HAL snakes Track Settings
 
HAL snakes

Display mode:       Reset to defaults Maximum window size in which to show mismatches:
Block coloring method:
Select subtracks:
    All                    
    Species
            Podiceps_cristatus
            Podilymbus_podiceps
            Phoenicopterus_ruber
            Mesitornis_unicolor
            Syrrhaptes_paradoxus
            Pterocles_gutturalis
            Pterocles_burchelli
            Columbina_picui
            Patagioenas_fasciata
            Columba_livia
            Alopecoenas_beccarii
            Caloenas_nicobarica
            Steatornis_caripensis
            Nyctibius_grandis
            Nyctibius_bracteatus
            Podargus_strigoides
            Aegotheles_bennettii
            Chaetura_pelagica
            Hemiprocne_comata
            Oreotrochilus_melanogaster
            Calypte_anna
            Chordeiles_acutipennis
            Antrostomus_carolinensis
            Nyctiprogne_leucopyga
            Tauraco_erythrolophus
            Corythaixoides_concolor
            Corythaeola_cristata
            Lophotis_ruficrista
            Chlamydotis_macqueenii
            Ardeotis_kori
            Crotophaga_sulcirostris
            Geococcyx_californianus
            Centropus_bengalensis
            Centropus_unirufus
            Ceuthmochares_aereus
            Piaya_cayana
            Cuculus_canorus
            Leptosomus_discolor
            Rhinopomastus_cyanomelas
            Upupa_epops
            Buceros_rhinoceros
            Bucorvus_abyssinicus
            Merops_nubicus
            Eurystomus_gularis
            Brachypteracias_leptosomus
            Todus_mexicanus
            Ceyx_cyanopectus
            Chloroceryle_aenea
            Halcyon_senegalensis
            Baryphthengus_martii
            Bucco_capensis
            Galbula_dea
            Picoides_pubescens
            Indicator_maculatus
            Psilopogon_haemacephalus
            Eubucco_bourcierii
            Ramphastos_sulfuratus
            Semnornis_frantzii
            Tricholaema_leucomelas
            Trogon_melanurus
            Apaloderma_vittatum
            Urocolius_indicus
            Colius_striatus
            Tyto_alba
            Strix_occidentalis
            Ciccaba_nigrolineata
            Glaucidium_brasilianum
            Cathartes_aura
            Sagittarius_serpentarius
            Pandion_haliaetus
            Circaetus_pectoralis
            Haliaeetus_albicilla
            Haliaeetus_leucocephalus
            Aquila_chrysaetos
            Cariama_cristata
            Chunga_burmeisteri
            Nestor_notabilis
            Melopsittacus_undulatus
            Agapornis_roseicollis
            Amazona_guildingii
            Probosciger_aterrimus
            Eolophus_roseicapillus
            Acanthisitta_chloris
            Atrichornis_clamosus
            Menura_novaehollandiae
            Ptilonorhynchus_violaceus
            Climacteris_rufus
            Malurus_elegans
            Dasyornis_broadbenti
            Origma_solitaria
            Pardalotus_punctatus
            Grantiella_picta
            Pomatostomus_ruficeps
            Orthonyx_spaldingii
            Ptilorrhoa_leucosticta
            Mohoua_ochrocephala
            Daphoenositta_chrysoptera
            Eulacestoma_nigropectus
            Oreocharis_arfaki
            Pteruthius_melanotis
            Vireo_altiloquus
            Erpornis_zantholeuca
            Oriolus_oriolus
            Pachycephala_philippinensis
            Falcunculus_frontatus
            Aleadryas_rufinucha
            Chaetorhynchus_papuensis
            Rhipidura_dahli
            Dicrurus_megarhynchus
            Struthidea_cinerea
            Aphelocoma_coerulescens
            Corvus_moneduloides
            Corvus_brachyrhynchos
            Corvus_cornix
            Lanius_ludovicianus
            Ifrita_kowaldi
            Paradisaea_raggiana
            Myiagra_hebetior
            Machaerirhynchus_nigripectus
            Rhagologus_leucostigma
            Dryoscopus_gambensis
            Dyaphorophyia_castanea
            Mystacornis_crossleyi
            Gymnorhina_tibicen
            Edolisoma_coerulescens
            Cnemophilus_loriae
            Notiomystis_cincta
            Callaeas_wilsoni
            Anthoscopus_minutus
            Poecile_atricapillus
            Pseudopodoces_humilis
            Parus_major
            Panurus_biarmicus
            Alaudala_cheleensis
            Sylvietta_virens
            Cisticola_juncidis
            Hippolais_icterina
            Acrocephalus_arundinaceus
            Oxylabes_madagascariensis
            Donacobius_atricapilla
            Locustella_ochotensis
            Hirundo_rustica
            Phylloscopus_trochilus
            Rhadina_sibilatrix
            Hylia_prasina
            Aegithalos_caudatus
            Cettia_cetti
            Horornis_vulcanius
            Erythrocercus_mccallii
            Sinosuthora_webbiana
            Sylvia_borin
            Sylvia_atricapilla
            Pomatorhinus_ruficollis
            Illadopsis_cleaveri
            Leiothrix_lutea
            Zosterops_hypoxanthus
            Zosterops_lateralis
            Sterrhoptilus_dennistouni
            Pycnonotus_jocosus
            Brachypodius_atriceps
            Nicator_chloris
            Tichodroma_muraria
            Thryothorus_ludovicianus
            Polioptila_caerulea
            Certhia_familiaris
            Certhia_brachydactyla
            Sitta_europaea
            Elachura_formosa
            Cinclus_mexicanus
            Buphagus_erythrorhynchus
            Toxostoma_redivivum
            Leucopsar_rothschildi
            Sturnus_vulgaris
            Rhabdornis_inornatus
            Catharus_fuscescens
            Ficedula_albicollis
            Saxicola_maurus
            Oenanthe_oenanthe
            Erithacus_rubecula
            Copsychus_sechellarum
            Cercotrichas_coryphaeus
            Regulus_satrapa
            Phainopepla_nitens
            Bombycilla_garrulus
            Promerops_cafer
            Dicaeum_eximium
            Leptocoma_aspasia
            Chloropsis_cyanopogon
            Chloropsis_hardwickii
            Peucedramus_taeniatus
            Urocynchramus_pylzowi
            Ploceus_nigricollis
            Vidua_chalybeata
            Vidua_macroura
            Lonchura_striata
            Taeniopygia_guttata
            Prunella_fulvescens
            Prunella_himalayana
            Passer_domesticus
            Hypocryptadius_cinnamomeus
            Motacilla_alba
            Hemignathus_wilsoni
            Chlorodrepanis_virens
            Serinus_canaria
            Loxia_curvirostra
            Loxia_leucoptera
            Rhodinocichla_rosea
            Calcarius_ornatus
            Emberiza_fucata
            Nesospiza_acunhae
            Geospiza_fortis
            Sporophila_hypoxantha
            Pheucticus_melanocephalus
            Cardinalis_cardinalis
            Passerina_amoena
            Quiscalus_mexicanus
            Molothrus_ater
            Agelaius_phoeniceus
            Setophaga_coronata
            Setophaga_kirtlandii
            Zonotrichia_albicollis
            Junco_hyemalis
            Melospiza_melodia
            Spizella_passerina
            Irena_cyanogastra
            Picathartes_gymnocephalus
            Chaetops_frenatus
            Drymodes_brunneopygia
            Melanocharis_versteri
            Cephalopterus_ornatus
            Pachyramphus_minor
            Onychorhynchus_coronatus
            Oxyruncus_cristatus
            Piprites_chloris
            Neopipo_cinnamomea
            Tachuris_rubrigastra
            Tyrannus_savana
            Mionectes_macconnelli
            Lepidothrix_coronata
            Manacus_manacus
            Rhegmatorhina_hoffmannsi
            Sakesphorus_luctuosus
            Grallaria_varia
            Scytalopus_superciliaris
            Formicarius_rufipectus
            Sclerurus_mexicanus
            Furnarius_figulus
            Campylorhamphus_procurvoides
            Xiphorhynchus_elegans
            Serilophus_lunatus
            Neodrepanis_coruscans
            Pitta_sordida
            Sapayoa_aenigma
            Calyptomena_viridis
List subtracks: only selected/visible    all    ()  
hide
 Configure
 Acanthisitta_chloris  Acanthisitta_chloris alignment   Schema 
hide
 Configure
 Acrocephalus_arundinaceus  Acrocephalus_arundinaceus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Aegithalos_caudatus  Aegithalos_caudatus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Aegotheles_bennettii  Aegotheles_bennettii alignment   Schema 
hide
 Configure
 Agapornis_roseicollis  Agapornis_roseicollis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Agelaius_phoeniceus  Agelaius_phoeniceus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Alaudala_cheleensis  Alaudala_cheleensis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Alca_torda  Alca_torda alignment   Schema 
hide
 Configure
 Aleadryas_rufinucha  Aleadryas_rufinucha alignment   Schema 
hide
 Configure
 Alectura_lathami  Alectura_lathami alignment   Schema 
hide
 Configure
 Alopecoenas_beccarii  Alopecoenas_beccarii alignment   Schema 
hide
 Configure
 Amazona_guildingii  Amazona_guildingii alignment   Schema 
hide
 Configure
 Anas_platyrhynchos  Anas_platyrhynchos alignment   Schema 
hide
 Configure
 Anas_zonorhyncha  Anas_zonorhyncha alignment   Schema 
hide
 Configure
 Anhinga_anhinga  Anhinga_anhinga alignment   Schema 
hide
 Configure
 Anhinga_rufa  Anhinga_rufa alignment   Schema 
hide
 Configure
 Anser_cygnoid  Anser_cygnoid alignment   Schema 
hide
 Configure
 Anseranas_semipalmata  Anseranas_semipalmata alignment   Schema 
hide
 Configure
 Anthoscopus_minutus  Anthoscopus_minutus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Antrostomus_carolinensis  Antrostomus_carolinensis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Apaloderma_vittatum  Apaloderma_vittatum alignment   Schema 
hide
 Configure
 Aphelocoma_coerulescens  Aphelocoma_coerulescens alignment   Schema 
hide
 Configure
 Aptenodytes_forsteri  Aptenodytes_forsteri alignment   Schema 
hide
 Configure
 Apteryx_australis  Apteryx_australis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Apteryx_haastii  Apteryx_haastii alignment   Schema 
hide
 Configure
 Apteryx_owenii  Apteryx_owenii alignment   Schema 
hide
 Configure
 Apteryx_rowi  Apteryx_rowi alignment   Schema 
hide
 Configure
 Aquila_chrysaetos  Aquila_chrysaetos alignment   Schema 
hide
 Configure
 Aramus_guarauna  Aramus_guarauna alignment   Schema 
hide
 Configure
 Ardeotis_kori  Ardeotis_kori alignment   Schema 
hide
 Configure
 Arenaria_interpres  Arenaria_interpres alignment   Schema 
hide
 Configure
 Asarcornis_scutulata  Asarcornis_scutulata alignment   Schema 
hide
 Configure
 Atlantisia_rogersi  Atlantisia_rogersi alignment   Schema 
hide
 Configure
 Atrichornis_clamosus  Atrichornis_clamosus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Balaeniceps_rex  Balaeniceps_rex alignment   Schema 
hide
 Configure
 Balearica_regulorum  Balearica_regulorum alignment   Schema 
hide
 Configure
 Baryphthengus_martii  Baryphthengus_martii alignment   Schema 
hide
 Configure
 Bombycilla_garrulus  Bombycilla_garrulus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Brachypodius_atriceps  Brachypodius_atriceps alignment   Schema 
hide
 Configure
 Brachypteracias_leptosomus  Brachypteracias_leptosomus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Bucco_capensis  Bucco_capensis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Buceros_rhinoceros  Buceros_rhinoceros alignment   Schema 
hide
 Configure
 Bucorvus_abyssinicus  Bucorvus_abyssinicus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Buphagus_erythrorhynchus  Buphagus_erythrorhynchus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Burhinus_bistriatus  Burhinus_bistriatus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Cairina_moschata  Cairina_moschata alignment   Schema 
hide
 Configure
 Calcarius_ornatus  Calcarius_ornatus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Calidris_pugnax  Calidris_pugnax alignment   Schema 
hide
 Configure
 Callaeas_wilsoni  Callaeas_wilsoni alignment   Schema 
hide
 Configure
 Callipepla_squamata  Callipepla_squamata alignment   Schema 
hide
 Configure
 Caloenas_nicobarica  Caloenas_nicobarica alignment   Schema 
hide
 Configure
 Calonectris_borealis  Calonectris_borealis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Calypte_anna  Calypte_anna alignment   Schema 
hide
 Configure
 Calyptomena_viridis  Calyptomena_viridis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Campylorhamphus_procurvoides  Campylorhamphus_procurvoides alignment   Schema 
hide
 Configure
 Cardinalis_cardinalis  Cardinalis_cardinalis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Cariama_cristata  Cariama_cristata alignment   Schema 
hide
 Configure
 Casuarius_casuarius  Casuarius_casuarius alignment   Schema 
hide
 Configure
 Cathartes_aura  Cathartes_aura alignment   Schema 
hide
 Configure
 Catharus_fuscescens  Catharus_fuscescens alignment   Schema 
hide
 Configure
 Centropus_bengalensis  Centropus_bengalensis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Centropus_unirufus  Centropus_unirufus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Cephalopterus_ornatus  Cephalopterus_ornatus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Cepphus_grylle  Cepphus_grylle alignment   Schema 
hide
 Configure
 Cercotrichas_coryphaeus  Cercotrichas_coryphaeus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Certhia_brachydactyla  Certhia_brachydactyla alignment   Schema 
hide
 Configure
 Certhia_familiaris  Certhia_familiaris alignment   Schema 
hide
 Configure
 Cettia_cetti  Cettia_cetti alignment   Schema 
hide
 Configure
 Ceuthmochares_aereus  Ceuthmochares_aereus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Ceyx_cyanopectus  Ceyx_cyanopectus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Chaetops_frenatus  Chaetops_frenatus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Chaetorhynchus_papuensis  Chaetorhynchus_papuensis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Chaetura_pelagica  Chaetura_pelagica alignment   Schema 
hide
 Configure
 Charadrius_alexandrinus  Charadrius_alexandrinus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Charadrius_vociferus  Charadrius_vociferus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Chauna_torquata  Chauna_torquata alignment   Schema 
hide
 Configure
 Chionis_minor  Chionis_minor alignment   Schema 
hide
 Configure
 Chlamydotis_macqueenii  Chlamydotis_macqueenii alignment   Schema 
hide
 Configure
 Chloroceryle_aenea  Chloroceryle_aenea alignment   Schema 
hide
 Configure
 Chlorodrepanis_virens  Chlorodrepanis_virens alignment   Schema 
hide
 Configure
 Chloropsis_cyanopogon  Chloropsis_cyanopogon alignment   Schema 
hide
 Configure
 Chloropsis_hardwickii  Chloropsis_hardwickii alignment   Schema 
hide
 Configure
 Chordeiles_acutipennis  Chordeiles_acutipennis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Chroicocephalus_maculipennis  Chroicocephalus_maculipennis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Chunga_burmeisteri  Chunga_burmeisteri alignment   Schema 
hide
 Configure
 Ciccaba_nigrolineata  Ciccaba_nigrolineata alignment   Schema 
hide
 Configure
 Ciconia_maguari  Ciconia_maguari alignment   Schema 
hide
 Configure
 Cinclus_mexicanus  Cinclus_mexicanus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Circaetus_pectoralis  Circaetus_pectoralis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Cisticola_juncidis  Cisticola_juncidis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Climacteris_rufus  Climacteris_rufus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Cnemophilus_loriae  Cnemophilus_loriae alignment   Schema 
hide
 Configure
 Cochlearius_cochlearius  Cochlearius_cochlearius alignment   Schema 
hide
 Configure
 Colinus_virginianus  Colinus_virginianus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Colius_striatus  Colius_striatus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Columba_livia  Columba_livia alignment   Schema 
hide
 Configure
 Columbina_picui  Columbina_picui alignment   Schema 
hide
 Configure
 Copsychus_sechellarum  Copsychus_sechellarum alignment   Schema 
hide
 Configure
 Corvus_brachyrhynchos  Corvus_brachyrhynchos alignment   Schema 
hide
 Configure
 Corvus_cornix  Corvus_cornix alignment   Schema 
hide
 Configure
 Corvus_moneduloides  Corvus_moneduloides alignment   Schema 
hide
 Configure
 Corythaeola_cristata  Corythaeola_cristata alignment   Schema 
hide
 Configure
 Corythaixoides_concolor  Corythaixoides_concolor alignment   Schema 
hide
 Configure
 Coturnix_japonica  Coturnix_japonica alignment   Schema 
hide
 Configure
 Crotophaga_sulcirostris  Crotophaga_sulcirostris alignment   Schema 
hide
 Configure
 Crypturellus_cinnamomeus  Crypturellus_cinnamomeus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Crypturellus_soui  Crypturellus_soui alignment   Schema 
hide
 Configure
 Crypturellus_undulatus  Crypturellus_undulatus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Cuculus_canorus  Cuculus_canorus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Daphoenositta_chrysoptera  Daphoenositta_chrysoptera alignment   Schema 
hide
 Configure
 Dasyornis_broadbenti  Dasyornis_broadbenti alignment   Schema 
hide
 Configure
 Dicaeum_eximium  Dicaeum_eximium alignment   Schema 
hide
 Configure
 Dicrurus_megarhynchus  Dicrurus_megarhynchus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Donacobius_atricapilla  Donacobius_atricapilla alignment   Schema 
hide
 Configure
 Dromaius_novaehollandiae  Dromaius_novaehollandiae alignment   Schema 
hide
 Configure
 Dromas_ardeola  Dromas_ardeola alignment   Schema 
hide
 Configure
 Drymodes_brunneopygia  Drymodes_brunneopygia alignment   Schema 
hide
 Configure
 Dryoscopus_gambensis  Dryoscopus_gambensis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Dyaphorophyia_castanea  Dyaphorophyia_castanea alignment   Schema 
hide
 Configure
 Edolisoma_coerulescens  Edolisoma_coerulescens alignment   Schema 
hide
 Configure
 Egretta_garzetta  Egretta_garzetta alignment   Schema 
hide
 Configure
 Elachura_formosa  Elachura_formosa alignment   Schema 
hide
 Configure
 Emberiza_fucata  Emberiza_fucata alignment   Schema 
hide
 Configure
 Eolophus_roseicapillus  Eolophus_roseicapillus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Erithacus_rubecula  Erithacus_rubecula alignment   Schema 
hide
 Configure
 Erpornis_zantholeuca  Erpornis_zantholeuca alignment   Schema 
hide
 Configure
 Erythrocercus_mccallii  Erythrocercus_mccallii alignment   Schema 
hide
 Configure
 Eubucco_bourcierii  Eubucco_bourcierii alignment   Schema 
hide
 Configure
 Eudromia_elegans  Eudromia_elegans alignment   Schema 
hide
 Configure
 Eulacestoma_nigropectus  Eulacestoma_nigropectus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Eurypyga_helias  Eurypyga_helias alignment   Schema 
hide
 Configure
 Eurystomus_gularis  Eurystomus_gularis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Falco_cherrug  Falco_cherrug alignment   Schema 
hide
 Configure
 Falco_peregrinus  Falco_peregrinus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Falcunculus_frontatus  Falcunculus_frontatus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Ficedula_albicollis  Ficedula_albicollis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Formicarius_rufipectus  Formicarius_rufipectus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Fregata_magnificens  Fregata_magnificens alignment   Schema 
hide
 Configure
 Fregetta_grallaria  Fregetta_grallaria alignment   Schema 
hide
 Configure
 Fulmarus_glacialis  Fulmarus_glacialis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Furnarius_figulus  Furnarius_figulus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Galbula_dea  Galbula_dea alignment   Schema 
hide
 Configure
 Gallus_gallus  Gallus_gallus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Gavia_stellata  Gavia_stellata alignment   Schema 
hide
 Configure
 Geococcyx_californianus  Geococcyx_californianus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Geospiza_fortis  Geospiza_fortis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Glareola_pratincola  Glareola_pratincola alignment   Schema 
hide
 Configure
 Glaucidium_brasilianum  Glaucidium_brasilianum alignment   Schema 
hide
 Configure
 Grallaria_varia  Grallaria_varia alignment   Schema 
hide
 Configure
 Grantiella_picta  Grantiella_picta alignment   Schema 
hide
 Configure
 Grus_americana  Grus_americana alignment   Schema 
hide
 Configure
 Gymnorhina_tibicen  Gymnorhina_tibicen alignment   Schema 
hide
 Configure
 Halcyon_senegalensis  Halcyon_senegalensis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Haliaeetus_albicilla  Haliaeetus_albicilla alignment   Schema 
hide
 Configure
 Haliaeetus_leucocephalus  Haliaeetus_leucocephalus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Heliornis_fulica  Heliornis_fulica alignment   Schema 
hide
 Configure
 Hemignathus_wilsoni  Hemignathus_wilsoni alignment   Schema 
hide
 Configure
 Hemiprocne_comata  Hemiprocne_comata alignment   Schema 
hide
 Configure
 Herpetotheres_cachinnans  Herpetotheres_cachinnans alignment   Schema 
hide
 Configure
 Himantopus_himantopus  Himantopus_himantopus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Hippolais_icterina  Hippolais_icterina alignment   Schema 
hide
 Configure
 Hirundo_rustica  Hirundo_rustica alignment   Schema 
hide
 Configure
 Horornis_vulcanius  Horornis_vulcanius alignment   Schema 
hide
 Configure
 Hydrobates_tethys  Hydrobates_tethys alignment   Schema 
hide
 Configure
 Hylia_prasina  Hylia_prasina alignment   Schema 
hide
 Configure
 Hypocryptadius_cinnamomeus  Hypocryptadius_cinnamomeus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Ibidorhyncha_struthersii  Ibidorhyncha_struthersii alignment   Schema 
hide
 Configure
 Ifrita_kowaldi  Ifrita_kowaldi alignment   Schema 
hide
 Configure
 Illadopsis_cleaveri  Illadopsis_cleaveri alignment   Schema 
hide
 Configure
 Indicator_maculatus  Indicator_maculatus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Irena_cyanogastra  Irena_cyanogastra alignment   Schema 
hide
 Configure
 Jacana_jacana  Jacana_jacana alignment   Schema 
hide
 Configure
 Junco_hyemalis  Junco_hyemalis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Lanius_ludovicianus  Lanius_ludovicianus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Larus_smithsonianus  Larus_smithsonianus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Leiothrix_lutea  Leiothrix_lutea alignment   Schema 
hide
 Configure
 Lepidothrix_coronata  Lepidothrix_coronata alignment   Schema 
hide
 Configure
 Leptocoma_aspasia  Leptocoma_aspasia alignment   Schema 
hide
 Configure
 Leptosomus_discolor  Leptosomus_discolor alignment   Schema 
hide
 Configure
 Leucopsar_rothschildi  Leucopsar_rothschildi alignment   Schema 
hide
 Configure
 Limosa_lapponica  Limosa_lapponica alignment   Schema 
hide
 Configure
 Locustella_ochotensis  Locustella_ochotensis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Lonchura_striata  Lonchura_striata alignment   Schema 
hide
 Configure
 Lophotis_ruficrista  Lophotis_ruficrista alignment   Schema 
hide
 Configure
 Loxia_curvirostra  Loxia_curvirostra alignment   Schema 
hide
 Configure
 Loxia_leucoptera  Loxia_leucoptera alignment   Schema 
hide
 Configure
 Machaerirhynchus_nigripectus  Machaerirhynchus_nigripectus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Malurus_elegans  Malurus_elegans alignment   Schema 
hide
 Configure
 Manacus_manacus  Manacus_manacus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Melanocharis_versteri  Melanocharis_versteri alignment   Schema 
hide
 Configure
 Meleagris_gallopavo  Meleagris_gallopavo alignment   Schema 
hide
 Configure
 Melopsittacus_undulatus  Melopsittacus_undulatus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Melospiza_melodia  Melospiza_melodia alignment   Schema 
hide
 Configure
 Menura_novaehollandiae  Menura_novaehollandiae alignment   Schema 
hide
 Configure
 Merops_nubicus  Merops_nubicus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Mesembrinibis_cayennensis  Mesembrinibis_cayennensis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Mesitornis_unicolor  Mesitornis_unicolor alignment   Schema 
hide
 Configure
 Mionectes_macconnelli  Mionectes_macconnelli alignment   Schema 
hide
 Configure
 Mohoua_ochrocephala  Mohoua_ochrocephala alignment   Schema 
hide
 Configure
 Molothrus_ater  Molothrus_ater alignment   Schema 
hide
 Configure
 Motacilla_alba  Motacilla_alba alignment   Schema 
hide
 Configure
 Myiagra_hebetior  Myiagra_hebetior alignment   Schema 
hide
 Configure
 Mystacornis_crossleyi  Mystacornis_crossleyi alignment   Schema 
hide
 Configure
 Neodrepanis_coruscans  Neodrepanis_coruscans alignment   Schema 
hide
 Configure
 Neopipo_cinnamomea  Neopipo_cinnamomea alignment   Schema 
hide
 Configure
 Nesospiza_acunhae  Nesospiza_acunhae alignment   Schema 
hide
 Configure
 Nestor_notabilis  Nestor_notabilis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Nicator_chloris  Nicator_chloris alignment   Schema 
hide
 Configure
 Nipponia_nippon  Nipponia_nippon alignment   Schema 
hide
 Configure
 Nothocercus_julius  Nothocercus_julius alignment   Schema 
hide
 Configure
 Nothocercus_nigrocapillus  Nothocercus_nigrocapillus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Nothoprocta_ornata  Nothoprocta_ornata alignment   Schema 
hide
 Configure
 Nothoprocta_pentlandii  Nothoprocta_pentlandii alignment   Schema 
hide
 Configure
 Nothoprocta_perdicaria  Nothoprocta_perdicaria alignment   Schema 
hide
 Configure
 Notiomystis_cincta  Notiomystis_cincta alignment   Schema 
hide
 Configure
 Numida_meleagris  Numida_meleagris alignment   Schema 
hide
 Configure
 Nyctibius_bracteatus  Nyctibius_bracteatus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Nyctibius_grandis  Nyctibius_grandis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Nycticryphes_semicollaris  Nycticryphes_semicollaris alignment   Schema 
hide
 Configure
 Nyctiprogne_leucopyga  Nyctiprogne_leucopyga alignment   Schema 
hide
 Configure
 Oceanites_oceanicus  Oceanites_oceanicus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Odontophorus_gujanensis  Odontophorus_gujanensis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Oenanthe_oenanthe  Oenanthe_oenanthe alignment   Schema 
hide
 Configure
 Onychorhynchus_coronatus  Onychorhynchus_coronatus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Opisthocomus_hoazin  Opisthocomus_hoazin alignment   Schema 
hide
 Configure
 Oreocharis_arfaki  Oreocharis_arfaki alignment   Schema 
hide
 Configure
 Oreotrochilus_melanogaster  Oreotrochilus_melanogaster alignment   Schema 
hide
 Configure
 Origma_solitaria  Origma_solitaria alignment   Schema 
hide
 Configure
 Oriolus_oriolus  Oriolus_oriolus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Orthonyx_spaldingii  Orthonyx_spaldingii alignment   Schema 
hide
 Configure
 Oxylabes_madagascariensis  Oxylabes_madagascariensis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Oxyruncus_cristatus  Oxyruncus_cristatus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Pachycephala_philippinensis  Pachycephala_philippinensis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Pachyramphus_minor  Pachyramphus_minor alignment   Schema 
hide
 Configure
 Pandion_haliaetus  Pandion_haliaetus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Panurus_biarmicus  Panurus_biarmicus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Paradisaea_raggiana  Paradisaea_raggiana alignment   Schema 
hide
 Configure
 Pardalotus_punctatus  Pardalotus_punctatus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Parus_major  Parus_major alignment   Schema 
hide
 Configure
 Passer_domesticus  Passer_domesticus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Passerina_amoena  Passerina_amoena alignment   Schema 
hide
 Configure
 Patagioenas_fasciata  Patagioenas_fasciata alignment   Schema 
hide
 Configure
 Pedionomus_torquatus  Pedionomus_torquatus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Pelecanoides_urinatrix  Pelecanoides_urinatrix alignment   Schema 
hide
 Configure
 Pelecanus_crispus  Pelecanus_crispus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Penelope_pileata  Penelope_pileata alignment   Schema 
hide
 Configure
 Peucedramus_taeniatus  Peucedramus_taeniatus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Phaethon_lepturus  Phaethon_lepturus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Phaetusa_simplex  Phaetusa_simplex alignment   Schema 
hide
 Configure
 Phainopepla_nitens  Phainopepla_nitens alignment   Schema 
hide
 Configure
 Phalacrocorax_auritus  Phalacrocorax_auritus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Phalacrocorax_brasilianus  Phalacrocorax_brasilianus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Phalacrocorax_carbo  Phalacrocorax_carbo alignment   Schema 
hide
 Configure
 Phalacrocorax_harrisi  Phalacrocorax_harrisi alignment   Schema 
hide
 Configure
 Phalacrocorax_pelagicus  Phalacrocorax_pelagicus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Phasianus_colchicus  Phasianus_colchicus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Pheucticus_melanocephalus  Pheucticus_melanocephalus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Phoenicopterus_ruber  Phoenicopterus_ruber alignment   Schema 
hide
 Configure
 Phylloscopus_trochilus  Phylloscopus_trochilus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Piaya_cayana  Piaya_cayana alignment   Schema 
hide
 Configure
 Picathartes_gymnocephalus  Picathartes_gymnocephalus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Picoides_pubescens  Picoides_pubescens alignment   Schema 
hide
 Configure
 Piprites_chloris  Piprites_chloris alignment   Schema 
hide
 Configure
 Pitta_sordida  Pitta_sordida alignment   Schema 
hide
 Configure
 Ploceus_nigricollis  Ploceus_nigricollis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Pluvianellus_socialis  Pluvianellus_socialis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Podargus_strigoides  Podargus_strigoides alignment   Schema 
hide
 Configure
 Podiceps_cristatus  Podiceps_cristatus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Podilymbus_podiceps  Podilymbus_podiceps alignment   Schema 
hide
 Configure
 Poecile_atricapillus  Poecile_atricapillus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Polioptila_caerulea  Polioptila_caerulea alignment   Schema 
hide
 Configure
 Pomatorhinus_ruficollis  Pomatorhinus_ruficollis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Pomatostomus_ruficeps  Pomatostomus_ruficeps alignment   Schema 
hide
 Configure
 Probosciger_aterrimus  Probosciger_aterrimus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Promerops_cafer  Promerops_cafer alignment   Schema 
hide
 Configure
 Prunella_fulvescens  Prunella_fulvescens alignment   Schema 
hide
 Configure
 Prunella_himalayana  Prunella_himalayana alignment   Schema 
hide
 Configure
 Pseudopodoces_humilis  Pseudopodoces_humilis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Psilopogon_haemacephalus  Psilopogon_haemacephalus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Psophia_crepitans  Psophia_crepitans alignment   Schema 
hide
 Configure
 Pterocles_burchelli  Pterocles_burchelli alignment   Schema 
hide
 Configure
 Pterocles_gutturalis  Pterocles_gutturalis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Pteruthius_melanotis  Pteruthius_melanotis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Ptilonorhynchus_violaceus  Ptilonorhynchus_violaceus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Ptilorrhoa_leucosticta  Ptilorrhoa_leucosticta alignment   Schema 
hide
 Configure
 Pycnonotus_jocosus  Pycnonotus_jocosus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Pygoscelis_adeliae  Pygoscelis_adeliae alignment   Schema 
hide
 Configure
 Quiscalus_mexicanus  Quiscalus_mexicanus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Ramphastos_sulfuratus  Ramphastos_sulfuratus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Regulus_satrapa  Regulus_satrapa alignment   Schema 
hide
 Configure
 Rhabdornis_inornatus  Rhabdornis_inornatus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Rhadina_sibilatrix  Rhadina_sibilatrix alignment   Schema 
hide
 Configure
 Rhagologus_leucostigma  Rhagologus_leucostigma alignment   Schema 
hide
 Configure
 Rhea_americana  Rhea_americana alignment   Schema 
hide
 Configure
 Rhea_pennata  Rhea_pennata alignment   Schema 
hide
 Configure
 Rhegmatorhina_hoffmannsi  Rhegmatorhina_hoffmannsi alignment   Schema 
hide
 Configure
 Rhinopomastus_cyanomelas  Rhinopomastus_cyanomelas alignment   Schema 
hide
 Configure
 Rhinoptilus_africanus  Rhinoptilus_africanus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Rhipidura_dahli  Rhipidura_dahli alignment   Schema 
hide
 Configure
 Rhodinocichla_rosea  Rhodinocichla_rosea alignment   Schema 
hide
 Configure
 Rhynochetos_jubatus  Rhynochetos_jubatus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Rissa_tridactyla  Rissa_tridactyla alignment   Schema 
hide
 Configure
 Rostratula_benghalensis  Rostratula_benghalensis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Rynchops_niger  Rynchops_niger alignment   Schema 
hide
 Configure
 Sagittarius_serpentarius  Sagittarius_serpentarius alignment   Schema 
hide
 Configure
 Sakesphorus_luctuosus  Sakesphorus_luctuosus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Sapayoa_aenigma  Sapayoa_aenigma alignment   Schema 
hide
 Configure
 Saxicola_maurus  Saxicola_maurus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Sclerurus_mexicanus  Sclerurus_mexicanus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Scopus_umbretta  Scopus_umbretta alignment   Schema 
hide
 Configure
 Scytalopus_superciliaris  Scytalopus_superciliaris alignment   Schema 
hide
 Configure
 Semnornis_frantzii  Semnornis_frantzii alignment   Schema 
hide
 Configure
 Serilophus_lunatus  Serilophus_lunatus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Serinus_canaria  Serinus_canaria alignment   Schema 
hide
 Configure
 Setophaga_coronata  Setophaga_coronata alignment   Schema 
hide
 Configure
 Setophaga_kirtlandii  Setophaga_kirtlandii alignment   Schema 
hide
 Configure
 Sinosuthora_webbiana  Sinosuthora_webbiana alignment   Schema 
hide
 Configure
 Sitta_europaea  Sitta_europaea alignment   Schema 
hide
 Configure
 Smithornis_capensis  Smithornis_capensis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Spizella_passerina  Spizella_passerina alignment   Schema 
hide
 Configure
 Sporophila_hypoxantha  Sporophila_hypoxantha alignment   Schema 
hide
 Configure
 Steatornis_caripensis  Steatornis_caripensis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Stercorarius_parasiticus  Stercorarius_parasiticus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Sterrhoptilus_dennistouni  Sterrhoptilus_dennistouni alignment   Schema 
hide
 Configure
 Strix_occidentalis  Strix_occidentalis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Struthidea_cinerea  Struthidea_cinerea alignment   Schema 
hide
 Configure
 Struthio_camelus  Struthio_camelus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Sturnus_vulgaris  Sturnus_vulgaris alignment   Schema 
hide
 Configure
 Sula_dactylatra  Sula_dactylatra alignment   Schema 
hide
 Configure
 Sylvia_atricapilla  Sylvia_atricapilla alignment   Schema 
hide
 Configure
 Sylvia_borin  Sylvia_borin alignment   Schema 
hide
 Configure
 Sylvietta_virens  Sylvietta_virens alignment   Schema 
hide
 Configure
 Syrrhaptes_paradoxus  Syrrhaptes_paradoxus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Tachuris_rubrigastra  Tachuris_rubrigastra alignment   Schema 
hide
 Configure
 Taeniopygia_guttata  Taeniopygia_guttata alignment   Schema 
hide
 Configure
 Tauraco_erythrolophus  Tauraco_erythrolophus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Thalassarche_chlororhynchos  Thalassarche_chlororhynchos alignment   Schema 
hide
 Configure
 Thinocorus_orbignyianus  Thinocorus_orbignyianus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Thryothorus_ludovicianus  Thryothorus_ludovicianus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Tichodroma_muraria  Tichodroma_muraria alignment   Schema 
hide
 Configure
 Tinamus_guttatus  Tinamus_guttatus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Todus_mexicanus  Todus_mexicanus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Toxostoma_redivivum  Toxostoma_redivivum alignment   Schema 
hide
 Configure
 Tricholaema_leucomelas  Tricholaema_leucomelas alignment   Schema 
hide
 Configure
 Trogon_melanurus  Trogon_melanurus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Turnix_velox  Turnix_velox alignment   Schema 
hide
 Configure
 Tympanuchus_cupido  Tympanuchus_cupido alignment   Schema 
hide
 Configure
 Tyrannus_savana  Tyrannus_savana alignment   Schema 
hide
 Configure
 Tyto_alba  Tyto_alba alignment   Schema 
hide
 Configure
 Upupa_epops  Upupa_epops alignment   Schema 
hide
 Configure
 Uria_aalge  Uria_aalge alignment   Schema 
hide
 Configure
 Uria_lomvia  Uria_lomvia alignment   Schema 
hide
 Configure
 Urocolius_indicus  Urocolius_indicus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Urocynchramus_pylzowi  Urocynchramus_pylzowi alignment   Schema 
hide
 Configure
 Vidua_chalybeata  Vidua_chalybeata alignment   Schema 
hide
 Configure
 Vidua_macroura  Vidua_macroura alignment   Schema 
hide
 Configure
 Vireo_altiloquus  Vireo_altiloquus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Xiphorhynchus_elegans  Xiphorhynchus_elegans alignment   Schema 
hide
 Configure
 Zapornia_atra  Zapornia_atra alignment   Schema 
hide
 Configure
 Zonotrichia_albicollis  Zonotrichia_albicollis alignment   Schema 
hide
 Configure
 Zosterops_hypoxanthus  Zosterops_hypoxanthus alignment   Schema 
hide
 Configure
 Zosterops_lateralis  Zosterops_lateralis alignment   Schema 
    

Bird 10K Alignment Tracks

Description

The Bird 10K 363-way alignment is available as two tracks: a MAF format track (using a bigMaf file), only available on the Gallus_gallus (chicken) browser, as well as snake tracks (using a HAL(Hickey et al. 2013) file) that are available on all genomes.

Note that the snake tracks need to load much more data and are thus significantly slower to load than the MAF tracks. We suggest using no more than five snake tracks at a time, and viewing them in regions of 100kb or less to avoid browser timeouts.

Methods

The Bird 10K consortium has released 268 newly sequenced avian genomes. These were combined with other publicly available genomes to create a set of 363 bird genomes used for the alignment. These genomes were aligned using Cactus, a multiple whole-genome alignment program(Paten et al. 2011).

The raw alignment (in HAL(Hickey et al. 2013) format) is available here. Please be aware that the file is hundreds of gigabytes in size, and bandwidth costs for hosting this file are significant.

Credits

The Bird 10K consortium provided the assemblies and generated the alignment. Please contact the corresponding authors for the data release, Guojie Zhang and Benedict Paten with questions.

References

Hickey, G., B. Paten, D. Earl, D. Zerbino, and D. Haussler. 2013. “HAL: a hierarchical format for storing and analyzing multiple genome alignments.” Bioinformatics 29 (10): 1341–2. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt128.

Paten, B., D. Earl, N. Nguyen, M. Diekhans, D. Zerbino, and D. Haussler. 2011. “Cactus: Algorithms for genome multiple sequence alignment.” Genome Res. 21 (9): 1512–28.