HAL snakes Track Settings
 
HAL snakes

Display mode:       Reset to defaults Maximum window size in which to show mismatches:
Block coloring method:
Select subtracks:
    All                    
    Species
            Nycticebus_coucang
            Otolemur_garnettii
            Daubentonia_madagascariensis
            Propithecus_coquereli
            Indri_indri
            Cheirogaleus_medius
            Microcebus_murinus
            Mirza_coquereli
            Lemur_catta
            Eulemur_fulvus
            Eulemur_flavifrons
            Pithecia_pithecia
            Callicebus_donacophilus
            Saguinus_imperator
            Callithrix_jacchus
            Aotus_nancymaae
            Saimiri_boliviensis
            Cebus_albifrons
            Cebus_capucinus
            Alouatta_palliata
            Ateles_geoffroyi
            Mandrillus_leucophaeus
            Cercocebus_atys
            Papio_anubis
            Macaca_mulatta
            Macaca_fascicularis
            Macaca_nemestrina
            Erythrocebus_patas
            Chlorocebus_sabaeus
            Cercopithecus_neglectus
            Rhinopithecus_roxellana
            Rhinopithecus_bieti
            Pygathrix_nemaeus
            Nasalis_larvatus
            Semnopithecus_entellus
            Piliocolobus_tephrosceles
            Colobus_angolensis
            Nomascus_leucogenys
            Gorilla_gorilla
            Pan_troglodytes
            Pan_paniscus
            Homo_sapiens
            Pongo_abelii
            Carlito_syrichta
            Galeopterus_variegatus
            Tupaia_tana
            Tupaia_chinensis
            Oryctolagus_cuniculus
            Lepus_americanus
            Ochotona_princeps
            Ctenodactylus_gundi
            Petromus_typicus
            Thryonomys_swinderianus
            Heterocephalus_glaber
            Fukomys_damarensis
            Dolichotis_patagonum
            Hydrochoerus_hydrochaeris
            Cavia_tschudii
            Cavia_porcellus
            Cavia_aperea
            Dasyprocta_punctata
            Cuniculus_paca
            Octodon_degus
            Ctenomys_sociabilis
            Myocastor_coypus
            Capromys_pilorides
            Chinchilla_lanigera
            Dinomys_branickii
            Hystrix_cristata
            Rattus_norvegicus
            Mus_musculus
            Mus_spretus
            Mus_caroli
            Mus_pahari
            Acomys_cahirinus
            Meriones_unguiculatus
            Psammomys_obesus
            Mesocricetus_auratus
            Cricetulus_griseus
            Microtus_ochrogaster
            Ondatra_zibethicus
            Ellobius_talpinus
            Ellobius_lutescens
            Sigmodon_hispidus
            Peromyscus_maniculatus
            Onychomys_torridus
            Cricetomys_gambianus
            Nannospalax_galili
            Jaculus_jaculus
            Allactaga_bullata
            Zapus_hudsonius
            Perognathus_longimembris
            Dipodomys_stephensi
            Dipodomys_ordii
            Castor_canadensis
            Xerus_inauris
            Spermophilus_dauricus
            Ictidomys_tridecemlineatus
            Marmota_marmota
            Aplodontia_rufa
            Muscardinus_avellanarius
            Glis_glis
            Graphiurus_murinus
            Solenodon_paradoxus
            Erinaceus_europaeus
            Crocidura_indochinensis
            Sorex_araneus
            Uropsilus_gracilis
            Condylura_cristata
            Scalopus_aquaticus
            Megaderma_lyra
            Craseonycteris_thonglongyai
            Hipposideros_armiger
            Hipposideros_galeritus
            Rhinolophus_sinicus
            Macroglossus_sobrinus
            Eidolon_helvum
            Pteropus_vampyrus
            Pteropus_alecto
            Rousettus_aegyptiacus
            Noctilio_leporinus
            Pteronotus_parnellii
            Mormoops_blainvillei
            Carollia_perspicillata
            Artibeus_jamaicensis
            Anoura_caudifer
            Tonatia_saurophila
            Micronycteris_hirsuta
            Desmodus_rotundus
            Pipistrellus_pipistrellus
            Eptesicus_fuscus
            Lasiurus_borealis
            Murina_feae
            Myotis_myotis
            Myotis_brandtii
            Myotis_lucifugus
            Myotis_davidii
            Miniopterus_natalensis
            Miniopterus_schreibersii
            Tadarida_brasiliensis
            Vicugna_pacos
            Camelus_dromedarius
            Camelus_ferus
            Camelus_bactrianus
            Hippopotamus_amphibius
            Eubalaena_japonica
            Balaenoptera_bonaerensis
            Balaenoptera_acutorostrata
            Eschrichtius_robustus
            Kogia_breviceps
            Platanista_gangetica
            Mesoplodon_bidens
            Ziphius_cavirostris
            Inia_geoffrensis
            Lipotes_vexillifer
            Neophocaena_asiaeorientalis
            Phocoena_phocoena
            Delphinapterus_leucas
            Monodon_monoceros
            Tursiops_truncatus
            Tragulus_javanicus
            Moschus_moschiferus
            Bubalus_bubalis
            Bos_taurus
            Bos_indicus
            Bos_mutus
            Bison_bison
            Beatragus_hunteri
            Ammotragus_lervia
            Hemitragus_hylocrius
            Capra_hircus
            Capra_aegagrus
            Ovis_aries
            Ovis_canadensis
            Pantholops_hodgsonii
            Saiga_tatarica
            Okapia_johnstoni
            Giraffa_tippelskirchi
            Antilocapra_americana
            Odocoileus_virginianus
            Rangifer_tarandus
            Elaphurus_davidianus
            Catagonus_wagneri
            Sus_scrofa
            Cryptoprocta_ferox
            Mungos_mungo
            Suricata_suricatta
            Helogale_parvula
            Hyaena_hyaena
            Paradoxurus_hermaphroditus
            Panthera_tigris
            Panthera_pardus
            Panthera_onca
            Felis_catus
            Felis_nigripes
            Puma_concolor
            Acinonyx_jubatus
            Lycaon_pictus
            Canis_lupus
            Canis_lupus_familiaris
            Vulpes_lagopus
            Pteronura_brasiliensis
            Enhydra_lutris
            Mustela_putorius
            Mellivora_capensis
            Ailurus_fulgens
            Spilogale_gracilis
            Zalophus_californianus
            Odobenus_rosmarus
            Leptonychotes_weddellii
            Mirounga_angustirostris
            Neomonachus_schauinslandi
            Ailuropoda_melanoleuca
            Ursus_maritimus
            Manis_javanica
            Manis_pentadactyla
            Equus_caballus
            Equus_przewalskii
            Equus_asinus
            Tapirus_indicus
            Tapirus_terrestris
            Dicerorhinus_sumatrensis
            Diceros_bicornis
            Ceratotherium_simum
            Ceratotherium_simum_cottoni
            Dasypus_novemcinctus
            Tolypeutes_matacus
            Chaetophractus_vellerosus
            Tamandua_tetradactyla
            Myrmecophaga_tridactyla
            Choloepus_didactylus
            Choloepus_hoffmanni
            Trichechus_manatus
            Procavia_capensis
            Heterohyrax_brucei
            Loxodonta_africana
            Microgale_talazaci
            Echinops_telfairi
            Chrysochloris_asiatica
            Elephantulus_edwardii
            Orycteropus_afer
List subtracks: only selected/visible    all    ()  
hide
 Configure 		 Acinonyx_jubatus  Acinonyx_jubatus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Acomys_cahirinus  Acomys_cahirinus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Ailuropoda_melanoleuca  Ailuropoda_melanoleuca alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Ailurus_fulgens  Ailurus_fulgens alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Allactaga_bullata  Allactaga_bullata alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Alouatta_palliata  Alouatta_palliata alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Ammotragus_lervia  Ammotragus_lervia alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Anoura_caudifer  Anoura_caudifer alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Antilocapra_americana  Antilocapra_americana alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Aotus_nancymaae  Aotus_nancymaae alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Aplodontia_rufa  Aplodontia_rufa alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Artibeus_jamaicensis  Artibeus_jamaicensis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Ateles_geoffroyi  Ateles_geoffroyi alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Balaenoptera_acutorostrata  Balaenoptera_acutorostrata alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Balaenoptera_bonaerensis  Balaenoptera_bonaerensis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Beatragus_hunteri  Beatragus_hunteri alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Bison_bison  Bison_bison alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Bos_indicus  Bos_indicus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Bos_mutus  Bos_mutus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Bos_taurus  Bos_taurus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Bubalus_bubalis  Bubalus_bubalis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Callicebus_donacophilus  Callicebus_donacophilus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Callithrix_jacchus  Callithrix_jacchus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Camelus_bactrianus  Camelus_bactrianus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Camelus_dromedarius  Camelus_dromedarius alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Camelus_ferus  Camelus_ferus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Canis_lupus  Canis_lupus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Canis_lupus_familiaris  Canis_lupus_familiaris alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Capra_aegagrus  Capra_aegagrus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Capra_hircus  Capra_hircus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Capromys_pilorides  Capromys_pilorides alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Carlito_syrichta  Carlito_syrichta alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Carollia_perspicillata  Carollia_perspicillata alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Castor_canadensis  Castor_canadensis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Catagonus_wagneri  Catagonus_wagneri alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Cavia_aperea  Cavia_aperea alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Cavia_porcellus  Cavia_porcellus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Cavia_tschudii  Cavia_tschudii alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Cebus_albifrons  Cebus_albifrons alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Cebus_capucinus  Cebus_capucinus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Ceratotherium_simum  Ceratotherium_simum alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Ceratotherium_simum_cottoni  Ceratotherium_simum_cottoni alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Cercocebus_atys  Cercocebus_atys alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Cercopithecus_neglectus  Cercopithecus_neglectus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Chaetophractus_vellerosus  Chaetophractus_vellerosus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Cheirogaleus_medius  Cheirogaleus_medius alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Chinchilla_lanigera  Chinchilla_lanigera alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Chlorocebus_sabaeus  Chlorocebus_sabaeus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Choloepus_didactylus  Choloepus_didactylus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Choloepus_hoffmanni  Choloepus_hoffmanni alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Chrysochloris_asiatica  Chrysochloris_asiatica alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Colobus_angolensis  Colobus_angolensis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Condylura_cristata  Condylura_cristata alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Craseonycteris_thonglongyai  Craseonycteris_thonglongyai alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Cricetomys_gambianus  Cricetomys_gambianus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Cricetulus_griseus  Cricetulus_griseus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Crocidura_indochinensis  Crocidura_indochinensis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Cryptoprocta_ferox  Cryptoprocta_ferox alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Ctenodactylus_gundi  Ctenodactylus_gundi alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Ctenomys_sociabilis  Ctenomys_sociabilis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Cuniculus_paca  Cuniculus_paca alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Dasyprocta_punctata  Dasyprocta_punctata alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Dasypus_novemcinctus  Dasypus_novemcinctus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Daubentonia_madagascariensis  Daubentonia_madagascariensis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Delphinapterus_leucas  Delphinapterus_leucas alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Desmodus_rotundus  Desmodus_rotundus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Dicerorhinus_sumatrensis  Dicerorhinus_sumatrensis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Diceros_bicornis  Diceros_bicornis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Dinomys_branickii  Dinomys_branickii alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Dipodomys_ordii  Dipodomys_ordii alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Dipodomys_stephensi  Dipodomys_stephensi alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Dolichotis_patagonum  Dolichotis_patagonum alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Echinops_telfairi  Echinops_telfairi alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Eidolon_helvum  Eidolon_helvum alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Elaphurus_davidianus  Elaphurus_davidianus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Elephantulus_edwardii  Elephantulus_edwardii alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Ellobius_lutescens  Ellobius_lutescens alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Ellobius_talpinus  Ellobius_talpinus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Enhydra_lutris  Enhydra_lutris alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Eptesicus_fuscus  Eptesicus_fuscus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Equus_asinus  Equus_asinus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Equus_caballus  Equus_caballus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Equus_przewalskii  Equus_przewalskii alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Erinaceus_europaeus  Erinaceus_europaeus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Erythrocebus_patas  Erythrocebus_patas alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Eschrichtius_robustus  Eschrichtius_robustus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Eubalaena_japonica  Eubalaena_japonica alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Eulemur_flavifrons  Eulemur_flavifrons alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Eulemur_fulvus  Eulemur_fulvus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Felis_catus  Felis_catus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Felis_nigripes  Felis_nigripes alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Fukomys_damarensis  Fukomys_damarensis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Galeopterus_variegatus  Galeopterus_variegatus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Giraffa_tippelskirchi  Giraffa_tippelskirchi alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Glis_glis  Glis_glis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Gorilla_gorilla  Gorilla_gorilla alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Graphiurus_murinus  Graphiurus_murinus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Helogale_parvula  Helogale_parvula alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Hemitragus_hylocrius  Hemitragus_hylocrius alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Heterocephalus_glaber  Heterocephalus_glaber alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Heterohyrax_brucei  Heterohyrax_brucei alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Hippopotamus_amphibius  Hippopotamus_amphibius alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Hipposideros_armiger  Hipposideros_armiger alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Hipposideros_galeritus  Hipposideros_galeritus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Homo_sapiens  Homo_sapiens alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Hyaena_hyaena  Hyaena_hyaena alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Hydrochoerus_hydrochaeris  Hydrochoerus_hydrochaeris alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Hystrix_cristata  Hystrix_cristata alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Ictidomys_tridecemlineatus  Ictidomys_tridecemlineatus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Indri_indri  Indri_indri alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Inia_geoffrensis  Inia_geoffrensis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Jaculus_jaculus  Jaculus_jaculus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Kogia_breviceps  Kogia_breviceps alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Lasiurus_borealis  Lasiurus_borealis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Lemur_catta  Lemur_catta alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Leptonychotes_weddellii  Leptonychotes_weddellii alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Lepus_americanus  Lepus_americanus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Lipotes_vexillifer  Lipotes_vexillifer alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Loxodonta_africana  Loxodonta_africana alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Lycaon_pictus  Lycaon_pictus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Macaca_fascicularis  Macaca_fascicularis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Macaca_mulatta  Macaca_mulatta alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Macaca_nemestrina  Macaca_nemestrina alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Macroglossus_sobrinus  Macroglossus_sobrinus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Mandrillus_leucophaeus  Mandrillus_leucophaeus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Manis_javanica  Manis_javanica alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Manis_pentadactyla  Manis_pentadactyla alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Marmota_marmota  Marmota_marmota alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Megaderma_lyra  Megaderma_lyra alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Mellivora_capensis  Mellivora_capensis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Meriones_unguiculatus  Meriones_unguiculatus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Mesocricetus_auratus  Mesocricetus_auratus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Mesoplodon_bidens  Mesoplodon_bidens alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Microcebus_murinus  Microcebus_murinus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Microgale_talazaci  Microgale_talazaci alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Micronycteris_hirsuta  Micronycteris_hirsuta alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Microtus_ochrogaster  Microtus_ochrogaster alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Miniopterus_natalensis  Miniopterus_natalensis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Miniopterus_schreibersii  Miniopterus_schreibersii alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Mirounga_angustirostris  Mirounga_angustirostris alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Mirza_coquereli  Mirza_coquereli alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Monodon_monoceros  Monodon_monoceros alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Mormoops_blainvillei  Mormoops_blainvillei alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Moschus_moschiferus  Moschus_moschiferus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Mungos_mungo  Mungos_mungo alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Murina_feae  Murina_feae alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Mus_caroli  Mus_caroli alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Mus_musculus  Mus_musculus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Mus_pahari  Mus_pahari alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Mus_spretus  Mus_spretus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Muscardinus_avellanarius  Muscardinus_avellanarius alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Mustela_putorius  Mustela_putorius alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Myocastor_coypus  Myocastor_coypus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Myotis_brandtii  Myotis_brandtii alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Myotis_davidii  Myotis_davidii alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Myotis_lucifugus  Myotis_lucifugus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Myotis_myotis  Myotis_myotis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Myrmecophaga_tridactyla  Myrmecophaga_tridactyla alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Nannospalax_galili  Nannospalax_galili alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Nasalis_larvatus  Nasalis_larvatus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Neomonachus_schauinslandi  Neomonachus_schauinslandi alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Neophocaena_asiaeorientalis  Neophocaena_asiaeorientalis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Noctilio_leporinus  Noctilio_leporinus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Nomascus_leucogenys  Nomascus_leucogenys alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Nycticebus_coucang  Nycticebus_coucang alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Ochotona_princeps  Ochotona_princeps alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Octodon_degus  Octodon_degus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Odobenus_rosmarus  Odobenus_rosmarus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Odocoileus_virginianus  Odocoileus_virginianus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Okapia_johnstoni  Okapia_johnstoni alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Ondatra_zibethicus  Ondatra_zibethicus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Onychomys_torridus  Onychomys_torridus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Orycteropus_afer  Orycteropus_afer alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Oryctolagus_cuniculus  Oryctolagus_cuniculus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Otolemur_garnettii  Otolemur_garnettii alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Ovis_aries  Ovis_aries alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Ovis_canadensis  Ovis_canadensis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Pan_paniscus  Pan_paniscus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Pan_troglodytes  Pan_troglodytes alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Panthera_onca  Panthera_onca alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Panthera_pardus  Panthera_pardus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Panthera_tigris  Panthera_tigris alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Pantholops_hodgsonii  Pantholops_hodgsonii alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Papio_anubis  Papio_anubis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Paradoxurus_hermaphroditus  Paradoxurus_hermaphroditus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Perognathus_longimembris  Perognathus_longimembris alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Peromyscus_maniculatus  Peromyscus_maniculatus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Petromus_typicus  Petromus_typicus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Phocoena_phocoena  Phocoena_phocoena alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Piliocolobus_tephrosceles  Piliocolobus_tephrosceles alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Pipistrellus_pipistrellus  Pipistrellus_pipistrellus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Pithecia_pithecia  Pithecia_pithecia alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Platanista_gangetica  Platanista_gangetica alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Pongo_abelii  Pongo_abelii alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Procavia_capensis  Procavia_capensis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Propithecus_coquereli  Propithecus_coquereli alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Psammomys_obesus  Psammomys_obesus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Pteronotus_parnellii  Pteronotus_parnellii alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Pteronura_brasiliensis  Pteronura_brasiliensis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Pteropus_alecto  Pteropus_alecto alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Pteropus_vampyrus  Pteropus_vampyrus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Puma_concolor  Puma_concolor alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Pygathrix_nemaeus  Pygathrix_nemaeus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Rangifer_tarandus  Rangifer_tarandus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Rattus_norvegicus  Rattus_norvegicus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Rhinolophus_sinicus  Rhinolophus_sinicus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Rhinopithecus_bieti  Rhinopithecus_bieti alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Rhinopithecus_roxellana  Rhinopithecus_roxellana alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Rousettus_aegyptiacus  Rousettus_aegyptiacus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Saguinus_imperator  Saguinus_imperator alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Saiga_tatarica  Saiga_tatarica alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Saimiri_boliviensis  Saimiri_boliviensis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Scalopus_aquaticus  Scalopus_aquaticus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Semnopithecus_entellus  Semnopithecus_entellus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Sigmodon_hispidus  Sigmodon_hispidus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Solenodon_paradoxus  Solenodon_paradoxus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Sorex_araneus  Sorex_araneus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Spermophilus_dauricus  Spermophilus_dauricus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Spilogale_gracilis  Spilogale_gracilis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Suricata_suricatta  Suricata_suricatta alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Sus_scrofa  Sus_scrofa alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Tadarida_brasiliensis  Tadarida_brasiliensis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Tamandua_tetradactyla  Tamandua_tetradactyla alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Tapirus_indicus  Tapirus_indicus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Tapirus_terrestris  Tapirus_terrestris alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Thryonomys_swinderianus  Thryonomys_swinderianus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Tolypeutes_matacus  Tolypeutes_matacus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Tonatia_saurophila  Tonatia_saurophila alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Tragulus_javanicus  Tragulus_javanicus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Trichechus_manatus  Trichechus_manatus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Tupaia_chinensis  Tupaia_chinensis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Tupaia_tana  Tupaia_tana alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Tursiops_truncatus  Tursiops_truncatus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Uropsilus_gracilis  Uropsilus_gracilis alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Ursus_maritimus  Ursus_maritimus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Vicugna_pacos  Vicugna_pacos alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Vulpes_lagopus  Vulpes_lagopus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Xerus_inauris  Xerus_inauris alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Zalophus_californianus  Zalophus_californianus alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Zapus_hudsonius  Zapus_hudsonius alignment   Schema 
hide
 Configure 		 Ziphius_cavirostris  Ziphius_cavirostris alignment   Schema 
    

200 Mammals Alignment Tracks

Description

The 200 Mammals alignment is available as two tracks: a MAF format track (using a bigMaf file), only available on the Homo_sapiens browser, as well as snake tracks (using a HAL(Hickey et al. 2013) file) that are available on all genomes.

Note that the snake tracks need to load much more data and are thus significantly slower to load than the MAF tracks. We suggest using no more than five snake tracks at a time, and viewing them in regions of 100kb or less to avoid browser timeouts.

Methods

The 200 Mammals project assembled genomes for 137 new placental mammals using the DISCOVAR de novo assembler. We combined these newly-assembled genomes with other publicly available assemblies to create a set of 242 genomes. The 242 placental mammal species in the resulting species set were aligned using Cactus, a multiple whole-genome alignment program(Paten et al. 2011).

The raw alignment (in HAL(Hickey et al. 2013) format) is available here. Please be aware that the file is nearly a terabyte in size, and bandwidth costs for hosting this file are significant.

Credits

The 200 Mammals consortium provided the assemblies, as well as financial support to generate the alignment and develop Cactus. Joel Armstrong and Benedict Paten from the UC Santa Cruz Genomics Institute generated the alignment; please contact them with any questions.

References

Hickey, G., B. Paten, D. Earl, D. Zerbino, and D. Haussler. 2013. “HAL: a hierarchical format for storing and analyzing multiple genome alignments.” Bioinformatics 29 (10): 1341–2. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt128.

Paten, B., D. Earl, N. Nguyen, M. Diekhans, D. Zerbino, and D. Haussler. 2011. “Cactus: Algorithms for genome multiple sequence alignment.” Genome Res. 21 (9): 1512–28.