvus =========================== A_sinensis =========================== A_epiroticus =========================== A_coluzzii =========================== A_culicifacies =========================== Culex_quinquefasciatus =========================== D_subobscura =========================== D_hydei =========================== D. yakuba =========================== A_funestus =========================== Megaselia_scalaris =========================== Megaselia_abdita =========================== B D D. persimilis =========================== Proctacanthus_coquilletti =========================== D. albomicans =========================== D_montana =========================== D_pseudoobscura_1 =========================== D_obscura =========================== A_dirus =========================== A_merus =========================== Zaprionus_indianus =========================== D. ficusphila =========================== D_serrata =========================== D_americana =========================== D. suzukii =========================== Scaptodrosophila_lebanonensis =========================== Teleopsis_dalmanni =========================== D. takahashii =========================== Bactrocera_latifrons =========================== Themira_minor =========================== Ceratitis_capitata =========================== D. kikkawai =========================== D. rhopaloa =========================== Phortica_variegata =========================== Inserts between block 63 and 64 in window D. bipectinata 8bp D_busckii 4bp Alignment block 64 of 1783 in window, 1090292 - 1090351, 60 bps B D D. melanogaster cgtga-attataa----aagcggtgc--------aagcttgt---t---------------tcatacctg D D. simulans cgtga-attataa----aagctgtgc--------aagcttgt---t---------------tcatacctg B D D. sechellia cgtga-attatag----aagctgtgc--------aagcttgt---t---------------tcatacctg D. erecta cggga-actatta----aagcggtgc--------tagcttgt---t---------------tcagaagtt D. yakuba cgaga-actataa----aagcggtgc--------taggttgt---t---------------tgcgaacat D. eugracilis cgaca-ataacaa----aagatattt--------tagattat---ta--------------taatatgtt D. elegans -aata-ttttaaa----aatttataccttaaataaatgttga---t---------------ttttatatc D. bipectinata tttaa-atattaattctaagctttaa--------aagaatat---tacataaataagaagttaaaatatg D_busckii cgtcatatatttg----aagctgtat--------gtttatgtatgt---------------atatatatg T. castaneum --taa-attatta----ctagaccat--------aattttat---t---------------aaatatttt D. biarmipes ====================================================================== D. willistoni ====================================================================== D. virilis ====================================================================== D_novamexicana ====================================================================== D_athabasca ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D. ananassae ====================================================================== D. miranda ====================================================================== D. grimshawi ====================================================================== D. pseudoobscura ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== D_arizonae ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_subobscura ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== B D D. persimilis ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D. albomicans ====================================================================== D_montana ====================================================================== D_pseudoobscura_1 ====================================================================== D_obscura ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== D. ficusphila ====================================================================== D_serrata ====================================================================== D_americana ====================================================================== D. suzukii ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== D. takahashii ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== D. kikkawai ====================================================================== D. rhopaloa ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster tgccacgc------------------aggcactatatgt--------- D. simulans tgctacgc------------------agacaccatatgt--------- D. sechellia tgctacgc------------------agacaccatatgt--------- D. erecta taccacgcccatttgaacgcccagagagaactccaatgt--------- D. yakuba tgc-gtgc------------------agacactttaaat--------- D. eugracilis tttggact------------------acaaactccgtct--------- D. elegans tgccccac-----------ttcata-aaaatatacaaaa--------- D. bipectinata ttaaagct------------------aaagtcttaattt--------- D_busckii tactatac------------------atg---catatgt--------- T. castaneum tttgttcg------------------taacaatttaagcttaattaat D. biarmipes ================================================ D. willistoni ================================================ D. virilis ================================================ D_novamexicana ================================================ D_athabasca ================================================ D_navojoa ================================================ D. ananassae ================================================ D. miranda ================================================ D. grimshawi ================================================ D. pseudoobscura ================================================ D. mojavensis ================================================ D_arizonae ================================================ Lucilia_cuprina ================================================ Holcocephala_fusca ================================================ A_farauti_No4 ================================================ A_atroparvus ================================================ A_sinensis ================================================ A_epiroticus ================================================ A_coluzzii ================================================ A_culicifacies ================================================ Culex_quinquefasciatus ================================================ D_subobscura ================================================ D_hydei ================================================ A_funestus ================================================ Megaselia_scalaris ================================================ Megaselia_abdita ================================================ D. persimilis ================================================ Proctacanthus_coquilletti ================================================ D. albomicans ================================================ D_montana ================================================ D_pseudoobscura_1 ================================================ D_obscura ================================================ A_dirus ================================================ A_merus ================================================ Zaprionus_indianus ================================================ D. ficusphila ================================================ D_serrata ================================================ D_americana ================================================ D. suzukii ================================================ Scaptodrosophila_lebanonensis ================================================ Teleopsis_dalmanni ================================================ D. takahashii ================================================ Bactrocera_latifrons ================================================ Themira_minor ================================================ Ceratitis_capitata ================================================ D. kikkawai ================================================ D. rhopaloa ================================================ Phortica_variegata ================================================ Inserts between block 64 and 65 in window D_busckii 9bp Alignment block 65 of 1783 in window, 1090352 - 1090376, 25 bps B D D. melanogaster attttgattt-----------tttatt-----gattttatt D D. simulans attttaattt-----------tttatt-----gattttatt B D D. sechellia atattaattt-----------tttatt-----gattttatt D. erecta tttttcattt-----------cttatttattaaattttatc D. yakuba gtt----ttt-----------tttatt----aaattctatc D. eugracilis cctttaattt-----------ttatgt-------------- D. elegans atttcaaaag-----------ttcctt--caagacttgatt D. bipectinata gcttaggtttgacacaaagtctttatc--aaagattttaat D_busckii atatatatta-----------tatatt-------------- D_pseudoobscura_1 atatttattt-----------aattct-----gactgtat- D. miranda atatttattt-----------aattct-----gactgtat- B D D. persimilis atatttattt-----------aattct-----gactgtat- D. pseudoobscura atatttattt-----------aattct-----gactgtat- T. castaneum ----aaataa-----------tttatt-----taattaatt D. biarmipes ========================================= D. willistoni ========================================= D. virilis ========================================= D_novamexicana ========================================= D_athabasca ========================================= D_navojoa ========================================= D. ananassae ========================================= D. grimshawi ========================================= D. mojavensis ========================================= D_arizonae ========================================= Lucilia_cuprina ========================================= Holcocephala_fusca ========================================= A_farauti_No4 ========================================= A_atroparvus ========================================= A_sinensis ========================================= A_epiroticus ========================================= A_coluzzii ========================================= A_culicifacies ========================================= Culex_quinquefasciatus ========================================= D_subobscura ========================================= D_hydei ========================================= A_funestus ========================================= Megaselia_scalaris ========================================= Megaselia_abdita ========================================= Proctacanthus_coquilletti ========================================= D. albomicans ========================================= D_montana ========================================= D_obscura ========================================= A_dirus ========================================= A_merus ========================================= Zaprionus_indianus ========================================= D. ficusphila ========================================= D_serrata ========================================= D_americana ========================================= D. suzukii ========================================= Scaptodrosophila_lebanonensis ========================================= Teleopsis_dalmanni ========================================= D. takahashii ========================================= Bactrocera_latifrons ========================================= Themira_minor ========================================= Ceratitis_capitata ========================================= D. kikkawai ========================================= D. rhopaloa ========================================= Phortica_variegata ========================================= Inserts between block 65 and 66 in window D_busckii 2bp Alignment block 66 of 1783 in window, 1090377 - 1090395, 19 bps B D D. melanogaster tttttgtca---------------ttcta-------------atttt--- D D. simulans tatggagtg---------------ctc-----------------tta--- B D D. sechellia tatggagtg---------------ctc-----------------tta--- D. erecta gatgcgccgataacggcttggg-actc-----------------taa--- D. yakuba gatgggccgagaacttttttggcactc-----------------tca--- D. eugracilis --------------------------------------------tga--- D. elegans tggttggta---------------ttt-----------------tca--- D. bipectinata gtaat--------------------------------------------- D_busckii -------------------------------------------ttta--- D_pseudoobscura_1 -------------------------------------------tcta--- D. miranda -------------------------------------------tcta--- B D D. persimilis -------------------------------------------tcta--- D. pseudoobscura -------------------------------------------tcta--- D_subobscura -------------------------------------------cctg--- T. castaneum ----------------------------aactaattaattaaacctagat D. biarmipes ================================================== D. willistoni ================================================== D. virilis ================================================== D_novamexicana ================================================== D_athabasca ================================================== D_navojoa ================================================== D. ananassae ================================================== D. grimshawi ================================================== D. mojavensis ================================================== D_arizonae ================================================== Lucilia_cuprina ================================================== Holcocephala_fusca ================================================== A_farauti_No4 ================================================== A_atroparvus ================================================== A_sinensis ================================================== A_epiroticus ================================================== A_coluzzii ================================================== A_culicifacies ================================================== Culex_quinquefasciatus ================================================== D_hydei ================================================== A_funestus ================================================== Megaselia_scalaris ================================================== Megaselia_abdita ================================================== Proctacanthus_coquilletti ================================================== D. albomicans ================================================== D_montana ================================================== D_obscura ================================================== A_dirus ================================================== A_merus ================================================== Zaprionus_indianus ================================================== D. ficusphila ================================================== D_serrata ================================================== D_americana ================================================== D. suzukii ================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ================================================== Teleopsis_dalmanni ================================================== D. takahashii ================================================== Bactrocera_latifrons ================================================== Themira_minor ================================================== Ceratitis_capitata ================================================== D. kikkawai ================================================== D. rhopaloa ================================================== Phortica_variegata ================================================== Inserts between block 66 and 67 in window D_busckii 20bp D_pseudoobscura_1 15bp D. miranda 15bp B D D. persimilis 15bp D. pseudoobscura 15bp D_subobscura 13bp Alignment block 67 of 1783 in window, 1090396 - 1090433, 38 bps B D D. melanogaster tatc---gacgaacc-----------------------------cca------aaa---tgttctcataa D D. simulans cggc---cacgaact-----------------------------taa------aaa---tgttctcataa B D D. sechellia cggc---cacgaact-----------------------------caa------ata---tgttctcataa D. erecta cggc---cacaaacc-----------------------------ata------aaa---taatcttacca D. yakuba cggca--aaaaaacg-----------------------------ttt------aaa---tgttcttaccg D. eugracilis caga---aaaaaaat-----------------------------taactggatatt---tatttctataa D. elegans taaga--taaaaactac-----------tgtttt-catgcttggtta------aaacattatttgtacaa D. kikkawai taat---gctaaacc-----------------------------cca------aac---gagtt-----a D. bipectinata ------------------------------tctc-gat------tta------gta---cattctcttat D_busckii ----catttcaaaggtaa----aagt------------------ttt------aaa---tata------- D_pseudoobscura_1 ----tattgcaaattga---------------------------tca------aaa---taga------- D. miranda ----tattgcaaattgc---------------------------tca------aaa---taga------- B D D. persimilis ----tattgcaaattga---------------------------tca------aaa---taga------- D. pseudoobscura ----tattgcaaattga---------------------------tca------aaa---taga------- D_subobscura ----ta-tgtaagctgaa----aagc--tgtttc----------cca------aaa---ttgg------- T. castaneum -------tataaacactattttaagacacgtttctcata-----tca------atg---tggt------- D. biarmipes ====================================================================== D. willistoni ====================================================================== D. virilis ====================================================================== D_novamexicana ====================================================================== D_athabasca ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D. ananassae ====================================================================== D. grimshawi ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== D_arizonae ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D. albomicans ====================================================================== D_montana ====================================================================== D_obscura ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== D. ficusphila ====================================================================== D_serrata ====================================================================== D_americana ====================================================================== D. suzukii ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== D. takahashii ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== D. rhopaloa ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster a--aaaatggc D. simulans aatataatgga D. sechellia aatataataga D. erecta aaaagaatgga D. yakuba ag-agaatgga D. eugracilis aa--------- D. elegans atactaaaaac D. kikkawai agtgtaaacgt D. bipectinata ac--------- D_busckii ----------- D_pseudoobscura_1 ----------- D. miranda ----------- D. persimilis ----------- D. pseudoobscura ----------- D_subobscura ----------- T. castaneum ----------- D. biarmipes =========== D. willistoni =========== D. virilis =========== D_novamexicana =========== D_athabasca =========== D_navojoa =========== D. ananassae =========== D. grimshawi =========== D. mojavensis =========== D_arizonae =========== Lucilia_cuprina =========== Holcocephala_fusca =========== A_farauti_No4 =========== A_atroparvus =========== A_sinensis =========== A_epiroticus =========== A_coluzzii =========== A_culicifacies =========== Culex_quinquefasciatus =========== D_hydei =========== A_funestus =========== Megaselia_scalaris =========== Megaselia_abdita =========== Proctacanthus_coquilletti =========== D. albomicans =========== D_montana =========== D_obscura =========== A_dirus =========== A_merus =========== Zaprionus_indianus =========== D. ficusphila =========== D_serrata =========== D_americana =========== D. suzukii =========== Scaptodrosophila_lebanonensis =========== Teleopsis_dalmanni =========== D. takahashii =========== Bactrocera_latifrons =========== Themira_minor =========== Ceratitis_capitata =========== D. rhopaloa =========== Phortica_variegata =========== Inserts between block 67 and 68 in window D_busckii 5bp D_pseudoobscura_1 4bp D. miranda 4bp B D D. persimilis 4bp D. pseudoobscura 4bp D_subobscura 4bp Alignment block 68 of 1783 in window, 1090434 - 1090464, 31 bps B D D. melanogaster tccaa-------tgtta---ttaaaca-------------------ttgc--------tgctactagc-- D D. simulans tcaat-------tgtta---ttaaacaatttttttcacccccctc-tcgc--------tgctactacc-- B D D. sechellia tcaat-------tgtta---ttaaacaatttttttcacccccctc-tcgc--------tgctactacc-- D. erecta tcgaa-------tttt----tcacccattgttgtccaattccctt-gcgc--------tgctactagc-- D. yakuba tctag-------ttttt---tttaatcatttatttcaactcccct----c--------tgctcctagc-- D. eugracilis --------------------ttaaact----------------------------------tcttatc-- D. elegans tgtaa-------tgtta-cttcaagtc----------------------a--------tattattttc-- D. kikkawai ctaat-------tagtaacattaaaaa--------------------ctt--------tgttaacata-- D. bipectinata ---aa-------ttctc---tcgaaaagtttactttaatttccaagagat--------tggtagtatc-- D_busckii tccattcataaatatta---tcactttt---------------------c--------ttgtatacat-- D_athabasca --------------------tcccatgtt-----------------tagt--------ttctactaac-- D_pseudoobscura_1 tccgt-------tgcca---tcacatgt---------------------t--------ttctactaac-- D. miranda tccgt-------tgcca---tcccatgt---------------------t--------ttctactaac-- B D D. persimilis tccgt-------tgcca---tcacatgt---------------------t--------ttctactaac-- D. pseudoobscura tccgt-------tgcca---tcacatgt---------------------t--------ttctactaac-- D_subobscura tccaa-------tgcca---tcgcttgt---------------------ttaattgaatttaactaat-- T. castaneum ttcac-------tattt---taaaaca----------------------c--------tgctcatagcaa D. biarmipes ====================================================================== D. willistoni ====================================================================== D. virilis ====================================================================== D_novamexicana ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D. ananassae ====================================================================== D. grimshawi ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== D_arizonae ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D. albomicans ====================================================================== D_montana ====================================================================== D_obscura ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== D. ficusphila ====================================================================== D_serrata ====================================================================== D_americana ====================================================================== D. suzukii ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== D. takahashii ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== D. rhopaloa ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster - D. simulans - D. sechellia - D. erecta - D. yakuba - D. eugracilis - D. elegans - D. kikkawai - D. bipectinata - D_busckii - D_athabasca - D_pseudoobscura_1 - D. miranda - D. persimilis - D. pseudoobscura - D_subobscura - T. castaneum c D. biarmipes = D. willistoni = D. virilis = D_novamexicana = D_navojoa = D. ananassae = D. grimshawi = D. mojavensis = D_arizonae = Lucilia_cuprina = Holcocephala_fusca = A_farauti_No4 = A_atroparvus = A_sinensis = A_epiroticus = A_coluzzii = A_culicifacies = Culex_quinquefasciatus = D_hydei = A_funestus = Megaselia_scalaris = Megaselia_abdita = Proctacanthus_coquilletti = D. albomicans = D_montana = D_obscura = A_dirus = A_merus = Zaprionus_indianus = D. ficusphila = D_serrata = D_americana = D. suzukii = Scaptodrosophila_lebanonensis = Teleopsis_dalmanni = D. takahashii = Bactrocera_latifrons = Themira_minor = Ceratitis_capitata = D. rhopaloa = Phortica_variegata = Alignment block 69 of 1783 in window, 1090465 - 1090485, 21 bps B D D. melanogaster tgattaata----ggta-----------------tctgatag D D. simulans tgattaatg----ggta-----------------tctgatag B D D. sechellia tgattaatg----ggta-----------------tctgatag D. erecta tgataaatg----ggta-----------------tctgatag D. yakuba tgtttaatg----ggta-----------------tctgatag D. eugracilis aaatcacca------ta-----------------taagaaag D. elegans acacaaa--------aa-----------------tacgagag D. kikkawai ttatttat--------------------------tttaataa D. bipectinata atttagacgtcacgtaa-----------------gtcgag-- D_busckii aagtttata----gctaagggtaggaaaagtgcgtctgctag D_athabasca taatatgg--------------------------tcaggcag D_pseudoobscura_1 taatatgt--------------------------tcaggcag D. miranda taatatgt--------------------------tcaggcag B D D. persimilis taatatgt--------------------------tcaggcag D. pseudoobscura taatatgt--------------------------tcaggcag D_subobscura atgtatgt--------------------------tcttgtag D. biarmipes ========================================== D. willistoni ========================================== D. virilis ========================================== D_novamexicana ========================================== D_navojoa ========================================== D. ananassae ========================================== D. grimshawi ========================================== D. mojavensis ========================================== D_arizonae ========================================== Lucilia_cuprina ========================================== Holcocephala_fusca ========================================== A_farauti_No4 ========================================== A_atroparvus ========================================== A_sinensis ========================================== A_epiroticus ========================================== A_coluzzii ========================================== A_culicifacies ========================================== Culex_quinquefasciatus ========================================== D_hydei ========================================== A_funestus ========================================== Megaselia_scalaris ========================================== Megaselia_abdita ========================================== Proctacanthus_coquilletti ========================================== D. albomicans ========================================== D_montana ========================================== D_obscura ========================================== A_dirus ========================================== A_merus ========================================== Zaprionus_indianus ========================================== D. ficusphila ========================================== D_serrata ========================================== D_americana ========================================== D. suzukii ========================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ========================================== Teleopsis_dalmanni ========================================== D. takahashii ========================================== Bactrocera_latifrons ========================================== Themira_minor ========================================== Ceratitis_capitata ========================================== D. rhopaloa ========================================== Phortica_variegata ========================================== Inserts between block 69 and 70 in window D. kikkawai 7bp Alignment block 70 of 1783 in window, 1090486 - 1090519, 34 bps B D D. melanogaster ---tcggggaa---ctcgacttt-----ag--------------------c--------gctctttcatt D D. simulans ---tcggggaa---cttgactat-----ag--------------------cgctatagtgctctttcttt B D D. sechellia ---tcggtgaa---cttgactat-----ag--------------------c--------tctctttcttt D. erecta ---tcggcaaa---ctcgacttt-----ag--------------------c--------gttctttctta D. yakuba ---tc------------gactat-----at--------------------c--------gttctctctta D. eugracilis ---acggtaat---atgcat---------------------------------------aatcttctatt D. biarmipes ---ttaggaga---gccggctttggggtac--------------------c--------tatgtatttat D. elegans ----------------tggcaat-gggtag--------------------a--------aatatttctat D. kikkawai ---gttttaaa---atgtgtctt-----ac--------------------c--------aatgtctat-- D. bipectinata ---tcagaaaa---ctcgactat-----ag--------------------c--------cgtcttatctt D_busckii catcaacggaaaag-tcaacata-----aa---------------------------------------- D_athabasca taaccgtgaaaattcttgacatc-----ag---------------------------------------- D_pseudoobscura_1 taaccgtgaaaattcttgacatc-----ag---------------------------------------- D. miranda taaccgtgaaaattcttgacatc-----agaaaacagatggttcactcta-------------------- B D D. persimilis taaccgtgaaaattcttgacatc-----ag---------------------------------------- D. pseudoobscura taaccgtgaaaattcttgacatc-----ag---------------------------------------- D_subobscura tacccgtgaaagttcttgacatt-----ag---------------------------------------- D. willistoni ====================================================================== D. virilis ====================================================================== D_novamexicana ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D. ananassae ====================================================================== D. grimshawi ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== D_arizonae ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D. albomicans ====================================================================== D_montana ====================================================================== D_obscura ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== D. ficusphila ====================================================================== D_serrata ====================================================================== D_americana ====================================================================== D. suzukii ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== D. takahashii ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== D. rhopaloa ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster tta D. simulans tta D. sechellia tta D. erecta ttg D. yakuba ttg D. eugracilis aca D. biarmipes --- D. elegans --- D. kikkawai --- D. bipectinata gtt D_busckii --- D_athabasca --- D_pseudoobscura_1 --- D. miranda --- D. persimilis --- D. pseudoobscura --- D_subobscura --- D. willistoni === D. virilis === D_novamexicana === D_navojoa === D. ananassae === D. grimshawi === D. mojavensis === D_arizonae === Lucilia_cuprina === Holcocephala_fusca === A_farauti_No4 === A_atroparvus === A_sinensis === A_epiroticus === A_coluzzii === A_culicifacies === Culex_quinquefasciatus === D_hydei === A_funestus === Megaselia_scalaris === Megaselia_abdita === Proctacanthus_coquilletti === D. albomicans === D_montana === D_obscura === A_dirus === A_merus === Zaprionus_indianus === D. ficusphila === D_serrata === D_americana === D. suzukii === Scaptodrosophila_lebanonensis === Teleopsis_dalmanni === D. takahashii === Bactrocera_latifrons === Themira_minor === Ceratitis_capitata === D. rhopaloa === Phortica_variegata === Inserts between block 70 and 71 in window D. biarmipes 6bp D. elegans 2bp D. bipectinata 1bp Alignment block 71 of 1783 in window, 1090520 - 1090521, 2 bps B D D. melanogaster gg D D. simulans gt B D D. sechellia gt D. erecta gg D. yakuba gg D. eugracilis ag D. miranda g- D. biarmipes == D. willistoni == D. virilis == D_novamexicana == D_athabasca -- D_navojoa == D_busckii -- D. ananassae == D. grimshawi == D. pseudoobscura -- D. mojavensis == D_arizonae == Lucilia_cuprina == Holcocephala_fusca == A_farauti_No4 == A_atroparvus == A_sinensis == A_epiroticus == A_coluzzii == A_culicifacies == Culex_quinquefasciatus == D_subobscura -- D_hydei == A_funestus == Megaselia_scalaris == Megaselia_abdita == B D D. persimilis -- Proctacanthus_coquilletti == D. albomicans == D_montana == D_pseudoobscura_1 -- D_obscura == A_dirus == A_merus == Zaprionus_indianus == D. elegans == D. ficusphila == D. bipectinata == D_serrata == D_americana == D. suzukii == Scaptodrosophila_lebanonensis == Teleopsis_dalmanni == D. takahashii == Bactrocera_latifrons == Themira_minor == Ceratitis_capitata == D. kikkawai -- D. rhopaloa == Phortica_variegata == Alignment block 72 of 1783 in window, 1090522 - 1090524, 3 bps B D D. melanogaster cta D D. simulans cta B D D. sechellia cta D. erecta cca D. yakuba cta D. suzukii cta D. takahashii cta D. kikkawai cta D. biarmipes === D. willistoni === D. virilis === D_novamexicana === D_athabasca --- D_navojoa === D_busckii --- D. ananassae === D. miranda --- D. grimshawi === D. pseudoobscura --- D. mojavensis === D_arizonae === Lucilia_cuprina === Holcocephala_fusca === A_farauti_No4 === A_atroparvus === A_sinensis === A_epiroticus === A_coluzzii === A_culicifacies === Culex_quinquefasciatus === D_subobscura --- D_hydei === A_funestus === D. eugracilis --- Megaselia_scalaris === Megaselia_abdita === B D D. persimilis --- Proctacanthus_coquilletti === D. albomicans === D_montana === D_pseudoobscura_1 --- D_obscura === A_dirus === A_merus === Zaprionus_indianus === D. elegans === D. ficusphila === D. bipectinata === D_serrata === D_americana === Scaptodrosophila_lebanonensis === Teleopsis_dalmanni === Bactrocera_latifrons === Themira_minor === Ceratitis_capitata === D. rhopaloa === Phortica_variegata === Alignment block 73 of 1783 in window, 1090525 - 1090525, 1 bps B D D. melanogaster t D D. simulans t B D D. sechellia t D. erecta t D. yakuba t D. suzukii t D. takahashii a D. elegans t D. kikkawai t D. ananassae t D. miranda c D. biarmipes = D. willistoni = D. virilis = D_novamexicana = D_athabasca - D_navojoa = D_busckii - D. grimshawi = D. pseudoobscura - D. mojavensis = D_arizonae = Lucilia_cuprina = Holcocephala_fusca = A_farauti_No4 = A_atroparvus = A_sinensis = A_epiroticus = A_coluzzii = A_culicifacies = Culex_quinquefasciatus = D_subobscura - D_hydei = A_funestus = D. eugracilis - Megaselia_scalaris = Megaselia_abdita = B D D. persimilis - Proctacanthus_coquilletti = D. albomicans = D_montana = D_pseudoobscura_1 - D_obscura = A_dirus = A_merus = Zaprionus_indianus = D. ficusphila = D. bipectinata = D_serrata = D_americana = Scaptodrosophila_lebanonensis = Teleopsis_dalmanni = Bactrocera_latifrons = Themira_minor = Ceratitis_capitata = D. rhopaloa = Phortica_variegata = Inserts between block 73 and 74 in window D. kikkawai 3bp Alignment block 74 of 1783 in window, 1090526 - 1090530, 5 bps B D D. melanogaster ttagg D D. simulans ttagg B D D. sechellia ttagg D. erecta tattg D. yakuba tattg D. biarmipes ----c D. suzukii taaac D. takahashii tgtaa D. elegans taag- D_serrata ttggg D. kikkawai ttggg D. ananassae ttagc D_busckii ---aa D_athabasca ---gg D_pseudoobscura_1 ---gg D. miranda taaga B D D. persimilis ---gg D. pseudoobscura ---gg D_subobscura ---gg D. willistoni ===== D. virilis ===== D_novamexicana ===== D_navojoa ===== D. grimshawi ===== D. mojavensis ===== D_arizonae ===== Lucilia_cuprina ===== Holcocephala_fusca ===== A_farauti_No4 ===== A_atroparvus ===== A_sinensis ===== A_epiroticus ===== A_coluzzii ===== A_culicifacies ===== Culex_quinquefasciatus ===== D_hydei ===== A_funestus ===== D. eugracilis ----- Megaselia_scalaris ===== Megaselia_abdita ===== Proctacanthus_coquilletti ===== D. albomicans ===== D_montana ===== D_obscura ===== A_dirus ===== A_merus ===== Zaprionus_indianus ===== D. ficusphila ===== D. bipectinata ===== D_americana ===== Scaptodrosophila_lebanonensis ===== Teleopsis_dalmanni ===== Bactrocera_latifrons ===== Themira_minor ===== Ceratitis_capitata ===== D. rhopaloa ===== Phortica_variegata ===== Inserts between block 74 and 75 in window D_serrata 3bp D. kikkawai 3bp D_busckii 1bp Alignment block 75 of 1783 in window, 1090531 - 1090534, 4 bps B D D. melanogaster aaac- D D. simulans aaac- B D D. sechellia aaac- D. erecta aaac- D. yakuba aaac- D. biarmipes g---- D. suzukii g---- D. takahashii g---- D. elegans a---- D. rhopaloa a---- D_serrata a---- D. kikkawai a---- D. ananassae -aat- D_busckii -aaat D_athabasca --cgt D_pseudoobscura_1 -aagt D. miranda -aaat B D D. persimilis -aagt D. pseudoobscura -aagt D_subobscura -aagt D. willistoni ===== D. virilis ===== D_novamexicana ===== D_navojoa ===== D. grimshawi ===== D. mojavensis ===== D_arizonae ===== Lucilia_cuprina ===== Holcocephala_fusca ===== A_farauti_No4 ===== A_atroparvus ===== A_sinensis ===== A_epiroticus ===== A_coluzzii ===== A_culicifacies ===== Culex_quinquefasciatus ===== D_hydei ===== A_funestus ===== D. eugracilis ----- Megaselia_scalaris ===== Megaselia_abdita ===== Proctacanthus_coquilletti ===== D. albomicans ===== D_montana ===== D_obscura ===== A_dirus ===== A_merus ===== Zaprionus_indianus ===== D. ficusphila ===== D. bipectinata ===== D_americana ===== Scaptodrosophila_lebanonensis ===== Teleopsis_dalmanni ===== Bactrocera_latifrons ===== Themira_minor ===== Ceratitis_capitata ===== Phortica_variegata ===== Inserts between block 75 and 76 in window D. ananassae 1bp Alignment block 76 of 1783 in window, 1090535 - 1090545, 11 bps B D D. melanogaster aat-aaatg------tag------------------------------- D D. simulans aat-aaatg------tag------------------------------- B D D. sechellia aat-aaatg------tag------------------------------- D. erecta tat-acatg------taa------------------------------- D. yakuba tat-aaatg------tta------------------------------- D. ficusphila aat-aaatgtatgcctaa------------------------------- D. eugracilis aac-agagt------cta------------------------------- D. biarmipes act-taaaaag----taa------------------------------- D. suzukii cat-aaaagtg----taa------------------------------- D. takahashii aatgaaaagtg----taa------------------------------- D. elegans aat-aaaaa------tgc------------------------------- D. rhopaloa aat-aaaac------taa------------------------------- D_serrata aat-aaattcctac-cga------------------------------- D. kikkawai aat-acatttc-at-taa------------------------------- D. ananassae cat-ataag------aag------------------------------- D_busckii ----------------aataataa------------------------- D_athabasca ----------------aagactcttcaaggaaaacagatggtcccgcta D_pseudoobscura_1 ----------------aagactctta----------------------- D. miranda ----------------acaactcgag----------------------- B D D. persimilis ----------------aagactctta----------------------- D. pseudoobscura ----------------aagactctta----------------------- D_subobscura ----------------aagactctta----------------------- D. willistoni ================================================= D. virilis ================================================= D_novamexicana ================================================= D_navojoa ================================================= D. grimshawi ================================================= D. mojavensis ================================================= D_arizonae ================================================= Lucilia_cuprina ================================================= Holcocephala_fusca ================================================= A_farauti_No4 ================================================= A_atroparvus ================================================= A_sinensis ================================================= A_epiroticus ================================================= A_coluzzii ================================================= A_culicifacies ================================================= Culex_quinquefasciatus ================================================= D_hydei ================================================= A_funestus ================================================= Megaselia_scalaris ================================================= Megaselia_abdita ================================================= Proctacanthus_coquilletti ================================================= D. albomicans ================================================= D_montana ================================================= D_obscura ================================================= A_dirus ================================================= A_merus ================================================= Zaprionus_indianus ================================================= D. bipectinata ================================================= D_americana ================================================= Scaptodrosophila_lebanonensis ================================================= Teleopsis_dalmanni ================================================= Bactrocera_latifrons ================================================= Themira_minor ================================================= Ceratitis_capitata ================================================= Phortica_variegata ================================================= Inserts between block 76 and 77 in window D_busckii 2bp D. miranda 10bp Alignment block 77 of 1783 in window, 1090546 - 1090565, 20 bps B D D. melanogaster aaagaaagcagatggc---ctaa D D. simulans aaagaaagcagatggg---ctaa B D D. sechellia aaagaaagcagatggg---ctaa D. erecta aaataaagcagatggt---ctaa D. yakuba aaataaagcagatggt---ctaa D. ficusphila aagaaaaacagatggc---ctag D. eugracilis taaaaaaccagatggc---ctag D. biarmipes gaaagaaacagatggc---ctag D. suzukii agaaaaagcagatggc---ctag D. takahashii aggaaaaacagatggc---ctag D. elegans aaggaaaacagatggc---ctag D. rhopaloa aagaaaaacagatggc---atag D_serrata aaagaaaacagatgtcttcctag D. kikkawai aaagaaaacagatggc-tcctag D. ananassae tagttagacagatggc---atag D_busckii ataaaaaacagatggc---acga D_athabasca --agaaaatgca---------ac D_pseudoobscura_1 aaggaaaacagatggt---tcac B D D. persimilis aaggaaaacagatggt---tcac D. pseudoobscura aaggaaaacagatggt---tcac D_subobscura aaggaaaacagatggt---ctag D. willistoni ======================= D. virilis ======================= D_novamexicana ======================= D_navojoa ======================= D. miranda ======================= D. grimshawi ======================= D. mojavensis ======================= D_arizonae ======================= Lucilia_cuprina ======================= Holcocephala_fusca ======================= A_farauti_No4 ======================= A_atroparvus ======================= A_sinensis ======================= A_epiroticus ======================= A_coluzzii ======================= A_culicifacies ======================= Culex_quinquefasciatus ======================= D_hydei ======================= A_funestus ======================= Megaselia_scalaris ======================= Megaselia_abdita ======================= Proctacanthus_coquilletti ======================= D. albomicans ======================= D_montana ======================= D_obscura ======================= A_dirus ======================= A_merus ======================= Zaprionus_indianus ======================= D. bipectinata ======================= D_americana ======================= Scaptodrosophila_lebanonensis ======================= Teleopsis_dalmanni ======================= Bactrocera_latifrons ======================= Themira_minor ======================= Ceratitis_capitata ======================= Phortica_variegata ======================= Inserts between block 77 and 78 in window D_busckii 17bp D_athabasca 15bp D_pseudoobscura_1 35bp B D D. persimilis 35bp D. pseudoobscura 35bp D_subobscura 30bp Alignment block 78 of 1783 in window, 1090566 - 1090571, 6 bps B D D. melanogaster acgaac D D. simulans acgaac B D D. sechellia acgaac D. erecta gcgaac D. yakuba acgaac D. ficusphila acaaac D. eugracilis atgaaa D. suzukii ac-cat D. elegans acgaac D. rhopaloa acgaac D_serrata act--- D. kikkawai aca--- D. ananassae accaaa D. mojavensis acgaac D_busckii atgtgc D_athabasca atgaat D_pseudoobscura_1 atgaat D. miranda atgaat B D D. persimilis atgaat D. pseudoobscura atgaat D_subobscura atgaat D_obscura atgaat D. biarmipes ------ D. willistoni ====== D. virilis ====== D_novamexicana ====== D_navojoa ====== D. grimshawi ====== D_arizonae ====== Lucilia_cuprina ====== Holcocephala_fusca ====== A_farauti_No4 ====== A_atroparvus ====== A_sinensis ====== A_epiroticus ====== A_coluzzii ====== A_culicifacies ====== Culex_quinquefasciatus ====== D_hydei ====== A_funestus ====== Megaselia_scalaris ====== Megaselia_abdita ====== Proctacanthus_coquilletti ====== D. albomicans ====== D_montana ====== A_dirus ====== A_merus ====== Zaprionus_indianus ====== D. bipectinata ====== D_americana ====== Scaptodrosophila_lebanonensis ====== Teleopsis_dalmanni ====== D. takahashii ------ Bactrocera_latifrons ====== Themira_minor ====== Ceratitis_capitata ====== Phortica_variegata ====== Inserts between block 78 and 79 in window D_busckii 3bp Alignment block 79 of 1783 in window, 1090572 - 1090577, 6 bps B D D. melanogaster acattt D D. simulans acattt B D D. sechellia acattt D. erecta acattt D. yakuba acattt D. ficusphila tctggc D. eugracilis ccattt D. biarmipes --t--- D. suzukii gca--- D. takahashii --a--- D. elegans tcatac D. rhopaloa ttg-gc D. ananassae caggcg D_americana --acat D_novamexicana --acat D_arizonae --acct D. mojavensis ----cc D_busckii -----t D_athabasca acgcat D_pseudoobscura_1 acgcat D. miranda acgcat B D D. persimilis acgcat D. pseudoobscura acgcat D_subobscura acgcat D_obscura acacat D. willistoni ====== D. virilis ====== D_navojoa ====== D. grimshawi ====== Lucilia_cuprina ====== Holcocephala_fusca ====== A_farauti_No4 ====== A_atroparvus ====== A_sinensis ====== A_epiroticus ====== A_coluzzii ====== A_culicifacies ====== Culex_quinquefasciatus ====== D_hydei ====== A_funestus ====== Megaselia_scalaris ====== Megaselia_abdita ====== Proctacanthus_coquilletti ====== D. albomicans ====== D_montana ====== A_dirus ====== A_merus ====== Zaprionus_indianus ====== D. bipectinata ====== D_serrata ------ Scaptodrosophila_lebanonensis ====== Teleopsis_dalmanni ====== Bactrocera_latifrons ====== Themira_minor ====== Ceratitis_capitata ====== D. kikkawai ------ Phortica_variegata ====== Inserts between block 79 and 80 in window D_americana 5bp D_novamexicana 5bp D_arizonae 7bp D. mojavensis 7bp D_busckii 7bp Alignment block 80 of 1783 in window, 1090578 - 1090580, 3 bps B D D. melanogaster att D D. simulans att B D D. sechellia att D. erecta att D. yakuba ctt D. ficusphila atg D. eugracilis g-- D. elegans ttt D. rhopaloa gtt D. ananassae aat D_athabasca act D_pseudoobscura_1 act D. miranda act B D D. persimilis act D. pseudoobscura act D_subobscura act D_obscura act D. biarmipes --- D. willistoni === D. virilis === D_novamexicana === D_navojoa === D_busckii === D. grimshawi === D. mojavensis === D_arizonae === Lucilia_cuprina === Holcocephala_fusca === A_farauti_No4 === A_atroparvus === A_sinensis === A_epiroticus === A_coluzzii === A_culicifacies === Culex_quinquefasciatus === D_hydei === A_funestus === Megaselia_scalaris === Megaselia_abdita === Proctacanthus_coquilletti === D. albomicans === D_montana === A_dirus === A_merus === Zaprionus_indianus === D. bipectinata === D_serrata --- D_americana === D. suzukii --- Scaptodrosophila_lebanonensis === Teleopsis_dalmanni === D. takahashii --- Bactrocera_latifrons === Themira_minor === Ceratitis_capitata === D. kikkawai --- Phortica_variegata === Inserts between block 80 and 81 in window D_athabasca 2bp D_pseudoobscura_1 2bp D. miranda 2bp B D D. persimilis 2bp D. pseudoobscura 2bp D_subobscura 2bp D_obscura 2bp Alignment block 81 of 1783 in window, 1090581 - 1090589, 9 bps B D D. melanogaster cccata------------------c-----------------cc D D. simulans cctata------------------c-----------------cc B D D. sechellia cctata------------------c-----------------cc D. erecta cccata------------------c-----------------tc D. yakuba ctcata------------------c-----------------cc D. ficusphila agtcta------------------ca----------------ct D. eugracilis ------------------------------------------ca D. biarmipes ------------------------------------------cc D. suzukii ------------------------------------------cc D. takahashii ------------------------------------------cc D. elegans agcgta------------------cgctgtgcacttctatacct D. rhopaloa agcata------------------cactatgctct-------ct D_serrata ------------------------------------------tc D. kikkawai ------------------------------------------tt D. ananassae gccaca------------------catg--------------tc D_americana cccata------------------c-----------------at D_novamexicana cccata------------------c-----------------at D. virilis cccata------------------c-----------------at D_montana ccaatg------------------c-----------------at D_arizonae cggaca------------------c------------------- D. mojavensis cggaca------------------c------------------- D_busckii cccatg------------------c-----------------tc D_athabasca cgcgcactcacacacgtgtactctc-----------------tc D_pseudoobscura_1 cgcgca------------------c-----------------ac D. miranda cgcgca------------------c-----------------ac B D D. persimilis cgcgca------------------c-----------------ac D. pseudoobscura cgcgca------------------c-----------------ac D_subobscura cgcgcactcatacacgtgtactctc-----------------tc D_obscura agcgcactcacacacgtgccctctc-----------------tc D. willistoni ============================================ D_navojoa ============================================ D. grimshawi ============================================ Lucilia_cuprina ============================================ Holcocephala_fusca ============================================ A_farauti_No4 ============================================ A_atroparvus ============================================ A_sinensis ============================================ A_epiroticus ============================================ A_coluzzii ============================================ A_culicifacies ============================================ Culex_quinquefasciatus ============================================ D_hydei ============================================ A_funestus ============================================ Megaselia_scalaris ============================================ Megaselia_abdita ============================================ Proctacanthus_coquilletti ============================================ D. albomicans ============================================ A_dirus ============================================ A_merus ============================================ Zaprionus_indianus ============================================ D. bipectinata ============================================ Scaptodrosophila_lebanonensis ============================================ Teleopsis_dalmanni ============================================ Bactrocera_latifrons ============================================ Themira_minor ============================================ Ceratitis_capitata ============================================ Phortica_variegata ============================================ Alignment block 82 of 1783 in window, 1090590 - 1090590, 1 bps B D D. melanogaster ----a D D. simulans ----a B D D. sechellia ----a D. erecta ----a D. yakuba ----a D. ficusphila ----g D. eugracilis ----a D. biarmipes ----a D. suzukii ----a D. takahashii ----a D. elegans ----a D. rhopaloa ----c D_serrata ----g D. kikkawai ----g D. ananassae ----t D_americana ----a D_novamexicana ----a D. virilis ----a D_montana ----a D_busckii ----t D_athabasca ----a D_pseudoobscura_1 ----a D. miranda ----a B D D. persimilis ----a D. pseudoobscura ----a D_subobscura ----a D_obscura ----a Scaptodrosophila_lebanonensis ataca D. willistoni ===== D_navojoa ===== D. grimshawi ===== D. mojavensis ----- D_arizonae ----- Lucilia_cuprina ===== Holcocephala_fusca ===== A_farauti_No4 ===== A_atroparvus ===== A_sinensis ===== A_epiroticus ===== A_coluzzii ===== A_culicifacies ===== Culex_quinquefasciatus ===== D_hydei ===== A_funestus ===== Megaselia_scalaris ===== Megaselia_abdita ===== Proctacanthus_coquilletti ===== D. albomicans ===== A_dirus ===== A_merus ===== Zaprionus_indianus ===== D. bipectinata ===== Teleopsis_dalmanni ===== Bactrocera_latifrons ===== Themira_minor ===== Ceratitis_capitata ===== Phortica_variegata ===== Alignment block 83 of 1783 in window, 1090591 - 1090605, 15 bps B D D. melanogaster tacac--gtag------------ctgac-t D D. simulans tacac--gtag------------ctgac-t B D D. sechellia tacac--gtag------------ctgac-t D. erecta tgtac--gtag------------ctgac-t D. yakuba tgtac--gtag----------------c-t D. ficusphila tgcac--tcac--ccggccttgtctggt-t D. eugracilis tgcat--ttgg------------ctgct-t D. biarmipes taacc--cgag------------ctgac-- D. suzukii taccc--ttag------------ctggc-t D. takahashii taccc--ttaa------------gtggc-t D. elegans tacag--ttgg------------ctggc-t D. rhopaloa taccc--tcgg------------ctgtc-t D_serrata tacctt-ttgg------------ctcgc-t D. kikkawai taccttatttt------------cttat-t D. ananassae tggaa--ttaa------------ctcac-c D_americana tgcac--ttgc------------ccgacc- D_novamexicana tgcac--ttgc------------ccgacc- D. virilis tgcac--ttgc------------ccgacc- D_montana tgcac--ttgc------------ccgacc- D_arizonae -----------------------caaaca- D. mojavensis -----------------------caaaca- D_busckii tgcac--ttgt------------tgtgca- D_athabasca tgcac--ttggctcctggcttcccttcc-- D_pseudoobscura_1 tgcac--ttgg------------cttct-- D. miranda tgcac--ttgg------------cttcc-- B D D. persimilis tgcac--ttgg------------cttct-- D. pseudoobscura tgcac--ttgg------------cttct-- D_subobscura tgctc--tcat------------gcacc-- D_obscura tgcac--ttgg---------------ct-- Scaptodrosophila_lebanonensis cacac--ttga------------ct----- D. willistoni tacac--ttga------------cttct-- D_navojoa ============================== D. grimshawi ============================== Lucilia_cuprina ============================== Holcocephala_fusca ============================== A_farauti_No4 ============================== A_atroparvus ============================== A_sinensis ============================== A_epiroticus ============================== A_coluzzii ============================== A_culicifacies ============================== Culex_quinquefasciatus ============================== D_hydei ============================== A_funestus ============================== Megaselia_scalaris ============================== Megaselia_abdita ============================== Proctacanthus_coquilletti ============================== D. albomicans ============================== A_dirus ============================== A_merus ============================== Zaprionus_indianus ============================== D. bipectinata ============================== Teleopsis_dalmanni ============================== Bactrocera_latifrons ============================== Themira_minor ============================== Ceratitis_capitata ============================== Phortica_variegata ============================== Inserts between block 83 and 84 in window D_americana 2bp D_novamexicana 2bp D. virilis 2bp D_montana 17bp D_arizonae 16bp D. mojavensis 16bp D_busckii 16bp Alignment block 84 of 1783 in window, 1090606 - 1090630, 25 bps B D D. melanogaster c---gatcatt-tag------ctata-t-------tgaccctt D D. simulans c---gatcata-tgg------ctata-t-------tgaccctt B D D. sechellia c---gatcata-tgg------ctata-t-------tgaccctt D. erecta c---gttcatt-tag------ctata-t-------tgaccctt D. yakuba c---gttcatt-ttg------ctata-t-------tgaccctt D. ficusphila t---gatcctc-caa------ctact-t-------gaacctgt D. eugracilis t---gatcctt-tga------ctacg-a-------tgaccctt D. biarmipes ----------t-cga------ctaca-g-------cgaccctt D. suzukii c-------ctt-cga------ctaca-g-------tgaccctt D. takahashii c--agatactt-caa------ctgca-g-------agaccctt D. elegans c---gatcctt-caa------ctaca-g-------tgaccctt D. rhopaloa c---gatcctc-caa------ctaca-a-------tgaccctt D_serrata c---gctcatt-cgatccttcctacg-gtgaaggatgactttt D. kikkawai t---gctcctt-tgatcctttctatg-gtaagggatgaccctt D. ananassae ccaaaatagttacgt------ctggt-t-------tgatcctt D_americana c---gacagtg--------------acc-------cgaccct- D_novamexicana c---gacagtg--------------acc-------cgaccct- D. virilis c---gacagtg--------------acc-------cgaccct- D_montana c---gacggtg--------------acc-------tgaccct- D_arizonae -------catg-cac------atgcact-------tggctct- D. mojavensis -------catg-cac------atgcact-------tggctct- D_busckii a---gtctatg-tat------tttcact-------tggcggg- D. grimshawi c---gaccggc-tga------ctgca-g-------tgaccct- D_athabasca c---tactgct-caa------ttgca-a-------tgaccctt D_pseudoobscura_1 c---tactgct-caa------ttgca-a-------tgaccctt D. miranda c---tactgct-caa------ttgca-a-------tgaccctt B D D. persimilis c---tactgct-caa------ttgca-a-------tgaccctt D. pseudoobscura c---tactgct-caa------ttgca-a-------tgaccctt D_subobscura c---taccgct-caa------ttgaa-a-------tgaccctt D_obscura c---aactgct-caa------ctgca-a-------tgaccctt Scaptodrosophila_lebanonensis --------tct-tga------ctgcaaa-------tgacccta D. willistoni c---gactctc-aaa------ctgtg-t-------tgaccct- D_navojoa =========================================== Lucilia_cuprina =========================================== Holcocephala_fusca =========================================== A_farauti_No4 =========================================== A_atroparvus =========================================== A_sinensis =========================================== A_epiroticus =========================================== A_coluzzii =========================================== A_culicifacies =========================================== Culex_quinquefasciatus =========================================== D_hydei =========================================== A_funestus =========================================== Megaselia_scalaris =========================================== Megaselia_abdita =========================================== Proctacanthus_coquilletti =========================================== D. albomicans =========================================== A_dirus =========================================== A_merus =========================================== Zaprionus_indianus =========================================== D. bipectinata =========================================== Teleopsis_dalmanni =========================================== Bactrocera_latifrons =========================================== Themira_minor =========================================== Ceratitis_capitata =========================================== Phortica_variegata =========================================== Inserts between block 84 and 85 in window Scaptodrosophila_lebanonensis 5bp Alignment block 85 of 1783 in window, 1090631 - 1090684, 54 bps B D D. melanogaster agggg--------agt-gtca------gtcccaaaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaataa D D. simulans aa-ga--------agt-gtca------gtcccaaaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaaaaa B D D. sechellia aagga--------agt-gtca------gtcccaaaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaaaaa D. erecta agggg--------agt-gatg------gtcccaaaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaatga D. yakuba agggg--------agt-gatg------gttccaaaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaatga D. ficusphila agggg--------aga-gata------gtcccgaaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaatga D. eugracilis agggt--------agt-gaag------gtcccaaaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaatga D. biarmipes agggg--------agt-aata------gttccaaaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaatga D. suzukii agggg--------agg-gata------gtcccaaaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaatga D. takahashii agggg--------agt-gata------gtcccaaaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaatga D. elegans agggg--------agt-aata------gtcccaaaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaatga D. rhopaloa agggg--------agt-gatg------gtcttaaaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaatga D_serrata agggg--------tga-agcgtgtgataccccaaaaaggt-----caatt----aagaacaggtgaatga D. kikkawai agtgg--------tga-agcgtgtgataccccaaaaaggt-----caatt----aagaacaggtgaatga D. ananassae ct------------gt-ggca------accccaaaagaatgataaaaatt----aagaacaggtgaatga D_americana aggag--------agg-gcga------gccttaaaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaataa D_novamexicana aggag--------agg-gcga------gccttaaaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaataa D. virilis aggag--------agg-gcga------gccttaaaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaataa D_montana aggag--------agg-gcga------gccttaaaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaataa D_arizonae agaag--------agg-acga------gtcctaaaaaggt-----caattaacaaacaacaggtgagct- D. mojavensis agaag--------agg-acga------gtcctaaaaaggt-----caattaacaaacaacaggtgagca- D_busckii taaca--------gta-acaa------cccctaaaaaggt-----caatt----aacaacaggtga---- D. grimshawi aaaggggaggggaggg-gcga------gtcctaaaaaggt-----caatt----aagaacaggtgaacta D_athabasca aaggg--------agt-gata------gtctcaaaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaatga D_pseudoobscura_1 aaggg--------agt-tata------gtctcaaaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaatga D. miranda aaggg--------agt-tata------gtctcaaaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaatga B D D. persimilis aaggg--------agt-tata------gtctcaaaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaatga D. pseudoobscura aaggg--------agt-tata------gtctcaaaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaatga D_subobscura aaggg--------agt-gata------gtttcaaaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaatga D_obscura aaggg--------agt-gaga------gtctcaaaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaatga Zaprionus_indianus -agag--------agcgggca------cctttacaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaatga Scaptodrosophila_lebanonensis agggg--------agtcggca------gtccgaaaaaggt-----caatt----aacaacaggtgaatga D. willistoni agcgg--------agg-gtga------gtttcgatgaggt-----caatt----aacaacaggtgaatga D_navojoa ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D. albomicans ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== D. bipectinata ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster gt-----gctagc D. simulans gt-----gctagc D. sechellia gt-----gctagg D. erecta gt-----gctagc D. yakuba gt-----gctagc D. ficusphila gt-----gctagc D. eugracilis gt-----gctagc D. biarmipes gt-----gctagc D. suzukii gt-----gctagc D. takahashii gt-----gctagc D. elegans gt-----gctagc D. rhopaloa gt-----gctagc D_serrata ------------- D. kikkawai ------------- D. ananassae gc-----gctggc D_americana gt-----gcgcgc D_novamexicana gt-----gcgcgc D. virilis gt-----gcgcgc D_montana gt-----gcgcgc D_arizonae -------gtgcat D. mojavensis -------gtgaat D_busckii ------------- D. grimshawi gc-----gcgcgc D_athabasca gt-----gctagc D_pseudoobscura_1 gt-----gctagc D. miranda gt-----gctagc D. persimilis gt-----gctagc D. pseudoobscura gt-----gctagc D_subobscura gt-----tctagc D_obscura gt-----gcta-c Zaprionus_indianus g------------ Scaptodrosophila_lebanonensis gg---aagcgagg D. willistoni gctgagcgccagg D_navojoa ============= Lucilia_cuprina ============= Holcocephala_fusca ============= A_farauti_No4 ============= A_atroparvus ============= A_sinensis ============= A_epiroticus ============= A_coluzzii ============= A_culicifacies ============= Culex_quinquefasciatus ============= D_hydei ============= A_funestus ============= Megaselia_scalaris ============= Megaselia_abdita ============= Proctacanthus_coquilletti ============= D. albomicans ============= A_dirus ============= A_merus ============= D. bipectinata ============= Teleopsis_dalmanni ============= Bactrocera_latifrons ============= Themira_minor ============= Ceratitis_capitata ============= Phortica_variegata ============= Inserts between block 85 and 86 in window D_arizonae 3bp D. mojavensis 3bp D. grimshawi 1313bp Alignment block 86 of 1783 in window, 1090685 - 1090691, 7 bps B D D. melanogaster aaccacg D D. simulans acgcacg B D D. sechellia gcgcacg D. erecta aaacacg D. yakuba aaacacg D. ficusphila aaccacg D. eugracilis aaacacg D. biarmipes aaacacg D. suzukii aaacacg D. takahashii aaacacg D. elegans aaacacg D. rhopaloa aaacacg D_serrata ------g D. kikkawai ------g D. ananassae gagcacg D_americana --gcgcg D_novamexicana --gcgcg D. virilis --gcgcg D_montana --gcgcg D_arizonae --acccg D. mojavensis --accag D_busckii ------t D_athabasca acaaacg D_pseudoobscura_1 aaacacg D. miranda aaacacg B D D. persimilis aaacacg D. pseudoobscura aaacacg D_subobscura aaacacg D_obscura aaacacg Zaprionus_indianus -aacgag Scaptodrosophila_lebanonensis aagagcg D. willistoni aaaggag D_navojoa ======= D. grimshawi ======= Lucilia_cuprina ======= Holcocephala_fusca ======= A_farauti_No4 ======= A_atroparvus ======= A_sinensis ======= A_epiroticus ======= A_coluzzii ======= A_culicifacies ======= Culex_quinquefasciatus ======= D_hydei ======= A_funestus ======= Megaselia_scalaris ======= Megaselia_abdita ======= Proctacanthus_coquilletti ======= D. albomicans ======= A_dirus ======= A_merus ======= D. bipectinata ======= Teleopsis_dalmanni ======= Bactrocera_latifrons ======= Themira_minor ======= Ceratitis_capitata ======= Phortica_variegata ======= Inserts between block 86 and 87 in window D_americana 2803bp D_novamexicana 2615bp D. virilis 5bp D_arizonae 2bp D. mojavensis 2bp D_busckii 2bp Alignment block 87 of 1783 in window, 1090692 - 1090695, 4 bps B D D. melanogaster tttg D D. simulans tttg B D D. sechellia tttg D. erecta tttg D. yakuba tttg D. ficusphila tttg D. eugracilis ttta D. biarmipes tttg D. suzukii tttg D. takahashii tttg D. elegans tttg D. rhopaloa tttg D_serrata tttg D. kikkawai tttg D. ananassae tttg D_arizonae acag D. mojavensis accg D_busckii actg D_athabasca --cg D_pseudoobscura_1 --cg D. miranda --cg B D D. persimilis --cg D. pseudoobscura --cg D_subobscura --cg D_obscura --cg Zaprionus_indianus --cg Scaptodrosophila_lebanonensis --cg D. willistoni cccg D. virilis ==== D_novamexicana ==== D_navojoa ==== D. grimshawi ==== Lucilia_cuprina ==== Holcocephala_fusca ==== A_farauti_No4 ==== A_atroparvus ==== A_sinensis ==== A_epiroticus ==== A_coluzzii ==== A_culicifacies ==== Culex_quinquefasciatus ==== D_hydei ==== A_funestus ==== Megaselia_scalaris ==== Megaselia_abdita ==== Proctacanthus_coquilletti ==== D. albomicans ==== A_dirus ==== A_merus ==== D. bipectinata ==== D_americana ==== Teleopsis_dalmanni ==== Bactrocera_latifrons ==== Themira_minor ==== Ceratitis_capitata ==== Phortica_variegata ==== Inserts between block 87 and 88 in window D. ananassae 943bp Scaptodrosophila_lebanonensis 2bp Alignment block 88 of 1783 in window, 1090696 - 1090699, 4 bps B D D. melanogaster cgcg D D. simulans cgcg B D D. sechellia cgcg D. erecta cgcg D. yakuba cgcg D. ficusphila cgcg D. eugracilis ggcg D. biarmipes cgcg D. suzukii cgcg D. takahashii cgcg D. elegans cgcg D. rhopaloa cgcg D_serrata cgcg D. kikkawai cgcg D. virilis tatg D_arizonae cgcg D. mojavensis cgcg D_busckii cgcg D_athabasca cgcg D_pseudoobscura_1 cgcg D. miranda cgcg B D D. persimilis cgcg D. pseudoobscura cgcg D_subobscura cgcg D_obscura cgcg Zaprionus_indianus cgcg Scaptodrosophila_lebanonensis cgcg D. willistoni cgcg D_novamexicana ==== D_navojoa ==== D. ananassae ==== D. grimshawi ==== Lucilia_cuprina ==== Holcocephala_fusca ==== A_farauti_No4 ==== A_atroparvus ==== A_sinensis ==== A_epiroticus ==== A_coluzzii ==== A_culicifacies ==== Culex_quinquefasciatus ==== D_hydei ==== A_funestus ==== Megaselia_scalaris ==== Megaselia_abdita ==== Proctacanthus_coquilletti ==== D. albomicans ==== A_dirus ==== A_merus ==== D. bipectinata ==== D_americana ==== Teleopsis_dalmanni ==== Bactrocera_latifrons ==== Themira_minor ==== Ceratitis_capitata ==== Phortica_variegata ==== Inserts between block 88 and 89 in window D_athabasca 1087bp D_pseudoobscura_1 2bp D. miranda 1026bp B D D. persimilis 2bp D. pseudoobscura 2bp D_subobscura 2bp D_obscura 1023bp Zaprionus_indianus 2bp Scaptodrosophila_lebanonensis 2908bp Alignment block 89 of 1783 in window, 1090700 - 1090701, 2 bps B D D. melanogaster gg D D. simulans cg B D D. sechellia gg D. erecta gg D. yakuba gg D. ficusphila gc D. eugracilis gg D. biarmipes gg D. suzukii gg D. takahashii gg D. elegans gg D. rhopaloa gg D_serrata gg D. kikkawai gg D. virilis cg D_arizonae cg D. mojavensis cg D_busckii cg D_pseudoobscura_1 -g B D D. persimilis -g D. pseudoobscura -g D_subobscura cg Zaprionus_indianus cg D. willistoni cg D_novamexicana == D_athabasca == D_navojoa == D. ananassae == D. miranda == D. grimshawi == Lucilia_cuprina == Holcocephala_fusca == A_farauti_No4 == A_atroparvus == A_sinensis == A_epiroticus == A_coluzzii == A_culicifacies == Culex_quinquefasciatus == D_hydei == A_funestus == Megaselia_scalaris == Megaselia_abdita == Proctacanthus_coquilletti == D. albomicans == D_obscura == A_dirus == A_merus == D. bipectinata == D_americana == Scaptodrosophila_lebanonensis == Teleopsis_dalmanni == Bactrocera_latifrons == Themira_minor == Ceratitis_capitata == Phortica_variegata == Inserts between block 89 and 90 in window D. willistoni 4094bp Alignment block 90 of 1783 in window, 1090702 - 1090703, 2 bps B D D. melanogaster tt D D. simulans tt B D D. sechellia tt D. erecta tt D. yakuba tt D. ficusphila ct D. eugracilis tt D. biarmipes tt D. suzukii tt D. takahashii tt D. elegans at D. rhopaloa tt D_serrata gt D. kikkawai at D. virilis ct D_arizonae ct D. mojavensis ct D_busckii ct D_pseudoobscura_1 tt B D D. persimilis tt D. pseudoobscura tt D_subobscura tt Zaprionus_indianus tt D. willistoni == D_novamexicana == D_athabasca == D_navojoa == D. ananassae == D. miranda == D. grimshawi == Lucilia_cuprina == Holcocephala_fusca == A_farauti_No4 == A_atroparvus == A_sinensis == A_epiroticus == A_coluzzii == A_culicifacies == Culex_quinquefasciatus == D_hydei == A_funestus == Megaselia_scalaris == Megaselia_abdita == Proctacanthus_coquilletti == D. albomicans == D_obscura == A_dirus == A_merus == D. bipectinata == D_americana == Scaptodrosophila_lebanonensis == Teleopsis_dalmanni == Bactrocera_latifrons == Themira_minor == Ceratitis_capitata == Phortica_variegata == Inserts between block 90 and 91 in window D. virilis 2293bp D_arizonae 3274bp Alignment block 91 of 1783 in window, 1090704 - 1090721, 18 bps B D D. melanogaster ---aaggc----ttcattcg-----------gcggg D D. simulans ---aagac----ttcattcg-----------gcggg B D D. sechellia ---aagac----ttcattcg-----------gcggg D. erecta ---cagcc----ttcatttg-----------gcggg D. yakuba ---cagcc----tttatttg-----------gcggg D. ficusphila ---gaacc----ttctggcgggtctgtagaagcggg D. eugracilis ---cagtc----atcatctg-----------gcggg D. biarmipes ---cggcc----ttcatctg-----------gcgtg D. suzukii ---cagcc----ttcatctg-----------gcgtg D. takahashii ---caacc----ttcatctg-----------gcggg D. elegans ---cagcc----tttagttg-----------gcggg D. rhopaloa ---cagcc----ttcacttg-----------gcggg D_serrata ---t------------tatg-----------gagg- D. kikkawai ---t------------catg-----------gagg- D. mojavensis ---tatac-------cgaag-----------g---- D_busckii taatatac---------------------------- D_pseudoobscura_1 ---tgtcc----ttccagtg-----------gt--- B D D. persimilis ---tgtcc----ttccagtg-----------gt--- D. pseudoobscura ---tgtcc----ttccagtg-----------gt--- D_subobscura ---ttccc----ttccagtg-----------gt--- Zaprionus_indianus ---attgcgtggttcgtgcg-----------g---- D. willistoni ==================================== D. virilis ==================================== D_novamexicana ==================================== D_athabasca ==================================== D_navojoa ==================================== D. ananassae ==================================== D. miranda ==================================== D. grimshawi ==================================== D_arizonae ==================================== Lucilia_cuprina ==================================== Holcocephala_fusca ==================================== A_farauti_No4 ==================================== A_atroparvus ==================================== A_sinensis ==================================== A_epiroticus ==================================== A_coluzzii ==================================== A_culicifacies ==================================== Culex_quinquefasciatus ==================================== D_hydei ==================================== A_funestus ==================================== Megaselia_scalaris ==================================== Megaselia_abdita ==================================== Proctacanthus_coquilletti ==================================== D. albomicans ==================================== D_obscura ==================================== A_dirus ==================================== A_merus ==================================== D. bipectinata ==================================== D_americana ==================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ==================================== Teleopsis_dalmanni ==================================== Bactrocera_latifrons ==================================== Themira_minor ==================================== Ceratitis_capitata ==================================== Phortica_variegata ==================================== Inserts between block 91 and 92 in window D_subobscura 1025bp Zaprionus_indianus 2bp Alignment block 92 of 1783 in window, 1090722 - 1090724, 3 bps B D D. melanogaster aag D D. simulans aag B D D. sechellia aag D. erecta tag D. yakuba tat D. ficusphila aag D. eugracilis tag D. biarmipes tag D. suzukii tag D. takahashii tag D. elegans cag D. rhopaloa tag D. mojavensis ca- D_pseudoobscura_1 -ag B D D. persimilis -ag D. pseudoobscura -ag Zaprionus_indianus -a- D. willistoni === D. virilis === D_novamexicana === D_athabasca === D_navojoa === D_busckii --- D. ananassae === D. miranda === D. grimshawi === D_arizonae === Lucilia_cuprina === Holcocephala_fusca === A_farauti_No4 === A_atroparvus === A_sinensis === A_epiroticus === A_coluzzii === A_culicifacies === Culex_quinquefasciatus === D_subobscura === D_hydei === A_funestus === Megaselia_scalaris === Megaselia_abdita === Proctacanthus_coquilletti === D. albomicans === D_obscura === A_dirus === A_merus === D. bipectinata === D_serrata --- D_americana === Scaptodrosophila_lebanonensis === Teleopsis_dalmanni === Bactrocera_latifrons === Themira_minor === Ceratitis_capitata === D. kikkawai --- Phortica_variegata === Inserts between block 92 and 93 in window D_pseudoobscura_1 1010bp B D D. persimilis 1006bp D. pseudoobscura 1010bp Alignment block 93 of 1783 in window, 1090725 - 1090732, 8 bps B D D. melanogaster aaagtgca D D. simulans aaagtgca B D D. sechellia aaagtgca D. erecta aatgtgca D. yakuba aatgtgca D. ficusphila gcagaaca D. eugracilis ccagtgca D. biarmipes cctgtgca D. suzukii ccagtgca D. takahashii acagtgca D. elegans cccgagca D. rhopaloa ccagaaca D_serrata --agcgca D. kikkawai --agcgca D. mojavensis cttgcaca Zaprionus_indianus aaaggaca D. willistoni ======== D. virilis ======== D_novamexicana ======== D_athabasca ======== D_navojoa ======== D_busckii -------- D. ananassae ======== D. miranda ======== D. grimshawi ======== D. pseudoobscura ======== D_arizonae ======== Lucilia_cuprina ======== Holcocephala_fusca ======== A_farauti_No4 ======== A_atroparvus ======== A_sinensis ======== A_epiroticus ======== A_coluzzii ======== A_culicifacies ======== Culex_quinquefasciatus ======== D_subobscura ======== D_hydei ======== A_funestus ======== Megaselia_scalaris ======== Megaselia_abdita ======== B D D. persimilis ======== Proctacanthus_coquilletti ======== D. albomicans ======== D_pseudoobscura_1 ======== D_obscura ======== A_dirus ======== A_merus ======== D. bipectinata ======== D_americana ======== Scaptodrosophila_lebanonensis ======== Teleopsis_dalmanni ======== Bactrocera_latifrons ======== Themira_minor ======== Ceratitis_capitata ======== Phortica_variegata ======== Inserts between block 93 and 94 in window Zaprionus_indianus 1422bp Alignment block 94 of 1783 in window, 1090733 - 1090738, 6 bps B D D. melanogaster ccttgc D D. simulans ccttgc B D D. sechellia ccttgc D. erecta ccttgc D. yakuba ccttgc D. ficusphila cattgc D. eugracilis cattgc D. biarmipes ccttgc D. suzukii ccttgc D. takahashii ccttgc D. elegans ccttgc D. rhopaloa ccttgc D_serrata ccttgc D. kikkawai ccttgc D. mojavensis gctcgt D. willistoni ====== D. virilis ====== D_novamexicana ====== D_athabasca ====== D_navojoa ====== D_busckii ------ D. ananassae ====== D. miranda ====== D. grimshawi ====== D. pseudoobscura ====== D_arizonae ====== Lucilia_cuprina ====== Holcocephala_fusca ====== A_farauti_No4 ====== A_atroparvus ====== A_sinensis ====== A_epiroticus ====== A_coluzzii ====== A_culicifacies ====== Culex_quinquefasciatus ====== D_subobscura ====== D_hydei ====== A_funestus ====== Megaselia_scalaris ====== Megaselia_abdita ====== B D D. persimilis ====== Proctacanthus_coquilletti ====== D. albomicans ====== D_pseudoobscura_1 ====== D_obscura ====== A_dirus ====== A_merus ====== Zaprionus_indianus ====== D. bipectinata ====== D_americana ====== Scaptodrosophila_lebanonensis ====== Teleopsis_dalmanni ====== Bactrocera_latifrons ====== Themira_minor ====== Ceratitis_capitata ====== Phortica_variegata ====== Inserts between block 94 and 95 in window D. eugracilis 12bp D. biarmipes 1538bp D. suzukii 4338bp D. takahashii 10bp D. elegans 896bp D. rhopaloa 11bp D_serrata 7bp D. kikkawai 7bp Alignment block 95 of 1783 in window, 1090739 - 1090754, 16 bps B D D. melanogaster cctggataaca--------------------------agagc-------------- D D. simulans cctggatagca--------------------------tgagc-------------- B D D. sechellia cctggatagca--------------------------tgagc-------------- D. erecta tcgagaaaacaaagacaacagagacgtacag-ttacttgagc-------------- D. yakuba tcaaaaaaacaaaggcagcacagacgtacagtttacataagc-------------- D. ficusphila tggacaaa-----------------------------ggagc-------------- D. eugracilis tctccattaaa--------------------------tgagc-------------- D. takahashii actggctacta--------------------------cga---------------- D. rhopaloa actggcgccga--------------------------cga---------------- D_serrata ccgggaag------------------------------------------------ D. kikkawai ctgagaag------------------------------------------------ D. mojavensis ----------------------------------------gctcgtaccaaagaac D. biarmipes ======================================================== D. willistoni ======================================================== D. virilis ======================================================== D_novamexicana ======================================================== D_athabasca ======================================================== D_navojoa ======================================================== D_busckii -------------------------------------------------------- D. ananassae ======================================================== D. miranda ======================================================== D. grimshawi ======================================================== D. pseudoobscura ======================================================== D_arizonae ======================================================== Lucilia_cuprina ======================================================== Holcocephala_fusca ======================================================== A_farauti_No4 ======================================================== A_atroparvus ======================================================== A_sinensis ======================================================== A_epiroticus ======================================================== A_coluzzii ======================================================== A_culicifacies ======================================================== Culex_quinquefasciatus ======================================================== D_subobscura ======================================================== D_hydei ======================================================== A_funestus ======================================================== Megaselia_scalaris ======================================================== Megaselia_abdita ======================================================== B D D. persimilis ======================================================== Proctacanthus_coquilletti ======================================================== D. albomicans ======================================================== D_pseudoobscura_1 ======================================================== D_obscura ======================================================== A_dirus ======================================================== A_merus ======================================================== Zaprionus_indianus ======================================================== D. elegans ======================================================== D. bipectinata ======================================================== D_americana ======================================================== D. suzukii ======================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ======================================================== Teleopsis_dalmanni ======================================================== Bactrocera_latifrons ======================================================== Themira_minor ======================================================== Ceratitis_capitata ======================================================== Phortica_variegata ======================================================== Inserts between block 95 and 96 in window D. ficusphila 1364bp Alignment block 96 of 1783 in window, 1090755 - 1090767, 13 bps B D D. melanogaster ggatagtgaaata D D. simulans ggatagtgaaata B D D. sechellia gtatagtgaaata D. erecta gggaagtgcaata D. yakuba gggaaatgcaata D. eugracilis gggaaatgttatt D. takahashii ----cgagccaca D. rhopaloa ----cgtgccaca D_serrata agctggtgccgtg D. kikkawai agctggtgccgtg D. mojavensis gaagcgggaaata D_busckii --------atata D. biarmipes ============= D. willistoni ============= D. virilis ============= D_novamexicana ============= D_athabasca ============= D_navojoa ============= D. ananassae ============= D. miranda ============= D. grimshawi ============= D. pseudoobscura ============= D_arizonae ============= Lucilia_cuprina ============= Holcocephala_fusca ============= A_farauti_No4 ============= A_atroparvus ============= A_sinensis ============= A_epiroticus ============= A_coluzzii ============= A_culicifacies ============= Culex_quinquefasciatus ============= D_subobscura ============= D_hydei ============= A_funestus ============= Megaselia_scalaris ============= Megaselia_abdita ============= B D D. persimilis ============= Proctacanthus_coquilletti ============= D. albomicans ============= D_pseudoobscura_1 ============= D_obscura ============= A_dirus ============= A_merus ============= Zaprionus_indianus ============= D. elegans ============= D. ficusphila ============= D. bipectinata ============= D_americana ============= D. suzukii ============= Scaptodrosophila_lebanonensis ============= Teleopsis_dalmanni ============= Bactrocera_latifrons ============= Themira_minor ============= Ceratitis_capitata ============= Phortica_variegata ============= Inserts between block 96 and 97 in window D. mojavensis 2143bp Alignment block 97 of 1783 in window, 1090768 - 1090774, 7 bps B D D. melanogaster gtg---aaat D D. simulans gtg---aaat B D D. sechellia gtg---aaat D. erecta gt-------c D. yakuba gt-------c D. eugracilis ac-------c D. takahashii att---aaat D. rhopaloa att---aaat D_serrata acc---acac D. kikkawai acct--aaac D_busckii ---gttatac D. biarmipes ========== D. willistoni ========== D. virilis ========== D_novamexicana ========== D_athabasca ========== D_navojoa ========== D. ananassae ========== D. miranda ========== D. grimshawi ========== D. pseudoobscura ========== D. mojavensis ========== D_arizonae ========== Lucilia_cuprina ========== Holcocephala_fusca ========== A_farauti_No4 ========== A_atroparvus ========== A_sinensis ========== A_epiroticus ========== A_coluzzii ========== A_culicifacies ========== Culex_quinquefasciatus ========== D_subobscura ========== D_hydei ========== A_funestus ========== Megaselia_scalaris ========== Megaselia_abdita ========== B D D. persimilis ========== Proctacanthus_coquilletti ========== D. albomicans ========== D_pseudoobscura_1 ========== D_obscura ========== A_dirus ========== A_merus ========== Zaprionus_indianus ========== D. elegans ========== D. ficusphila ========== D. bipectinata ========== D_americana ========== D. suzukii ========== Scaptodrosophila_lebanonensis ========== Teleopsis_dalmanni ========== Bactrocera_latifrons ========== Themira_minor ========== Ceratitis_capitata ========== Phortica_variegata ========== Inserts between block 97 and 98 in window D. takahashii 20bp D. rhopaloa 1801bp Alignment block 98 of 1783 in window, 1090775 - 1090780, 6 bps B D D. melanogaster atatg-t D D. simulans atatg-t B D D. sechellia atatg-t D. erecta ttttg-t D. yakuba ttctg-t D. eugracilis ttctgtt D. takahashii ttctgtc D_serrata aaatg-t D. kikkawai gaatg-c D_busckii atatg-t D. biarmipes ======= D. willistoni ======= D. virilis ======= D_novamexicana ======= D_athabasca ======= D_navojoa ======= D. ananassae ======= D. miranda ======= D. grimshawi ======= D. pseudoobscura ======= D. mojavensis ======= D_arizonae ======= Lucilia_cuprina ======= Holcocephala_fusca ======= A_farauti_No4 ======= A_atroparvus ======= A_sinensis ======= A_epiroticus ======= A_coluzzii ======= A_culicifacies ======= Culex_quinquefasciatus ======= D_subobscura ======= D_hydei ======= A_funestus ======= Megaselia_scalaris ======= Megaselia_abdita ======= B D D. persimilis ======= Proctacanthus_coquilletti ======= D. albomicans ======= D_pseudoobscura_1 ======= D_obscura ======= A_dirus ======= A_merus ======= Zaprionus_indianus ======= D. elegans ======= D. ficusphila ======= D. bipectinata ======= D_americana ======= D. suzukii ======= Scaptodrosophila_lebanonensis ======= Teleopsis_dalmanni ======= Bactrocera_latifrons ======= Themira_minor ======= Ceratitis_capitata ======= D. rhopaloa ======= Phortica_variegata ======= Inserts between block 98 and 99 in window D_serrata 519bp D. kikkawai 4bp Alignment block 99 of 1783 in window, 1090781 - 1090782, 2 bps B D D. melanogaster gt D D. simulans gt B D D. sechellia gt D. erecta gt D. yakuba gt D. eugracilis gc D. takahashii gc D. kikkawai at D_busckii gt D. biarmipes == D. willistoni == D. virilis == D_novamexicana == D_athabasca == D_navojoa == D. ananassae == D. miranda == D. grimshawi == D. pseudoobscura == D. mojavensis == D_arizonae == Lucilia_cuprina == Holcocephala_fusca == A_farauti_No4 == A_atroparvus == A_sinensis == A_epiroticus == A_coluzzii == A_culicifacies == Culex_quinquefasciatus == D_subobscura == D_hydei == A_funestus == Megaselia_scalaris == Megaselia_abdita == B D D. persimilis == Proctacanthus_coquilletti == D. albomicans == D_pseudoobscura_1 == D_obscura == A_dirus == A_merus == Zaprionus_indianus == D. elegans == D. ficusphila == D. bipectinata == D_serrata == D_americana == D. suzukii == Scaptodrosophila_lebanonensis == Teleopsis_dalmanni == Bactrocera_latifrons == Themira_minor == Ceratitis_capitata == D. rhopaloa == Phortica_variegata == Inserts between block 99 and 100 in window D. kikkawai 283bp Alignment block 100 of 1783 in window, 1090783 - 1090949, 167 bps B D D. melanogaster gccattgaaaggtacgaat---------------------------------------cacaagaaagat D D. simulans gccattgaaa-gtacgaat---------------------------------------cacaagaatgaa B D D. sechellia gccattgaaa-gtacgaat---------------------------------------cacaagaatgaa D. erecta gccataaaag-gcacaa-----------------------------------------ctggaaaatgag D. yakuba gccaataaag-gcacaaat-----------------------------------------aaaaagtgag D. eugracilis acattttaag-gtccaatttcattacgtcactaagttgtttgaagcaacagaaattaaaacaagaagaaa D. takahashii gcatttcaaa-gccg-------------------------------------------taaagaaataaa D_busckii ------gagt-gtagga-t---------------------------------------aaaatgacaaaa D. biarmipes ====================================================================== D. willistoni ====================================================================== D. virilis ====================================================================== D_novamexicana ====================================================================== D_athabasca ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D. ananassae ====================================================================== D. miranda ====================================================================== D. grimshawi ====================================================================== D. pseudoobscura ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== D_arizonae ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_subobscura ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== B D D. persimilis ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D. albomicans ====================================================================== D_pseudoobscura_1 ====================================================================== D_obscura ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== D. elegans ====================================================================== D. ficusphila ====================================================================== D. bipectinata ====================================================================== D_serrata ====================================================================== D_americana ====================================================================== D. suzukii ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== D. kikkawai ====================================================================== D. rhopaloa ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster tgctata-gtcaagttggc------------cgactattagat-----------acccgttacgca---- D. simulans tgctata-atcaagttagc------------cgacaataagat-----------acccgttacgca---- D. sechellia tgctata-atcaagttagc------------cgacaataagat-----------atccgttacgca---- D. erecta ttttacgcgtcaaattaat------------ttaaaatgttattaatatgtttaatcctttataaa---- D. yakuba ttttacg-gttaaataaac------------ttaaaatttcat---------------------ta---- D. eugracilis cgctata-gtcgagtgcag------------agactattacac-----------aattgtaaaatattaa D. takahashii tgtttga-ttgcattttga------------taaccaaaggac--------------------------- D_busckii tgttgct-ctaaaattagcgcgaaagagccacgggcattttaa-----------cgctaacacaaa---- D. biarmipes ====================================================================== D. willistoni ====================================================================== D. virilis ====================================================================== D_novamexicana ====================================================================== D_athabasca ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D. ananassae ====================================================================== D. miranda ====================================================================== D. grimshawi ====================================================================== D. pseudoobscura ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== D_arizonae ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_subobscura ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== D. persimilis ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D. albomicans ====================================================================== D_pseudoobscura_1 ====================================================================== D_obscura ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== D. elegans ====================================================================== D. ficusphila ====================================================================== D. bipectinata ====================================================================== D_serrata ====================================================================== D_americana ====================================================================== D. suzukii ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== D. kikkawai ====================================================================== D. rhopaloa ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster ----gctagtggaaat--gccaaagagaaaatttcata------aattt----tggctaa-gcgataaat D. simulans ----gctagtgaaaat--gacaacc-ggaaattttatt------aattttatgtggctta-gcgataaat D. sechellia ----gctaatgaaaat--gacaacg-ggaaatttcatt------aattttatgtggctta-gcgataaat D. erecta ----a--aatgaaactaagataaccaaacaagctcgt--------ataccattttgct----ctacgagt D. yakuba ----atttgttaaatt-------------aatttttt---------ttttatt----------------- D. eugracilis ttttgctagttgaaat-ggacaaag----cgttttgttttgaaaaatct----ttgctaa-attttaaag D. takahashii ----acaaatattatt--ggagacc------tctcttg------aacct---------aa-actgtgtat D_busckii ----actatggaacct--tattaaaaaacattttcctg------cattacaattcgtttgtagtgttaat D. biarmipes ====================================================================== D. willistoni ====================================================================== D. virilis ====================================================================== D_novamexicana ====================================================================== D_athabasca ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D. ananassae ====================================================================== D. miranda ====================================================================== D. grimshawi ====================================================================== D. pseudoobscura ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== D_arizonae ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_subobscura ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== D. persimilis ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D. albomicans ====================================================================== D_pseudoobscura_1 ====================================================================== D_obscura ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== D. elegans ====================================================================== D. ficusphila ====================================================================== D. bipectinata ====================================================================== D_serrata ====================================================================== D_americana ====================================================================== D. suzukii ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== D. kikkawai ====================================================================== D. rhopaloa ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster at-tgtggaataaaatt--actaaaaatt-aaaaaaat-------gcttata D. simulans at-tggggaataaaatg--actaaatattaaaaaaaat-------gtttata D. sechellia at-tggggaataaaatg--actaaaaatt-aaaaaaat-------gtttaca D. erecta aa-cgggta------------taaaaatg-caaaactc-------gttt--- D. yakuba ------aaaataagata--acgaatgttt-aagattat-------gtta--- D. eugracilis atatggacaaaaatatgttatacaaggtc-aaacgaag-------acataca D. takahashii at-tcttgatttgtatc-----aatgatg-atatgtct-------atttt-- D_busckii ac-attaaattggtagcttatggtatatt-aaaagactctatctggcttata D. biarmipes ==================================================== D. willistoni ==================================================== D. virilis ==================================================== D_novamexicana ==================================================== D_athabasca ==================================================== D_navojoa ==================================================== D. ananassae ==================================================== D. miranda ==================================================== D. grimshawi ==================================================== D. pseudoobscura ==================================================== D. mojavensis ==================================================== D_arizonae ==================================================== Lucilia_cuprina ==================================================== Holcocephala_fusca ==================================================== A_farauti_No4 ==================================================== A_atroparvus ==================================================== A_sinensis ==================================================== A_epiroticus ==================================================== A_coluzzii ==================================================== A_culicifacies ==================================================== Culex_quinquefasciatus ==================================================== D_subobscura ==================================================== D_hydei ==================================================== A_funestus ==================================================== Megaselia_scalaris ==================================================== Megaselia_abdita ==================================================== D. persimilis ==================================================== Proctacanthus_coquilletti ==================================================== D. albomicans ==================================================== D_pseudoobscura_1 ==================================================== D_obscura ==================================================== A_dirus ==================================================== A_merus ==================================================== Zaprionus_indianus ==================================================== D. elegans ==================================================== D. ficusphila ==================================================== D. bipectinata ==================================================== D_serrata ==================================================== D_americana ==================================================== D. suzukii ==================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ==================================================== Teleopsis_dalmanni 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---------tttt----accat--atatact---gct-------------atgtaaata-gtcgaa---a D. takahashii aatgcaaactacg---gaaaat--gaataaaataaatacatttatttgatatatgaagataacttt---a D_busckii -----aagttacttg---------ttttattcaaatc-------------atctgaaatgattgaa---a D. biarmipes ====================================================================== D. willistoni ====================================================================== D. virilis ====================================================================== D_novamexicana ====================================================================== D_athabasca ====================================================================== D_navojoa ====================================================================== D. ananassae ====================================================================== D. miranda ====================================================================== D. grimshawi ====================================================================== D. pseudoobscura ====================================================================== D. mojavensis ====================================================================== D_arizonae ====================================================================== Lucilia_cuprina ====================================================================== Holcocephala_fusca ====================================================================== A_farauti_No4 ====================================================================== A_atroparvus ====================================================================== A_sinensis ====================================================================== A_epiroticus ====================================================================== A_coluzzii ====================================================================== A_culicifacies ====================================================================== Culex_quinquefasciatus ====================================================================== D_subobscura ====================================================================== D_hydei ====================================================================== A_funestus ====================================================================== D. eugracilis ====================================================================== Megaselia_scalaris ====================================================================== Megaselia_abdita ====================================================================== B D D. persimilis ====================================================================== Proctacanthus_coquilletti ====================================================================== D. albomicans ====================================================================== D_pseudoobscura_1 ====================================================================== D_obscura ====================================================================== A_dirus ====================================================================== A_merus ====================================================================== Zaprionus_indianus ====================================================================== D. elegans ====================================================================== D. ficusphila ====================================================================== D. bipectinata ====================================================================== D_serrata ====================================================================== D_americana ====================================================================== D. suzukii ====================================================================== Scaptodrosophila_lebanonensis ====================================================================== Teleopsis_dalmanni ====================================================================== Bactrocera_latifrons ====================================================================== Themira_minor ====================================================================== Ceratitis_capitata ====================================================================== D. kikkawai ====================================================================== D. rhopaloa ====================================================================== Phortica_variegata ====================================================================== D. melanogaster aattcttcaaaaatgtaatcgaggcaattt D. simulans aattcttcagaaatgtgagcgtggcagttt D. sechellia aattcttcagaaatgtgagcgtggcagttt D. erecta gatttattaaagttgt--------ctattt D. yakuba aataattgaaaagaatagtattgtttatat D. takahashii agttaataaaatttcaaaatctgtcaattg D_busckii tatttttcaa---tctatccgaaaaaattt D. biarmipes ============================== D. willistoni ============================== D. virilis 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============================== Megaselia_scalaris ============================== Megaselia_abdita ============================== D. persimilis ============================== Proctacanthus_coquilletti ============================== D. albomicans ============================== D_pseudoobscura_1 ============================== D_obscura ============================== A_dirus ============================== A_merus ============================== Zaprionus_indianus ============================== D. elegans ============================== D. ficusphila ============================== D. bipectinata ============================== D_serrata ============================== D_americana ============================== D. suzukii ============================== Scaptodrosophila_lebanonensis ============================== Teleopsis_dalmanni ============================== Bactrocera_latifrons ============================== Themira_minor ============================== Ceratitis_capitata ============================== D. kikkawai ============================== D. rhopaloa ============================== Phortica_variegata ============================== Inserts between block 101 and 102 in window D_busckii 617bp Alignment block 102 of 1783 in window, 1091034 - 1091038, 5 bps B D D. melanogaster ---------tgttt